得到全部徽章的小云，回到了真新镇，准备继续他的修行之旅。
现在，大木研究所后院，小云正在训练他的神奇宝贝，而看他的周围，大针蜂，妙蛙花，尼多王，叉字蝠，比雕……
“比雕，青绵鸟，叉字蝠…你们训练飞行的速度，以及碰到障碍的反应速度，这些，比雕和叉字蝠有经验，你们多带着它们训练，尼多王你现在主要是练习技能的威力，等过几天它们熟悉训练就带你们去其他的地方训练。”
“至于妙蛙花，你就在森林里面感受自然的力量，神奇宝贝想要更进一步的成长，就需要掌握自然的力量。”
“大针蜂，你的能力跟他们又有些不同，你现在的目标就是多掌握一些毒系的技能，再配合你的双针，会有意想不到的用途。”
小云说完了他们，就转向了河里，“暴鲤龙，你现在主要还是要学会如何在不闪避的情况下，用技能来防御，就像……”交代了那几只主力的任务之后，小云也不会忘记他的其他神奇宝贝，比如说腕力，电击兽，呆呆兽，以及小丑鱼等等。
几天后，真新镇的后山上。
“尼多王，从现在开始，你每一天都要在这里训练了，”看了看周围的环境，树木很少，连草地也不多。“至于能不能掌握土系的力量，就要看你自己的努力了。好了，你去那边训练吧，我会在晚上的时候来接你，铁甲犀牛我们走吧。”
将尼多王安置好之后，小云就带着铁甲犀牛来到了山的另外一边，主要的目的还是要提升铁甲犀牛的等级。
“铁甲犀牛对着小拳石使用岩石爆破”这已经不知道是第几只神奇宝贝了，只要是小云看到的，都会让铁甲犀牛去挑战。当然，小云也会给它们处理伤势！不然恐怕没几天，这山上的神奇宝贝都会跑掉了吧。挑战的结果是铁甲犀牛的实力提升了，小云当然也收服了一些神奇宝贝，包括小拳石，大岩蛇，穿山鼠……最让人意外的是这山里还会有天平偶。直到夜幕降临，小云才带着铁甲犀牛去接山里修行的尼多王。
这样的日子一直持续了下来，直到某一天，铁甲犀牛进化成了铁甲暴龙，小云才停止了让铁甲暴龙去挑战山里神奇宝贝的行动，话说，经过小云的折腾，山里的神奇宝贝的实力都提升了很多，又由于是小云帮他们治疗额，与小云的关系又非常的好。
虽然说了铁甲犀牛进化了，不过铁甲暴龙并不是最后的形态，小云隐隐约约记得，原著中可是有超铁暴龙的存在的，不过这需要特殊的道具才能完成的吧，所以小云的打算就是把下一个旅行地方定在这些道具所在地呐。不过小云给铁甲暴龙布置的当下任务就是跟着尼多王训练吧。而看看尼多王，体型就更巨大了，强壮的肌肉感觉充满了爆炸性的力量，
训练完铁甲暴龙以后，小云转向了河里那几只神奇宝贝---小丑鱼和呆呆兽。这两只神奇宝贝，小云有他自己的安排。呆呆兽小云打算是让它进化为河马王，至于小丑鱼肯定是美纳斯了啊。
神奇宝贝们都在进行着严酷的训练，而我们的主角在干嘛呢。
“呆呆兽，你好厉害哦，这样都能钓到”对了，这就是我们的主角了，他们居然在钓鱼，话说你旁边那位少年是什么鬼。
这位少年，就是住在真新镇的小智了，也就是动漫里的主角啦。至于他们的关系，就是小智其实也是大木博士的孙子辈啊，她的母亲花子，可是大木妻子的侄女，也就是说，花子应该叫大木姨夫的。所以啊小云和小茂，都叫花子为阿姨。
“小智啊，再过一个月，你就有自己的神奇宝贝了，你有没有打算选择谁啊。”
“我不是很清楚啦，不过我觉得不管哪一只都很好。”
看着小智中二的表情，小云还是跟他说了一些情况，“对于初始者来说，小火龙是非常适合的，刚出发有非常多的森林可以提升等级，而且就算最终进化型，喷火龙也是非常强力的神奇宝贝，不过就是前期的几个道馆比较难以挑战。再说妙蛙种子，草系的能力前期可能练级会比较难，但打道馆的话还是很轻松，不管是前期的岩石道馆还是水系道馆。然后是水系的杰尼龟，不管是练级还是打道馆都间于前面两者之间。这样你有选择了么。”这番话小云也跟小茂说过，就是在前往黄金市的路上，当时小茂就做出了决定，选择了杰尼龟。
而小智听了这番话后，“三只神奇宝贝都很好，我都很喜欢啊，小茂选了什么啊？”
“我还以为你会说随便哪一只都行呐。”小云调侃了小智几句，然后又说到，“小茂选择了杰尼龟。”