赵良与商鞅谈话5个月后，秦孝公便辞世了。秦孝公惜别日渐强大的秦国，在生命的弥留之际，仿佛看到了商鞅的黄昏。秦孝公需要商鞅，商鞅更需要秦孝公。没有商鞅，秦国不会迅速崛起；而没有秦孝公，商鞅的变法必然无法推行。
秦孝公死后，太子惠文君顺利登基，人称秦惠王。商鞅曾经处罚太子的监督官公子虔和老师公孙贾。公子虔记仇心重，他依仗新国君，纠集了一帮党羽诬告商鞅造反。商鞅改革得罪了很多权贵，甚至差点问太子的罪，所以没人站出来为他说话。
在人治国家，君王的好恶能决定一切。曾经被触犯利益的权贵对商鞅深恶痛疾，秦惠王对商鞅也无好感。既然公子虔等人状告商鞅，秦惠王便顺水推舟还公子虔和公孙贾代他受罚的情，下令逮捕商鞅。
靠山倒了，商鞅四面楚歌。秦惠王与公子虔等是站在一条船上的，如果束手就擒，必然等于自寻死路，所以商鞅决定逃亡。
逃到边境时，已经是傍晚。疲惫不堪的商鞅打算在旅店住一夜，明日再行。商鞅虽然在秦国的名气很大，但百姓都只知其名不识其人，边境的百姓甚至只知道变法而不知何为“商鞅”。
店主人问商鞅有户籍等相关证件没有，商鞅傻眼了。他第一次变法时严格管理户籍，以“伍”和“什”为单位编制户籍，目的是让人民落地生根地在本地勤耕苦种，练习战斗。经过变法，秦国人口的流动性很小，百姓不得不安分守己。逃亡匆忙，商鞅没带相关证件。店主人说，商鞅严格规定，如果接收没有证件的人住店，店家要被惩处。
法令十分严苛，就算店主胆子极大，敢让商鞅住店，他的邻居也不敢不告发，因为不告发将被惩处。经过商鞅变法，秦国百姓人人自危，不敢犯法，也不敢容许与自己同“什”的人犯法，因为要受牵连。
面对严格遵守法令的店主人，商鞅没感受到改革成功的欣喜，而是举目视天，慨然长叹：“嗟乎，为法之敝一至此哉！”（《史记·商君列传》）
面对拒绝，商鞅终于知道他的变法过于严苛，完全剔除人性和人情。面对一次拒绝，商鞅就发出如此痛心的慨叹。变法实施十多年，这期间受到变法的刚硬锐利所伤害的人更不少，他们的感悟更深，怨恨更浓。
商鞅见事已至此后悔无用，知道最关键的是逃命。只要他能够争取留下青山，就一定可以重新再来。西边是秦国的地盘，如果往西逃，还没逃出秦国就被抓捕了。
天地茫茫，何其广阔，然而没有商鞅的立锥之地。作为志向远大的改革家，改革的成果却背叛了他自己，商鞅内心百感交集，急切间说不出所以然。
秦国背恩忘义，商鞅又气又急，慌不择路，竟然逃向魏国。就地理位置而言，魏国离秦国很近，逃入魏国最方便。然而，为了秦孝公的帝王大业，商鞅屡次领兵攻打魏国，甚至用奸诈的手段骗捕公子卬，害得魏国割河西之地求和。
魏人厌恶商鞅奸诈，闭门不纳。看着紧闭的城门，商鞅仿佛看到最后一根救命稻草都已经腐朽了。
后有追兵，前路被断，商鞅转头逃向其他小国。商鞅前脚刚走，魏国突发奇想，认为商鞅是秦国的逃犯，不遣回会得罪强秦，于是强行遣送商鞅回秦国。
魏国这么做，首先是怕秦国借此生事，再次挑起战争。经过商鞅变法，魏国远非强秦的对手，不敢招惹，只求极力讨好。其次，商鞅不是普通人，他逃往其他国家后，倘若受到重用再次推行新变法，魏国的强敌就又多一个。
魏惠王曾经不听从公叔痤之言被秦军大败，后悔莫及，恨不能杀了商鞅。现在有弥补的机会，魏国决定借强秦的手诛杀商鞅以泄心头之恨。
秦孝公死后，当时的天下没有一位君王知道善用商鞅，这是商鞅的悲哀，也是君王的悲哀。
被强行遣送回秦国后，商鞅知道逃亡行不通。他当机立断跑回商邑，起兵造反。秦国的军队是商鞅训练的，战斗力很强，商鞅不敢贸然攻击，而是率领商邑的部属北上攻击郑国。郑国是一个小国，朝中无人，军中无将，很容易攻取。
然而，秦国死死紧追商鞅不放。商鞅攻打郑国，秦军赶上后攻击商军。商邑的部属本就不多，面对秦军的狂攻猛打，队伍难以抵敌，被碾压为齑粉，商鞅战死。
郑国黾池一役，商鞅真正体悟到秦国军队的勇猛。前几次领兵作战，商鞅与秦军站在同一条阵线上，只看到奖励军功对士兵的激励作用，没能亲身体悟。直到战死，商鞅才亲身体悟到奖励军功对士兵的激励作用。
为了泄恨，权贵车裂商鞅的尸体示众。车裂之刑，就是将受刑者的头颅和四肢分别拴缚在一辆马车上，时刻一到，行刑官一声令下，马车夫同时扬鞭策马，五辆马车朝五个不同的方向飞奔，人的身体当即被撕裂。
连坐法害苦了秦国百姓，商鞅也深受其害。秦惠王依照商鞅的逻辑行事，诛灭商鞅全家。司马迁说：“商鞅天性薄情寡恩，刻薄残忍，行事凶狠，不留余地，最终被恶名害死。”
改革家死了，但改革的成果仍在，秦国在改革成果中继续向前发展着。