河南中牟三官镇，吴三桂部大将王屏藩战死之际，千里之外的江南却是杀的人头滚滚。
拥清士绅和教民的暴乱仅仅持续了不到二十天，便被迅速反应过来的太平军一一平定。
和组织严密，又久经沙场的太平军相比，匆匆组织且缺少武器和训练的乱民甚至连土匪都不如。事实证明，如果不是受限于这个时代的信息传递，以致没能提前镇压，恐怕在一开始，参与起事的士绅和教民首领就会被全部擒杀。
镇压最残酷，受损也最严重的就是松江。周士相在松江呆了七天，直到最后一个教民被乱刀砍死，为首的教首脑袋都被砍下呛上石灰，快马送往各地传首后，周士相才从被大火焚毁的教寺离开，前往苏州。
抵达苏州的当日，周士相即召江苏巡抚蒋国柱，痛骂后者一番后，发起镇反运动的命令从江苏巡抚衙门发出。
镇反运动严酷打击参与叛乱的江南士绅，将好不容易从三大案中苟喘下来的士绅势力几乎连根拔起。以致江南百姓竟是不敢再送子弟进学，唯恐读了书后会被太平军绑去砍头。而那些散居在江南各地的教民，也被官兵一一包围，进行甄别。教寺纷纷被拆除，面对太平军的屠刀，教民选择顺从。他们无力也无胆再敢反抗，因为传首而来的教匪首级不是假的。
甄别过程，同样充满血腥。一些被教匪祸害严重的地方甚至发生了没有官府组织的报复性行动，仇杀过后，江南的教民人数直线下降，已不足原先的三成。甄别过后，则是新教寺法令的出台，大量经师被剥夺了传教资格，解往南都大教寺学习，此生永世不得还俗。
镇反运动虽以张长庚为主，但实际指挥的却是在广东有过镇反经验的汪士荣。
汪士荣守卫昆山有功，这回直接被周士相破格提用，加都察院右副都御史衔，实际负责江南镇反。
汪士荣再得重用，自是一展胸中抱负和本事，短短半月，经他之手签杀的士绅读书人高达千余人。北逃不果的探花郎叶方蔼及其父叶天成被定为“叛国罪”，先于昆山老家游街示众，后于苏州府城公审。公审之后，当众处斩。一些迷信的百姓在得知探花郎被处斩后，竟从四面八方赶来，只为能够得到一点探花郎的血回家给亲人治病。
因为这一次的暴乱严重影响了周士相的北上计划，并且致使各府损失严重，周士相严令镇反必须要重典，彻底除患。这使得许多原本只当判刑或徒放安南的士绅都被处死，并且汪士荣又大搞株连，如父谋逆子处死，子谋逆父处死。一家但有一人参与谋逆，则举家尽诛。并鼓励百姓揭发，一时之间，江南无数人头落地，血腥恐怖。
然而，弥漫在江南上空的血腥味和南京正在发生的“留都议国公揭”比起来，却远不足以让南都的官绅为之震憾和恐惧。
在南都城的官绅眼里，江南被杀的人再多，也不及顾炎武这一张大字报来得更狠。
南京城，现在被顾炎武的一道公揭给搅得天翻地覆。