元初漕运大致循唐宋大运河旧道入大都，但因旧运河失修，只能采取水陆联运形式。至元十八年（1218）修凿济州河，引汶、泗水经济州（今山东济宁）西北至须城（今山东东平）安山，南来运舟由徐州经济州河入大清河，至利津（属今山东）入海，海运至直沽，再水陆联运至大都。二十六和二十八年会通河（须城安山至临清）与通惠河（通州至大都）凿成，元代大运河全线沟通。此外，至元十八年凿成纵贯胶州湾与莱州湾的胶莱河，又形成一支海河联运路线：运舟从江苏淮安顺黄河（黄河“夺淮入海”前的淮河故道）东下出海口，沿海北上入胶莱河，再经海道至直沽。
内河漕政的管理于至元十九年始趋完善，江淮都漕司负责江南至瓜州（在今江苏**）段，京畿都漕运司接收前司漕粮，负责中滦（今河南封丘南，黄河北岸）至大都粮运。二司各于其关键地设行司、分司，以求上下衔接，年运粮三十万石。元代纲运划为两大组进行：短运（军般、短般），其中又分两段：南段由吕城（属今江苏丹阳）驻军运至瓜州，北段由汉军与新附军由瓜州运至淮安；长运，募民船承运，从瓜州起运至淮安，由淮安分司开闸放船入淮，再由中滦、济州分司派员分领纲船。官府另于运河北段地域掌握一批官船，大致是负责各所在地屯田粮的运输。
海运的最高管理机构是中书省，其“左司”下辖“粮房六科”中的“海运科”为具体办事机构，主要则由分处南北的两大组织系统承办。南方的“承运”系统最终定名为海道都漕运万户府（治平江，今江苏苏州）；北方的“接运”系统为“都漕运使司”（驻直沽河西务）与“京畿都漕运使司”（驻大都），前者主要负责接纳海道粮，兼及其他各路南来物资，后者将南来粮物运入大都各仓。南北两大系统各拥有布局合理的粮仓。
（高荣盛）
明代漕运发展到一个新阶段。这时征运漕粮的有南直隶、浙江、江西、湖广、河南和山东六省。漕粮又按供应地区的不同区分为南粮和北粮。其数额，宣德时最高达六百七十四万石。成化八年（1472）始规定岁运四百万石的常额。大抵自正德、嘉靖以后，连漕粮改折（约一百至二百万石）在内才勉强达到此数。主要征自南直隶和浙江，约占全国漕粮的六成。除漕粮外，还有白粮，由苏州、松江、常州、嘉兴和湖州五府供纳，岁额二十一万四千石。均系当地出产的白熟粳糯米。在用途上，漕粮为京、边（北边）军饷，白粮供宫廷、宗人府及京官禄粮。
漕运的组织与管理：在中央，初置京畿都漕运司，以漕运使主之。后废漕运使，置漕运府总兵官。景泰二年（1451）始设漕运总督，与总兵官同理漕政。漕府领卫军十二总共十二万七千六百人，运船一万一千七百只，另遮洋总（海军）七千人，海船三百五十只，专职漕粮运输，称为运军。在地方，以府佐、院道和科道官吏及县总书等掌管本地漕事。中央户部和漕府派出专门官员主持各地军、民粮船的监兑和押运事宜。州县以下由粮长负责征收和解运。粮长下设解户和运夫，专供运役。
明初承元之故，以海运为主，河、陆兼运为辅。一由江入海，经直沽口至通州，或径往辽东；一由江入淮、黄河，自阳武县陆运至卫辉府，再由卫河运至蓟州（今河北蓟县）。江南漕运，则由江、淮运至京师南京。以承运者而言，海运为军运，余皆**。雇运权是一种辅助形式。永乐年间因迁都北京，粮食需求日增，而海运艰阻，遂整治大运河，即从杭州湾通往北京的漕河。其办法：一是疏浚会通河，造漕船三千余只，以资转运。二是在运河沿岸淮安、徐州、临清、德州和天津五处建置漕粮仓库，亦称水次仓。
漕运方法历经改革，在明代趋于完善，计有：
①支运法（即转运法）。永乐十三年漕运总兵官陈■推行。规定各地漕粮就近运至淮、徐、临、德四仓，再由运军分段接运至通州、北京。一年转运四次。农民参加运粮即免纳当年税粮，纳当年税粮则免除运粮，其运费计算在支运粮内。**的比重约占支运的四五成。
②兑运法。宣德五年陈■等推行。各地漕粮运至淮安和瓜州，兑与运军转运；河南于大名府小滩兑与遮洋总海运；山东则于济宁兑与军运。军运的费用由农民承担。
次年，始定漕粮“加耗则例”，即按地区的远近计算运费，随正粮加耗征收，于兑粮时交给官军。起初兑运与支运并行，其后兑运渐居优势。
③改兑法（即长运法或直达法）。成化七年漕运都御史滕昭推行。由兑运的军官过江，径赴江南各州县水次交兑。免除农**粮，但要增纳一项过江费用。十一年改淮安等四仓支运粮为改兑。自此，除白粮仍由**外，普遍实行官军长运制度。
为维持漕运，国家规定漕粮全征本色，不得减免，严格限制漕粮改折。只许在重灾、缺船或漕运受阻等严重情况下才实行部分的改折，折征时正、耗各项合计在内。漕运的费用由粮户承担，包括运费、运军行粮及修船费等，均按正粮加耗派征。由于漕政**，各级官府贪污聚敛，加耗杂派层出不穷，农民的负担极为苛重，通常为正粮的二三倍，甚至四五倍。承运者无论**或军运，都是繁重的徭役。农民被金点应役，荒时废业，艰苦万状，又遭风涛漂没，官吏勒索，势必负债赔纳，甚至家破人亡，被迫纷纷逃亡和反抗斗争。一般运军下层，亦遭受同样的苦累及长官的克扣，不断出现逃亡现象。
（鲍彦邦）
清代开凿中运河，彻底结束借黄河行运时代，并建成黄、淮、运交汇枢纽，缓和河面比降，减轻浊流灌运，改善了漕运条件。
漕运方法基本承明制，但又有下列名目（称漕粮本、折三大纲）：正兑米，运京仓粮，定额三百三十万石；改兑米，运通州仓粮，定额七十万石；改征，将漕粮改征为其他品种；折征，将漕粮折算成银，价银统归地丁项内，上报户部。此外又实行截漕（各地漕粮起运后，地方遇灾，截留部分作为赈济，或截一地漕粮运往另一地）和拨运（主要指截留山东、河南所运蓟州漕粮，拨充陵寝及驻防兵米）等措施。漕船数与编制稍异明代，一般以府、州为单位，十人一船，十船一帮，十船互保。总数由一万零四百五十五只升为一万四千五百只，而实际运于漕运的仅七千只左右。每船装运量不得超过五百石，另可装土产往返各口岸行销（后因运道淤塞而禁止）。清代最终实行官收官运，承运者是卫所军籍中较殷实的军丁（运丁）。发运时每船配运军一名，运副一名，雇募水手九至十名。各省运军水手多少不等，总数在十万名左右。漕运最高长官为漕运总督，驻淮安。其下为各省粮道，共七人，掌本省粮储，辖所属军卫，遴选领运随帮官员，责成各府会齐、佥选运军等；坐守水次，监督、验明漕粮兑换，面交押运官，并随船督行至淮安，呈总督盘验。押运，原为粮道之责，后选管粮通判一人，专门负责督押，约束运军，后因官卑职微，仍由粮道押运。领运官，由千总一人或二人领运，武举人一名随帮效力。为确保漕运无误，于淮安、济宁、天津、通州运河沿线设置巡漕御史，稽察本段漕运。此外，淮安淮北沿河置有镇道将领，以催促入境漕船前行；在镇江与瓜州的南漕枢纽处，由镇江道催促，同时由总兵官（后改为副将）巡视河岸，协同督促漕船过江。
河漕施行以来，经费拮据，弊窦丛生，复行海运的呼声日趋高涨。道光五年（1825）于上海设海运总局，天津设收兑局，并特调琦善等总办首次海运。次年正月将苏州、松江、常州、镇江与太仓四府一州漕粮共一百六十三万三千余石分二批载运北上。漕船从黄浦江出发，经吴淞口东向大海，行四千余里达天津收兑局验米交收。清廷特准商船载运免税货物二成往来贸易，调动了商船积极性。海运粮占全部漕粮总数之半，节银米各十万。道光以来河漕在十二三万石之间，海运粮则达一百二十万石左右。<div>