1568年末，日本的格局又出现了新的情况。西国方面，毛利元就打败了尼子氏，成为了中国地方（日本地区的称呼，像东海，近畿，陆奥一样）的霸主。而近畿地方，面对信长上洛的形势，三好家分裂成了两派，以松永久秀带领的主降派和以三好长逸为首的主战派。关东地区，武田信玄见今川家已经无力回天，所以转和德川家康结成联盟，共分今川领地，武田攻骏河国，德川攻远江国。北条氏康见武田毁盟，也转与上杉结盟，共同对付武田，由今川军师太原雪斋结成的武田今川北条“三国同盟”就此瓦解。而在京都，完成上洛的信长，则迎来了新的挑战。
信长平定南近江后，从坂本城出兵，带领足利义昭直奔京都御所。不久，大军抵达京都，信长下令言明军纪，不得影响百姓正常生活。为了保护足利义昭的安全，信长命令在京都附近修筑二条城。之后，京都附近的商人们、大名们、就连天皇手下的大红人——菊亭晴季也来祝贺。可是在宴会上，义昭深深感到自己这个新上任的将军完全没有信长的风头大。信长把京都的工作交给“猴子”和明智光秀之后，自己便动身回到了岐阜。
信长虽然对上洛十分高兴，但是也慢慢的察觉到了自己和义昭之间不可调和的矛盾。这时，一个不速之客来到了岐阜。那就是曾经计划杀害13代将军的三好三人众的笔头——松永久秀。他的来意很明确，就是想投靠信长，然而对于这个曾经杀害将军的人信长是如何处置的呢？答案令人难以想象，信长接受了降书。后来，事实证明信长这么做确实是对的，因为以松永久秀的影响力，近畿的其他势力纷纷也向信长递交了降书。
而义昭这边，随着信长逐渐平定近畿，自己也不断感到空虚。义昭认为，是时候向世人说明一下自己和信长的关系了。于是义昭准备给信长加封，第一次是给信长所有统治地方的管领官职，没想到被信长拒绝了。第二次加封信长为左近卫大将，也被信长拒绝了。这时候义昭才真正明白了自己不过是信长的傀儡而已。信长则一边利用足利公方的名义向各大寺院和商人征取军费，一边关注着义昭的动向。在日野城攻略战中送信的甲贺忍者们，受到了信长的欣赏，被信长收入自己帐下。而柴田和佐久间等人也在不断的讨伐三好家的乱党。
就这样过了一年，1570年，近畿逐渐平定，但义昭的小动作越来越多，不但开始加固城墙，而且招兵买马。信长也注意到了这一点，于是亲自写信给义昭，其中的主要内容是限制义昭的权力：“第一，凡将军欲发御内书（请奏天皇的奏折）必须先争得信长的同意；第二，以前义昭所发布的任何指令视为无效；第三，对属下进行嘉奖或责罚时必须由信长处理；第四，关于天下政务皆由信长处理，无须请示将军；第五，天下大定后，一切礼仪由将军实行。”这封信，信长是委托明智光秀转给义昭的。义昭看后大怒，双方的冷战又加剧了。
最后义昭认识到了光靠自己的力量是不能对付信长的，于是发布密诏给各个有实力的大名，命他们讨伐信长。最先接到密诏的就是曾经收留过义昭的越前朝仓家，接着伊势的北畠家，已经降伏的三好义继，就连本愿寺和纪伊的杂贺党也对信长树立反旗。远在西国的毛利也收到了邀请，武田信玄也因此断绝了和信长的同盟关系。信长这次面临着很大的危机，到底该何去何从呢？