上章说到唐太祖皇帝驾崩，新皇初立，就南征是否继续一事，帝欲终止太祖武力一统之策以行招抚，然群臣无不反对。帝不得已接受右仆射刘军峰建议，诏令郑国公、南征大元帅邓永洁，要求七日之内征集船只三百，以五千兵力出征厦门及金门二岛。
诏书传至泉州，众将议论纷纷，皆言新皇昏弱，不识军事，以五千兵力，出征南楚两万水军固守之金厦，实乃以卵击石也。唯邓元帅知皇上深意。诏书一下，乃整军五千，出师金厦。南征军无不渴望早日横跨金厦海峡，一统琉球，五千儿郎士气高昂，英勇战斗，然终因寡不敌众，全部葬身金厦。
金厦之战的消息很快传至京城，举国震惊。朝臣纷纷上奏请求严惩邓永洁。为平众怒，帝下诏：“南征大元帅不待水军编练成熟，贸然进攻，致金厦惨败，五千将士葬身大海，罪无可赦，然朕宽仁，念其为大唐屡立战功，免其死罪，今罢免其南征大元帅及一切军职，改任江宁造船厂督办，戴罪立功，钦此。”
邓永洁被罢免后，南征军北撤。金厦之战的失败，使朝臣们认识到南楚水军远胜于大唐，逐渐认同了这位新皇帝的主张。
永兴元年九月十六，江宁造船厂邓永洁上奏曰：“自贞观四十年王师克复江宁，先帝便预知一统天下必先编练水军，乃设江宁造船厂，斥巨资修造水军战船。然水军之利，重在兵士，战船乃工具尔。将士驰骋陆地，所向无敌，一入大海便晕头转向，此非水军，水上陆军尔，若如此，纵使战船再多，皆使将士送命也。东渡琉峡，完成先帝统一遗愿，唯练水军；编练水军，当革新军制也。”邓永洁之《革新军制书》上奏朝廷后，满朝震惊，众人皆弹劾邓永洁，言其诽谤朝制，非议先帝，上表请求严惩邓永洁。然帝深知邓永洁所言切中时弊，故而力保之。
十月十一，帝南巡至江宁，召见邓永洁。帝问曰：“金厦之战，老将军受委屈了。”邓督办对曰：“昔先帝曾与老臣谈论，先帝圣明，早知兴建水军必遭群臣反对，故而迟迟未下定决心。老臣知陛下亦受群臣为难，若老臣之牺牲能促使那些文官们觉醒，值矣！只是可怜那五千将士，他们追随先帝与臣南征北战，都是大唐的功臣啊！都是老臣的好兄弟，老臣愧对他们啊！”帝曰：“非老将军愧对将士们，是朕愧对他们是大唐愧对他们！将士们为了大唐的牺牲，朕会永远铭记他们，李家的子孙会永远铭记他们。”老将军拜曰：“有陛下此言，将士们死而无憾也。”帝曰：“前日老将军上奏言编练水军，革新军制，可否与朕说说具体想法？”老将军乃将自己多年的筹划全盘托出，帝听后，大加赞赏。