便一五一十与吴邦辅分说，原来在设立军情司的时候，由于北方已经不在大明控制之下，北方的暗谍招募工作便只确定头目，授予头目军情司千总职位，剩下的暗谍皆由千总自行招募。大明在南方仍然存续，原来的厂卫番子中多有心向故国之人，或拉拢或利诱，很快就招募到了一批的暗谍。东邪是如此，西毒也是如此。严格的说，东邪、西毒甚至不算军情司的下属组织，他们具有相当大的独立性。
在大明天下一统的时候，这种工作方式或许可以，东厂与锦衣卫都是令人谈之色变的组织，自然没人敢惹，十个厂卫番子，于上万大军中，将主将拿出来砍头的事情大明朝也不是没有发生过。
但是如今天下已经大变，暗谍们的思维还没有及时转变过来，这便导致了月前北京的重大失利。
朱慈炯与吴邦辅两人梳理了下军情司的组织机构与运作模式，首先，招募的暗谍，必须先到南方接受培训，而后再回去执行任务，或直接由南方选派。其次，组建专门的特战队，专司敌后特种作战，用于营救、暗杀等作业。当然，这需要军械厂的火铳与火药武器的不断改良作为前提。
培训地点准备建立在扬州，朱慈炯准备专门为军情司写一本“敌后谍战机要”，培训与挑选人员的差事便交给江淮巡抚马世奇去办，扬州一带，聚集了不少从北方南逃的百姓，从中可以挑选出不少的暗谍。马世奇组织过武举，这种事情应该难不倒他。
梳理完了后，朱慈炯豁然开朗，终于明白为什么东邪一直没能够营救出献太子（崇祯太子朱慈烺），症结便是在此。
到了八月下旬，南方各地举行了秋闱，也叫乡试。这次乡试属于戊子年恩科，朱慈炯年初已经颁下恩旨，宣布将在明年，也就是戊子年加开一次恩科。大明朝的科举原本每三年举行一次，崇祯十六年癸未科之后，大明本该在弘光二年再开科，只是那时候刚刚打完仗，已经来不及举办科举。于是到了弘光三年，江南安定后，有人上奏要求加开恩科，获得了朱慈炯的肯定，决定在弘光四年加开恩科。
科举最是笼络士子人心的手段，因为读书人寒窗苦读十余载，还不是为了有朝一日能够金榜题名，从此飞黄腾达。套用现代的话说就是升官发财，成为部堂大员，最终入阁拜相，迎娶白富美，走向人生巅峰。而科举，便是文人们“走向人生巅峰”近乎唯一的途径，这便是士子们对科举始终趋之若鹜的根本原因。
不知道是巧合还是什么，满清几乎同时也举办了恩科，也准备在第二年举办科举，很显然也有与明朝争夺民心之意。