隆武帝此言一出，江离还没说话，郑芝龙脸上已变色，急道：“皇上，我闽中不过八府一州，供养本省十余万大军已是入不敷出，臣请清理寺田以助军饷，皇上又不准，上次犒师浙东的十万饷银，还是臣从海上各部征集来的，运到浙东水漂也没打一个就没了，这突然间又要十万，叫臣到哪儿找去？”
隆武帝兴致正高，给他这当头一噎，半晌作声不得，郑成功忙道：“皇上志在兴复，此事是要和司马兄商量个恢复江南的方略出来，然后再能慢慢施行。皇上素来关心百姓疾苦，军饷难筹，已非一日，这两个月漳州、汀州、天兴，泉州诸府都有因征饷太急致生民变之事，筹饷之事，宜当缓缓图之，是以皇上才不准清理寺田，亦是与民休息之意。”
他这一席话既给隆武帝圆住了面子，也帮父亲证实了筹饷之难，郑芝龙也觉出自己言语有些过份，接口道：“老臣一身掌户、兵、工三部尚书，朝中军中，一切用度皆需老臣一人支应，实在觉得力不从心，累次奏请皇上另选贤能，皇上又不准，老臣心忧国事，未免出言无状，请皇上恕罪。”
此时连年争战，军需耗大，户兵工三部皆有筹饷之责，隆武帝深知郑芝龙以海盗起家，至今海上商船均要挂上郑家旗号才能平安往来贸易，商船向郑家皆有例供，每年有数百万之巨，要筹饷非他不可，因此三部尚书皆委他一人。朝中军权财权集于他一身，隆武帝也不敢太得罪他，安抚道：“将军是社稷重臣，朕要仰仗将军处太多，就请将军勉为其难，辛苦些吧。”
郑芝龙道：“老臣自当为皇上效命，皇上，那陈谦之事，”隆武帝淡淡地道：“如将军所言，我闽中倾其所有，筹饷十万到浙东犒师，浙东竟杀我命官，夺我饷银，以怨报德，岂非辱我太甚？那陈谦朕已叫人杀了，以儆浙东骄纵不臣之举。”
郑芝龙入宫两个时辰，愿以官位赎陈谦一命，隆武帝一直顾左右而言他，不作正面答复。郑芝龙因入宫前已命手下将官带人守住天牢，不叫人入内杀人，也就并不担心，忽听隆武帝说出这句话来，惊道：“什么？”
隆武帝一挥手，小内监便捧了一个方匣过来，郑成功打开一看，倒吸一口凉气，退了一步——匣中正是陈谦的首级，颈间血亦才被石灰渍干，陈谦双眼大睁，显是临死犹自惊怒不已，难以相信自己会有此下场。
郑芝龙劈手夺过匣子，看了一眼，气得须发倒竖，“啪”得一声，重重将匣子拍在龙书案上，指着隆武帝道：“你，你…”隆武帝见他狂暴之态，禁不住向后一闪，郑成功怕父亲恼怒之下做出什么不臣之举来，上前抱住父亲，道：“爹爹，人死不能复生，节哀顺变吧！咱们厚葬陈世伯，也就是了，爹爹！”郑芝龙强压住心头怒火，一把推开儿子，转身大踏步而去。
江离一直站在龙书案旁边，自一听见隆武帝说杀了陈谦便惊得呆在当地，此时看到陈谦死不瞑目之状，想起他一直对自己亲若子侄的深恩厚情，抱住他首级禁不住泪如雨下，只恨自己不能护得他周全——郑成功见他也激动起来，忙上前躬身告退，拉了江离一同出来。隆武帝阴沉着脸，看着三人相继离去，默默站了许久，沉声道：“钱卿，你出来吧。”
殿后应声转出一人，向隆武帝躬身施礼已毕，道：“陛下也看见了，郑氏父子为陈谦之事，几与陛下反目，可见相交之深。陈谦乃鲁王心腹，若不杀他，难保他不拉拢郑氏投靠鲁王，那时变生肘腋，如何能制？”
原来此人姓钱名邦杞，本出郑芝龙门下，因召对称旨，深得隆武帝信任，被超擢为当朝御史——他深知郑芝龙与陈谦相交一事！隆武帝为郑芝龙兄弟所拥立，朝中实权皆在郑芝龙手中，深恐他暗通鲁王，则自己帝位不保，因此决意杀掉陈谦，绝其后路——他在宫中拖住郑芝龙，暗中已命钱邦杞将陈谦带出天牢，移往他处秘密处斩——郑芝龙营下奉命看守天牢之人因钱邦杞是旧识，还道隆武帝被主帅说动，带陈谦去朝堂释放，因此由得他将人带走。
郑芝龙叫人寻到陈谦的尸首，将首级和尸身缝在一处，抱着放声痛器，恨声道：“我虽不杀伯仁，伯仁由我而死——想不到我接他入闽，扶他作了皇帝，如今翅膀硬了，就丝毫不将我放在眼里！”郑成功怕父亲再说出什么不中听的话来，连忙乱以他语，叫人买棺厚葬。