时人王秀楚在他的《扬州十日记》中记载了当日的惨状：一满兵提刀在前引导，一满兵横槊在后驱逐，一满兵居中在队伍的左右看管以防逃逸。三满兵驱赶数十人如驱如犬羊，稍有不前，即加捶挞，或立即杀掉。妇女们还被用长绳索系在脖子上，绳索拖挂，累累如贯珠，女人们由于小脚难行，不断跌倒，遍身泥土，一步一蹶。此时街上但见满地都是被弃的婴儿，或遭马蹄践踏，或被人足所踩，肝脑涂地，泣声盈野。路过一沟一池，只见里面堆尸贮积，手足相枕，血流入水中，化为五颜六色，池塘都被尸体填平。
血腥恶臭弥漫，到处是肢体残缺的尸首。那些从城墙上跳下去企图逃跑的人不是摔断了大腿，就是落到了流氓无赖和散兵游勇手中，他们把这些人抓起来拷打，要他们交出财宝来。在城里，一些人藏到垃圾堆里，在身上涂满烂泥和脏物，希望以此躲开人们的注意，但是清兵不时地用长矛猛刺垃圾堆，直到里面的人像动物一样蠕动起来，鲜血从伤口流了出来。大火蔓延开来，那些因为藏在屋子里或地下室里仍然活着的人们，或者是被无情的大火所吞噬，或者是战战兢兢地跑到街上来，被那些仍然在屠城的清兵杀死了。甚至那些被正规的清军放过去的、赤身露体在街上游转的、孤弱无助的市民，又被成群的散兵拦住，乱棒打死。
战后根据焚尸簿的记载，在这次大屠杀中死难的人共有八十余万人，其中还不包括落井投河，闭户自焚及在偏僻处自缢的人。惨绝人寰的屠城使得几世繁华的扬州城在瞬间化作废墟之地，江南名镇一夜之间成了人间地狱，后人称之为“扬州十日”。
满清在扬州的屠城很有作用，整个南明那见过这种残酷的战争。长江两岸传的更是光怪陆离，什么清军身高八丈、生吃人肉等等。这种恐怖流言吓坏了南明君臣，这也是后边南方各地传檄而定的主要原因之一。
江北四镇看到天下有数坚城扬州在几天就被攻破，一个个吓得纷纷投降，多铎事后给多尔衮的书信中提到，在占领南京后，一次性就接收了南明降兵二十三万八千人，这还不算在后来投降的左部士兵。也就是说南明依为长城的长江防线彻底失败。
扬州城破和史可法殉国的消息传到南京，这可吓坏了胆小的朱由崧，他立刻召开了朝会，和各位大臣商量怎么办。
在这次朝会上东林党彻底没电，他们没想到自己找来的左良玉在半路上能病死，事情也发展的超出了他们的意料。
这个时候马士英到表现出忠臣本色，他建议死守南京。这也在当时也算一个稳妥主意，在整个南直隶那还有比南京还坚固的城市，当年朱元璋建都时南京可是下了大血本的。
可是马士英慷慨激昂的说完却发现满朝文武都低头不说话，上面坐的朱由崧更是一声不知。这次朝会也没研究出什么，只好不欢而散。
回到后宫的朱由崧可是心急的紧，清军就在长江北岸的扬州，到南京也就是几天事情，看来还是要赶紧跑要紧。在接下来的几天里朱由崧谁也没告诉，竟然带着几个宦官化妆逃出南京。
五月初十，朱由崧深夜逃出南京。天亮后大臣才收到皇帝跑路的消息。首辅马士英连连顿足，但是事已至此他也没办法。马士英心一横，去宫里劫持太后他也跑出了南京。
皇帝和首辅都跑了，东林党这帮可不能跑，因为他们的家就在南京。在五月十一日，大学士王铎，忻城伯赵之龙等几个南京的头面人物齐聚东林党魁钱谦益的家中，商量怎么办？
大学士王铎说道：“牧斋兄，现在清军就在江北，到底应该怎么办？”
钱谦益也是垂首无言。
这帮大臣商量来商量去定下还是投降吧。
钱谦益送走各位大臣，回到后宅见到柳如是。
柳如是问道：“老爷准备怎么办？”
“哎，史宪之在扬州抵抗的倒是激烈，可是城破后却被牵连了几十万无辜百姓。所以我们商量妥了，为了南京百万百姓，还是献城吧！”
柳如是也无话可说，半响才说道：“老爷的决定臣妾不反对，可是以后呢？老爷难道要背负千古骂名吗？”
“哪能怎么办？天地之大那有我钱某可去的地方！”
“老爷，你先前为了百姓安危献城，在为了大明殉国，这不正是名留青史的机会吗？”
钱谦益听到柳如是劝自己殉国，想了半天说道：“可是你呢，陈氏不容于你，我要不在了你怎么活啊？”
柳如是站起来说道：“老爷，臣妾虽然出身风尘，但是出嫁从夫还是知道的，我决定和老爷一同殉国！”
这个时候钱谦益也被柳如是说的心情激荡，说道：“好，就让人准备小船，咱们去投湖。”
小船很快准备好，钱家后边就是莫愁湖，投湖很是方便。可是等到钱谦益上船后却变卦了。