学园都市，面积约东京都的三分之一。这个“学校之城”包含了数十所大学与数百所小学、初中及高中，总共有一千多个研究机构。总人口230万，其中八成的居民都是学生。学园都市拥有超越外界二三十年的尖端科技，同时也是科学侧的领导者。统括理事长亚雷斯塔•克劳利在里面注入了无数心血，由“统括理事会”全权管理。
不过，那已经过去了。
首先是理事长亚雷斯塔离开了城市，学园都市发生了超大规模停电，暂时沦为了一座空城，他居住的无窗大楼也不知所踪，仿佛从来没有存在过一样。
有人说理事长已经死了，但是没有充分的证据。而这座城市的阴暗面并不在乎这是否证据确凿。他们本来在选举新的理事长，可是一个白发恶魔拿出了一部智能手机，里面有着代码列表，提供了掌控学园都市所有力量的“主宰的证明”。
“听好了。吾名为学园都市统括理事长一方通行。希望大家能够和睦相处。”
有传言说学园都市的理事长和英国清教的大主教是同时消失，但是依旧没有确凿证据，科学侧与魔法侧都出现了巨大的变化，恢复运转的科学城也有条不紊，一切都是那么平静。
除了两位首领的消失以及那个少年。
那个少年其实只是一个level0，却是大家共同的朋友，从亚洲到欧洲甚至美洲，他的朋友遍布五湖四海；从科学侧的超能力者到魔法侧的圣人甚至魔神，他的朋友都在寻找他。
顺带一提，学园都市的学生基本都接受过能力开发。他们通过药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（level0）、低能力者（level1）、异能力者（level2）、强能力者（level3）、大能力者（level4）、超能力者（level5）、绝对能力者（level6），实际绝对能力者只是理论上存在进化为level6的可能，并没有哪一个角色成功进化为level6。并每隔一定时间会进行身体检查，重新测定一次，但学生中的六成是无能力者，而学园都市中超能力者也只有七人。
“啊！救命啊！”