但局势的变化却由不得慈禧持重。
问题来自东北。按照协议，借拳匪之乱占领东北全境的俄军第二期撤军期满，应当撤出奉天北部及吉林全省了。但赖在东北不愿意走的老毛子借口日本人在朝鲜一侧放火烧林，援引“无他国牵制”的条款拒绝撤军。俄国驻华代办普兰森向清政府提出七条照会，要求东北境内不得开商埠，各国不得设领事，清廷不能满足，俄军就不会撤离。
清廷自然不能答应俄国人蛮横无理的要求，即使清廷想屈服，英、日、德等国也不会答应。所以，俄国人就死皮赖脸地赖在东北不走。他们算是看清了，仅靠清廷的那点武力，拿自己是一点办法也没有。
俄国人独霸东北的野心昭然若揭，也昭示着李鸿章当初以俄制夷的外交路线彻底失败。事实证明，近五十年来，大清朝对外吃亏最大的不是日本人，更不是英法，而是自己的北部邻居。如果老毛子赖着不走，祖宗的陵寝之地该如何自处？割让整个东北给俄国吗？
1903年上半年，朝廷外交上最大的难题就是东北。由此引发了政治和军事两方面的深刻变化。
先说政治。东北因为地地理和政治的特殊性。与关内的治理有着很大的不同。不设督抚而是靠奉天、吉林、黑龙江三将军管理的。文治不修也就罢了。武备松弛到难以忍受的程度。东北地处国防一线，满清所谓的国防武力，别说对付入侵的俄军，便是满地的胡子也没什么好办法了。这种情况下。提出在东北改革祖制。设立督抚的呼声日高。其出发点是先理民政，后办军事。将东北的财赋打理顺当了，整顿武备就有了条件。
袁世凯指使自己的老朋友徐世昌上书朝廷。指出保卫我大清龙兴之地，非得足食强兵不可。而施行新政是唯一的途径。久历官场的徐世昌当然没忘借机大拍了一气慈禧的马屁，将皇太后主导的新政成绩大大地夸赞了一番。徐世昌列举了关内办新政的成绩，认为东北土地肥沃，物产丰饶，只要用心去做，一定可以做出成绩来。所以，徐世昌提出了在关外实施新政的一揽子计划，俨然以主政关外的面貌出现。
可徐世昌的折子被留中，慈禧未置可否。
初夏，缠绵病榻的荣禄终于去世。满洲权贵又少了一位顶梁柱。荣禄的去世是一个信号，标志着中枢老一代政治家的凋零。袁世凯等新生代政治势力彻底走上前台，成为了满清中枢最具活力的力量。
徐世昌盯住了关外，建议朝廷大刀阔斧地进行改革的主张立即传遍朝廷。其改革官制的建议遭到盛京将军赵尔巽等旧派官僚的反对——怕分权出去。吵吵嚷嚷了几个月，终经慈禧圣裁，决意在东北改革官制了。最高当局做出了决策，下面开始为增设的督抚岗位斗争。位子就那么几个，各派都盯的死死的，都想借机扩大自己的势力。山东的水患比起这件事来就微不足道了。
七月，酝酿已久的商部成立，以满清贵族载振为尚书，工矿业额铁路均归该部。重农轻商数千年的中国终于懂得了商业的重要性了，但以农业为基础的传统文化，遂行崩解，这却是朝廷未曾想到的。
东北局势危急，也给力主改革军制统一编练陆军的袁世凯以最好的借口。袁世凯上奏慈禧，分析了国防形势，认为最为紧要的是西北和东北。边防吃紧，现有兵力却严重不敷分配，于是附带拿出了一个雄心勃勃的全国范围内编练新军的计划，总数竟高达三十六个镇，认为如将三十六镇编成，国防无虞矣。
编练三十六镇新式陆军对于当下的满清朝廷而言不啻是天方夜谭。尽管袁世凯那个雄心勃勃的建军计划打动了慈禧。钱从哪儿来，军官从哪儿来？都不是一句话的事。袁世凯立即拿出分步实施的意见，第一期先建六镇陆军，以拱卫京畿。这个方案就比较靠谱了。于是，大家又盯住了北洋六镇，都想在其中分一杯羹。
慈禧很重视新军的编练工作。其中的核心是满族武装的建立。两年前组建威胜军是荣禄的主意，目的在于打造一支绝对忠于朝廷的新军。先期编组右翼是无奈之举，既为酬功，也为牵制一家独大的武卫右军。所以荣禄才建议将威胜军右翼派回山东。
等辛丑条约签订，联军逐步撤出京师，威胜军左翼的编组也就提上了议事日程。按照慈禧与荣禄商定的计划，威胜军左翼完全招募旗丁，是一支纯粹的满洲武装。但寄予无限希望的旗人武装的组建却不顺利，由于荣禄的病重，这支部队直到去年秋天才算编组完成，战斗力就不要提了。好在袁世凯乖巧，知道太后的心病，出面组建了四个营的“京旗常备军”，这样旗人的武装超过了十个营，看上去有点意思了。在袁世凯的方案中，将第一镇的番号留给了旗兵，以示对国朝武装的尊重。
实际要争夺的，是剩余的五个镇。其中最为核心的，就是威胜军右翼的问题，是将其拆散打入别的镇台，还是以其为核心单独组建一个镇台？这个问题，成为了1903年夏秋最让朝廷关注的问题。