且说侯生和卢生二人亡命而去嬴政的愤怒是可想而知和无可指责的。别人逃跑也就罢了可偏偏是你们两个！要知道我豢养的术士虽多却独独对你二人最寄厚望。凡你们所求无不应允凡你们所欲无不得到。我何曾亏欠过你们？我何曾让你们作难？试问我还需要做些什么才能让你们更加满意？可是没用可是你们还是要逃！你们当我是什么一个可以愚弄在股掌之间的冤大头吗？
说起来侯生和卢生这两人也确实不地道光顾着自己逃命却浑然不顾那些还留在咸阳的同行们的死活。果不其然他们刚逃走没几天一场灾难就开始降临在他们的同行身上。
嬴政一声令下还没来得及逃离咸阳的术士们被悉数缉拿归案关押一处先由御史宣读诏书。诏书道
吾前收天下书不中用者尽去之。悉召文学方术士甚众欲以兴太平方士欲练以求奇药。然而韩众入海求仙一去再无音讯。徐市等费以巨万计终不得药。卢生等吾尊赐之甚厚冀望极深数年来却毫无所献徒奸利相告日闻欺吾仁厚而不忍责罚也。今卢生等不思图报乃亡命而去又复诽谤于我以重吾不德。诸生在咸阳者吾使人廉问或为妖言以乱黔。
诏书宣读完毕接着就是要老实交待问题了。严刑拷打之下诸生为求自免互相揭乃至不惜编造牵引诬告。审理下来得犯禁者四百六十余人皆坑于咸阳使天下知之以为警戒。
此一事件后世往往和焚书并列合称为焚书坑儒。但究其原委所谓坑儒本只是对良莠不齐的术士队伍的一次清理整顿而已。这被活埋的四百六十余人乃是候星气、炼丹药的术士并非儒生。司马迁在《史记•；儒林列传》中也有明言：“及至秦之季世焚诗书坑术士。”可见根本就没儒生什么事。
那么坑术士又是在何时开始被误传为坑儒的呢？
先提出坑儒的是在东晋年间。梅颐献《古文尚书》附有孔安国所作的《尚书序》其中有云：“及秦始皇灭先代典籍焚书坑儒天下学士逃难解散。我先人用藏其家书于屋壁。”这时坑术士第一次被变性为坑儒。后来随着《古文尚书》被定为官书坑儒的说法于是沿袭下来遂成定论。
对于梅颐所献的《古文尚书》及孔安国所作《尚书序》前人多有辨疑到了清代其伪书的身份已成盖棺定论。