十几日后，李玄移筋锻骨篇修习已成，他没有丝毫懈怠，又着手修习养气聚功篇。
养气聚功篇修习起来，要比移筋锻骨篇凶险许多。
李玄不敢有丝毫疏忽，每日凝神聚气，先是单练所有阴经，待阴经经脉练成后，便又开始单练所有的阳经。不久，阴阳经脉中两种极端内息练就，他便将阳经气息和阴经气息分别从百汇、涌泉二穴缓缓运至丹田，再由丹田将阳经气息运至足底涌泉穴，将阴经气息运至头顶百会穴。这般运行，两股气息似黑白两条游龙在他体内不断游走、回旋，一路分别撞击、按摩体内所有奇经八脉穴道，如此九九八十一次，直到阴脉交融暖意，可贯通阳刚之气，阳脉可化酷寒，可贯通阴寒之气，阴阳两种气息汇聚丹田，隐有天高地阔流云飞转之境，心知养气聚功篇练成。
既然移筋锻骨与养气聚功二篇修成，他便开始修习《宝源秘笈》第三篇阴阳合纵。
要知宝源秘笈前二篇修习心法全是以文字说明，虽然其中一些词语，晦涩难懂，但他本就聪敏，又有《万世野闻》奇经异学篇作为参照，因此修习起来不甚艰难。
但阴阳合纵篇与之不同，是以图形示之，加之当年撰录册卷之人绘图手法简陋，潦草至极，因此修习起来颇为艰难。李玄见阴阳合纵篇中首个修习图形是一个眼观鼻，鼻观心，双手前伸，两掌做交叉怀抱姿势的男子，且图中的男子并非盘膝贴地而坐，而是以双足足尖交叉支撑身体的打坐姿势，大感稀奇，心道：“图中男子手长脚长，卷发大眼，看上去为何不似中原人士模样”想了想，不禁拍了一下脑袋，暗骂自己道：“我真蠢才，既然这经卷是由达摩传入少林，图中人形自是描绘他本人的模样。不过似他这般打坐练气，倒是第一次见到！端是奇怪！”
李玄思量半晌，又自嘲道：“以我浅薄阅历，何曾见过上乘武学。唉，一个未窥武学奥妙之徒，却在这儿疑惑不已，可笑啊可笑”仔细看去，见图形下写有密密麻麻的蝇头小楷：若移筋锻骨、养气聚功习毕，当归摄思潮，化丹田成滔滔江水，如春雨落大地，不增不抛，不怒不喜，纵然阴阳两隔，亦要相忘洲头，置身心于叶舟，随波逐流，无声无息，无思无我直至阴阳合纵，无声有息，如我似我，生生不息他忙收心神，依图而坐。但图中姿势古怪，初时盘膝甚是艰难，良久总算坐定，随即闭耳目，深呼吸，缓缓吐纳，脑海中依据图画经线脉络，由眉心一路游走下来。片刻便觉丹田一股寒热均衡的气息慢慢涌上来，似春潮澎湃，似明月高原，似东山曙光乍现，似秋风群雁低鸣内息不断往复循环，如此不知过了多久，但觉身心如沐春风，轻盈似花间蝶舞，欢快不已。
他如此未曾间歇的深纳缓吐，不知不觉过去多时，待张开双目，直觉洞中清晰无比，比之先前不知清亮了几百倍。可是天下任何武功心法，若要大成，必须打通任督二脉，修习《宝源秘笈》也不能例外。而李玄修习阴阳合纵篇时，本已艰难凶险，所以能成，全凭他聪明过人，天生是练武之人，可要打通任督二脉却不能仅凭聪明。
只有打通了任督二脉才可‘阴阳合纵，生生不息’，但要打通任督二脉何其难也！
按照其他门派打通任督二脉的修习心法，一次不成，可反复数次，几十甚至上百次，但《宝源秘笈》却非如此。因为修习移筋锻骨、养气聚功二篇武学心法时积聚的寒热内息，虽在丹田内交融，但毕竟是两条未被完全驯服的蛟龙，凶猛异常。
宝源神功要打通任督二脉，正是要凭借两股寒热凶猛的气息，挥师任督，猛冲猛打，鼓荡冲关。但若打通任督二脉失败，齐齐积聚在八脉中的寒热内息受阻之后，便会如高山滑坡形成的堰塞湖，水流居高之下不断积聚，倘若溃塌，被两股内息倒灌至丹田，泛滥成汪洋泽国。那时五脏六腑如煎如沸，正是入了走火入魔的关口，又因任脉主血，督脉主气，与冲、带、阴维、阳维、阴跷、阳跷合称奇经八脉，所以，任督二脉若通，则八脉通，八脉通，则百脉通。倘若任督二脉不通，其余六脉又被寒热内息反噬，则百脉俱废。
既明此间道理，李玄不禁想到当年与龙红叶相斗，本已得手却莫名离去的独孤鸿，心下暗道：“当年，他或因未修习移筋锻骨与养气聚功二篇心法，致使阴阳内息与奇经八脉无法平衡，在任督二脉不畅的情势下继续修习‘阴阳合纵，生生不息’。所以，他明明击倒了龙红叶，却无力杀之，必定是丹田内息突遇倒灌之险境，不敢驱动内力，这才匆匆逃离，试图找个清净地方，意守丹田，力图自保吧！”
李玄是审慎之人，虽喜武功，却不贪恋，暗道：“以我现在修为，虽内息厚积，可要强行打通任督二脉，如若失败，必被累及。既然如此，不如暂且放弃修习‘阴阳合纵，生生不息’之法，待日后，内息累积到了自然浑厚境界，再作计较吧！”