沼渊己一郎
黑暗组织底层成员。组织原本想培训他成为杀手，后准备将其进行人体试验。逃脱后因强盗杀人被捕。后因想再看看萤火虫，谎称埋尸于群马深山中，伺机逃脱，之后又再次被捕。
已死亡：
龙舌兰（Tequila）
身材高大的关西大汉。后来被卷入某起案件而被炸死。
匹斯可（Pisco）
本名枡山宪三。曾经一度掌握了雪莉的所在，但后来由于射杀吞口议员的画面被拍下，而遭琴酒灭口。
卡尔瓦多斯（Calvados，又译苹果白兰地）
组织的狙击手。在一次行动中被赤井击伤后自杀。
宫野明美
宫野志保（灰原哀）的姐姐。组织的基层人员，为了让自己和妹妹脱离组织而参与了10亿元抢劫，但后来组织却出尔反尔，明美也被琴酒所杀。曾经和潜入组织卧底的赤井秀一交往。
宫野厚司
科学家，明美和志保的父亲。由于不明原因死亡。
宫野爱琳娜
明美和志保的母亲。由于不明原因死亡。
爱尔兰（Irish）
剧场版原创人物，登场于剧场版《漆黑的追踪者》。为了调查某个与组织成员有关的案件而被黑衣组织安插进警视厅搜查小组。通过指纹对比得知柯南身份。最后被基安蒂射杀。
楠田陆道
组织的卧底，为了寻找失踪的基尔而被组织安排装病住进杯户中央医院进行秘密调查，被识破后开车逃亡途中开枪自杀。