大多子囊菌是“雌雄”（+、-）异株的。在有性生殖时，+、-株菌丝顶部膨大，很多细胞核集中其中。两菌丝膨大部分靠拢融合为一，但其中细胞核不融合，而是+、-核两两相对，萌发产生新菌丝。这些新菌丝的每一细胞中也各含+、-两核，可称为双核菌丝。双核菌丝分支，末端细胞分化为子囊母细胞，其中+、-两核融合为一。这个合子核减数分裂生成8个单倍性核。各核发育而孢子，即子囊孢子（ascospores），此时的子囊母细胞即是成熟的子囊（ascus)
子囊菌的迅速大量繁殖主要是靠无性生殖，无性生殖产生的孢子称为分生孢子。
青霉（Penicillium）。是分布广、生活能力很强的子囊菌。菌丝淡绿色。菌丝顶端有分叉之支，如埽帚状，各小支末端有一串分生孢子。分生孢子落地萌发而成新菌丝。青霉素是从点青霉（P．notatu）提取出来的。
曲霉（Aspergillus）。和青霉相似，分生孢子梗不分支，而成圆球形。制造酱油所用曲霉为米曲霉（A.orygae）。
红色面包霉（Neurosporacrassa）寄生在面包、糕点上，分生孢子紫红色，子囊中含8个子囊孢子。是生化遗传学研究的材料。
冬虫夏草（Cordycepssinensis）寄生于鳞翅目幼体内。成熟时昆虫死亡，从昆虫头部伸出一根肉质的“草”，实即菌丝的有性生殖部分，其中充满子囊。
担子菌纲（Basidiomycetes）：这是我们最熟知的一类真菌。蘑菇、木耳以及植物的各种锈病菌都属担子菌，共有25000余种。
担子菌的主要特征是有担子。担子相当于子囊菌的子囊，能产生担孢子。每一担子上通常生长4个担孢子。和子囊孢子一样，担孢子也是二倍性的细胞核减数分裂产生的。
蘑菇（Agaricus）食用部分是“果实”，称为子实体（担子果，basidiocarps）。用手轻拍成熟的蘑菇，从蘑菇底面散出的小颗粒就是担孢子。担孢子萌发而成菌丝。菌丝内有隔，隔上有孔。细胞单核。这种单核菌丝大多埋在地下，有+、-之分。+、-株菌丝接合后，细胞核不融合，因而产生了双核菌丝或称次生菌丝。次生菌丝生长分支而成紧密的菌丝团，从菌丝团产生子实体，即蘑菇。蘑菇的底面有从中央向外放射排列的叶状菌褶。菌褶也是紧密缠绕的菌丝，担子就长在菌丝的末端。担子上一个细胞中的双核融合，再经减数分裂而成4个担孢子（n）。一个子实体可产生数百万个担孢子。
灵芝（Ganodermaducidum）是有名的滋补剂。
木耳（Auricularia）、银耳（Trinella）是食物珍品。
很多担子菌寄生在植物体内，引起植物病害，如玉蜀黍黑粉菌（Ustilagomaydis），菌丝寄生于玉米植株上，玉米组织受刺激，长大成瘤，其中充满黑色孢子。小麦杆锈病菌（Puiniagraminis）寄生于小麦、大麦等。
半知菌类（Deuteromyces）：许多真菌至今只见到它们的菌丝和分生孢子，而未发现它们的子囊孢子或担孢子，即未发现其有性生殖，甚至只见到菌丝而未发现任何孢子。所有这些有待继续研究的真菌均属半知菌。
半知菌约共25000种左右。它们大多腐生，也有不少寄生于动植物和人体上，如人的头癣、灰指甲、脚癣（香港脚）等都是半知菌寄生所致。
有些半知菌有捕捉水中小动物如线虫等的能力。它们或是长出粘性小球，用来粘住线虫（如Dactyella），或是由3个细胞形成套环，当线虫伸入时，套环紧缩而使线虫不能逃跑。有趣的是，套环只有在环境中有线虫存在时才形成。如果将此种真菌从土壤中分离出来，用有机培养基饲养，套环就不产生。可见线虫或线虫的分泌物刺激了这种真菌才使真菌发生了形成套环的反应。
地衣门（Lichens）——生物扩展领域的先驱
在干燥的岩石上常有灰白、暗绿、淡黄、鲜红等多种颜色的开花样生物，看起来干枯而无生气，其实生命力极强。这就是地衣.地衣是真菌和绿藻（或蓝藻）的共生体，两者的密切结合使地衣表现为单一的植物体。参加地衣的真菌大多是子囊菌，有时是担子菌。
地衣的生活力很强，只要有日光、水、空气和少许无机盐类，地衣就能生活，这是共生的结果。真菌依靠藻类取得所需营养物，藻类得到真菌的保护，细胞中的水分不致过度蒸发。真菌和藻类都需要无机盐，这可从冲刷的雨水中取得，也可来自真菌分解岩石。地衣可以生活在别的生物难以生存的恶劣环境中，使它得以广泛分布于地球的各个角落。由于地衣能在岩石上生长，加速岩石的风化，促进土壤的生成，因而被誉为生命之先驱：先走一步，创造条件，使其他生物继之而来。<div>