人类和三体人之间的战争，认真的计算，其实自1979年叶文洁接受到三体世界的信息并回信就开始了，当时三体世界便有计划的入侵太阳系，打算鸠占鹊巢。
到此时此刻新生纪元元年，人类和三体人之间的战争已经持续了两个多世纪，地球文明发生了很大的变化，三体文明也今非昔比。
最初，三体人有计划的锁死人类科技，于是利用三体世界庞大的资源，运用当时三体世界在微观层面最高的技术，将单个的质子从三维展开至二维，并雕刻成智能计算机，是为后来的“智子”。
因为智子的体积极小，处于微观层面，故而可以加速到光速，先于三体舰队抵达地球。当时三体文明的舰队航速只有光速的百分之一，预计要四百年的时间才能抵达地球，为了防止四百年后人类科技反超三体，三体人遇到被反杀的尴尬局面，三体人不仅在地球上装神弄鬼宣扬反智思维，更是利用智子干扰人类的强子对撞实验，锁死了人类物理学的基础。
科学的发展不是空中起阁楼，而是千里之行始于足下，如果物理学在微观层面没有进展，则表示人类在材料学上将止步不前，等于变相锁死了人类的科学以及工业。材料是工业的基础，没有这个基础，很多科技的进步无疑成为纸上谈兵，就算造出貌似很强大的星舰，也无非是三体人眼里的豆腐渣工程。
水滴就是对材料学止步不前的人类最好的嘲弄。
在末日战役中，人类的星舰已经完成了能源上的巨大突破，可控核聚变已经完成，各方面的制造技术和应用科技登峰造极，表面上看去，已经完全不输三体文明。当时三体文明并没有曲率驱动技术，舰队航速对比人类并无优势。
然而水滴以其绝对光滑的表面戳穿了人类空虚的傲慢，三体人的图谋成功了。在材料学上裹足不前的人类所制造的星舰，技术上绝对过关，材料上却像陶土面对钛合金，连水滴最原始的撞击手段都承受不住。
水滴的表面分子结构被强作用力锁死，连最微小的震动都没有，而人类连大规模应用纳米材料都未完成，人类的造物宛如精巧之极的车弩，看似制造技术繁琐，却不是最简单的热兵器铜炮的对手。
人类和三体人的第一次战争，是《三体》第一部主角汪淼通过卧底eto组织，通过三体人对地球人思维隐蔽性的恐惧，放弃了地球三体组织的实际领导者伊文思，以“古筝计划”破获了三体世界的大量信息。人类小胜一局，但三体文明毫不在乎，留下了极度轻蔑的一行字:你们是虫子！
人类和三体人的第二次战争是一场隔空的代理人战争，同时也是人类内部的一场战争，地球之子与地球叛徒之间的战争。当时，联合国通过大名鼎鼎的“面壁者计划”，挑选出四位面壁人，分别是:美国前国防部长，弗里德里德.泰勒！委内瑞拉总统，查韦斯的继承者，曼努尔.雷迪亚兹！集政治家与科学家为一身的天才人物比尔.希恩思！社会学家罗辑！
前三个面壁者，都是人类响当当的精英，只有罗辑是无名小卒，只因为被叶文洁启迪过，所以受到三体世界重视，成为三体文明唯一下令要暗杀的人物。也是因为如此，人类认为罗辑必然有令三体人畏惧的地方，本来浪迹江湖的罗辑被迫成为面壁人。
这场战役持续了几乎整部《黑暗森林》，面壁人和破壁人之间的战争以三体人险些大获全胜结束。
面壁者弗里德里德.泰勒，被游戏id为“冯诺依曼”的无名小卒破壁，后在罗辑隐居不远处饮弹自尽。
他的面壁计划即是通过攻击人类自己的舰队，创造一支量子舰队，与三体人对抗，可惜这个计划被三体认为不值一哂。
三体人胜利。
面壁者曼努尔.雷迪亚兹，被游戏id为“墨子”的男性破壁，后被其国内的愤怒的民众乱石打死。
这位面壁人与其说是亡于三体人，不如说是死于人类内部的政治斗争，他的面壁计划是最接近黑暗森林法则的，可惜还是棋差一招，不过他当初的布置为罗辑提供了不少便利。
他的计划是:在水星地层中埋藏大量的氢弹，一旦引爆会使整个太阳系变成比三体更加恶劣的地狱，以全人类的生命为筹码要挟三体。
这个计划固然疯狂，可三体人依然不在乎。
三体人胜利。
面壁者比尔.希恩思，被自己的妻子山山惠子破壁！
其计划是利用思想钢印，为人类植入“人类必败”的信念，从而使人类舰队逃离太阳系，不与三体人接触，和章北海英雄所见略同，可惜没有章北海隐藏的那么深。
这种计划，三体人更不会怕，反而乐见其成。
三体人胜利！
面壁者罗辑，破壁人罗辑！
三体人拿他完全没辙，因为他无壁可破，三体人意识到罗辑可能从叶文洁处得到了了不起的东西，能够威胁三体文明，但三体文明很长一段时间都只知其然，不知其所以然。
罗辑的计划最成功，利用黑暗森林法则，建立起对三体世界的威慑，若非人类内部生了变故，人类利用威慑徐徐图之，三体危机自会被时间迎刃而解。
这次人类获胜！
人类与三体文明物理上直接的战争就是末日战役，一颗水滴覆灭了人类舰队，三体世界完胜！