..大军乘坐战船，从泉州出发，并非是走直线到达台湾，需要绕道，从福建到台湾的航线，基本固定下来了，有两条线路可供选择，其一是从泉州出发，直接到台湾的基隆，这条线路距离是最短的，但基隆在台湾的最北边，距离荷兰军队主要驻地台湾南部，尚有一定的距离，虽说荷兰殖民者也占据了北边的基隆和淡水两个港口，但在这里的统治基础是比较薄弱的，主要的力量还是分布在南方的澎湖列岛、嘉义、台南和高雄等地，大军直接抵达基隆，不可能一举歼灭荷兰殖民者的主力军队。
其二就是从泉州航行到漳州府所属的厦门岛，从厦门岛出发，攻占金门岛、澎湖列岛，登岸之后，攻打嘉义、台南和高雄，给予荷兰殖民者毁灭性的打击，接着大军兵分两路，一路走海路，到达基隆和淡水，一路走陆路，沿路收复台湾驻地，最终两军在基隆会合，彻底剿灭荷兰殖民者的军队，全面收复台湾。
孙传庭做出来的决定，是走第二条路线。
这也是因为孙传庭和渠清泽等人掌握的情报，逃出福建的一些商贾，盘踞在金门岛，形成了一股不大不小的势力，这里距离泉州还有一定的距离，加之孙传庭带领江宁营水师到达泉州之后，熊子健的一切安排，都是以江宁营为主，暂时没有对盘踞在金门岛的势力进行围剿，一段时间过去，这些势力逐渐开始演变为海盗的性质了。
既然要收复台湾，当然也要全面收复台湾海峡所有的岛屿，不能够留下一丝的隐患。
泉州距离漳州不是很远。
战船编队在大海上航行了三天，抵达了金门岛附近。
尽管说盘踞在金门岛的商贾。包括他们的护卫，隐隐知道了一些消息，但他们认为在大海上，逃生是很容易的，因为他们的船只灵活，看见局面不利。就可以迅速的逃走，等到大军离开之后，他们回到金门岛，继续做海盗的勾当，继续想办法撕开缺口，从事海上走私的勾当，赚取大把的银子。
可惜这一次，他们的判断出现了致命的失误。
江宁营水师的大小船只，达到了三百余艘。其中有接近一半的中型和小型的船只，机动灵活，加之这一次，苏天成下定了决心，必须要平定台湾岛，所以孙传庭和熊子健等人，是高度重视的，列出了详细的计划。大型战船在外围，中型战船和部分的小型战船在中间。其余的小型战船在最前面，这样三层包围下来，驻扎在金门岛的商贾，除了乖乖的投降，没有其他的出路了。
战斗在二月二十一日的辰时打响。
对于苏天成和江宁营水师来说，这不算是战斗。盘踞在金门岛的商贾，看见情势不对，很快就放弃了抵抗，乖乖的投降了。
刘铁汉和王大治两人，率领江宁营将士登上金门岛。还没有彻底展开厮杀，岛上的商贾，就开始缴械了，两人没有遇见什么像样的抵抗，还是有些郁闷的，他们也很奇怪，不管怎么说，厮杀还是必要的啊，双方都没有怎么交手，怎么对付这么快就投降了。
刘铁汉带着几个商贾，很快来到了苏天成的面前。
几个商贾面无血色，跪在苏天成的面前，身体瑟瑟发抖。
苏天成冷冷的看了他们一眼，这些所谓的商贾，富甲一方，完全是依靠走私发财的，嘉靖年间的时候，这样的商贾，力量是非常强大的，甚至勾结倭寇，从事走私和劫掠的活动，曾经被戚继光狠狠的打击，几十年过去了，想不到如今再次出现了。
对这些人，苏天成不会客气。
王大治已经提前来禀报了，这些商贾知晓征缴他们的大军是江宁营的时候，就自动放弃了抵抗，江宁营的名气太大了，他们知道没有机会，而且庞大的船队，重重的包围，也令他们没有逃跑的机会了，就算是强行的逃跑，最终也是被剿灭的命运。
“你们既然投降了，就应该知道规矩，江宁营不杀投降之人，你们的性命可以保住，但必须将所有的财产交出来，给你们一个时辰的时间，上缴所有的财产，一个时辰之后，将士在岛上搜索，若是发现了黄金白银珠宝，你们就不要想着能够保住性命了。”
一个时辰之后，堆积如山的黄金白银，数不清的粮食、布匹、茶叶和食盐等货物，摆放在小岛的平地上面，就连苏天成都感觉到吃惊了。
周围被严密戒严了，除开少数的军官，以及亲兵营的将士，任何人都是不准靠近的。