天道分正邪，神魔不两立。自混沌开辟，万神之祖的元神分裂自灭以后，天地间神道以元始天尊为，魔道则以元祖天魔为尊。天尊天魔势不两立，最后天尊化身灭邪玄网，将天魔封印于九天穹苍之外，不让它有机会为祸众生。而继任为神道领者，则是有造人补天之功的女娲。然而女娲为了从天外取来五彩晶石修补苍天，却不慎而被天魔魔气入侵，诞生了异魔。由于神魔本为一体，所以女娲不死，异魔亦不灭。为免异魔为害苍生，女娲毅然以天神兵天晶自尽，与异魔同归于尽。神道领之位，则留给了众神中一位力量与智慧也是最出众者继任，称为玉帝。
不久之后，先前受女娲之命下凡讨伐大地众妖魔蛮夷，化解怨戾杀气的轩辕黄帝，终于击败了凶神蚩尤。功德圆满，将可飞升天界，接任众神领的地位。但炎帝却心生不忿，于是闯入女娲炼石之地，以九转化乾坤**成功将自己命数改为帝皇之命，并且乘机向刚刚与蚩尤交战完毕，已成伤疲之身的黄帝动攻击，要凭实力夺取那至高无上的地位。玉帝为防如此逆乱乾坤之事生，于是及时出手，阻止炎帝。
玉帝本身力量，与炎帝亦只在伯仲之间。但炎帝有一股疯狂狠劲以及不成皇不罢休的绝大决心，相斗之下，玉帝逐渐不敌。眼见情势危急，黄帝之女旱魃与其属下应龙，不惜借助千年温玉与万载阴石两件宝物，炼血化骨，与之相互融合，舍身而化作神兵应龙与妖兵旱魃，将炎帝牢牢锁困。玉帝则把握机会，以自己的佩兵玉帝剑向炎帝刺出致命一击。炎帝败亡，但却认为玉帝只是乘人之危的卑鄙小人，由此生出无穷怨恨恶念，竟令玉帝手中神兵被蚕食侵蚀，化为妖兵。
玉帝剑可引用宇宙真气，主宰灭亡与再生，掌控循环规律，是象征万神之的至尊天神兵。但被妖化为炎帝剑之后，却已经成为不祥之物。玉帝不欲此剑祸延众生，又不忍毁剑，于是以应龙、旱魃加以封锁，希望有朝一日能净化妖气，重新还原玉帝剑的无上天威。
经历这番变故之后，黄帝终于也成功飞升。玉帝认为黄帝有令混乱大地得到和平的大功绩，于是谦虚退让，将众神领袖的地位让出。黄帝成皇，是为天帝，更铸造出一柄威能神通更胜玉帝剑的天帝之剑。作为自己随身所佩神兵。但天帝尘缘未尽，于是在相隔千年以后，再度转世投胎下凡，同时将天剑也一起带走。以后经历种种机缘巧合，天帝应劫而陨落，将天剑传给了周武王姬。姬凭着天剑杀败了被大天魔魔魂入侵的纣王，建立周朝，即位称帝。从此，天剑就作为九五至尊的权威象征，在人间不断流传下去。直到今时今日，仍是大隋天子杨坚片刻不肯离身的宝物。
至于玉帝剑，则另有一番际遇。当初封禁玉帝剑的地点，经历沧海桑田，数彩虹后，成为了天宗的宗门禁地。十七年前，万禅庵新一代传人白云神功初成，于是上天宗取回之前寄放的阴阳令。与此同时，九千岁初步成功将乾阳坤月两功合一，感受到炎帝剑即将出世，于是也赶到天宗。再加上个武神通，三大高手当场爆激战。武神通因为分心应付白云，被九千岁当胸刺了一剑，脑门更被阴阳令轰中。阴阳令逆转时空的异能动，竟然令炎帝借助武神通之躯体重生，重新执掌炎帝剑，更屠杀了数以百计的天宗弟子。
炎帝既然重临，自然就要完成前生未完的夙愿，为皇称帝，主宰天下。而最大障碍，就是天晶传人。于是炎帝约定和天晶传人在峨眉金顶作蚀日之战。而为了对抗天神兵之天晶的无穷威力，炎帝更决定以自己的赤晶神躯以及本命阳火神力，将炎（玉）帝剑重新铸炼，终于蜕变诞生出一柄象征霸权，威能神通不可思议的新生天神兵神皇！
人有人的命格，兵器也有兵器的命格。若论命格之尊贵，天下神兵便以天剑为，其次则是从玉帝剑蜕变而来的神皇。黄帝飞升之前所掌握的神兵太虚可列第三。天晶与虎魄两大神兵，论威力可以凌驾其上，但一者主仁爱，有富贵绵绵，浩劫茫茫的诅咒；而另一者则主凶煞，有必反噬祸主的特性。故此都是虽尊而不贵，并无资格成为皇者天子之兵。
皇者之兵，也惟有掌握在真命天子手中，才能挥得出本身之无尚神通。炎帝的天子命格是后天修改逆转而来，所以尽管有神皇之助，始终因为过刚易折而败在天晶传人剑下，不但神兵，连同一身阳火神力也被九千岁吸夺抢去。九千岁贪得无厌，不专心精研〖无字真经〗，却去贪图炎帝的力量。他同样也是无天子之命，结果就在皇城一战中因为体内阴阳力量失衡，最终也走上了炎帝的老路，惨败于天晶剑下。
神皇受主人所以拖累，抵受不住天晶大神通全面释放的恐怖威力而不幸断折。九千岁纵使侥幸未死，可是也从此变得疯疯癫癫，又残缺了一手一腿。幸好有忠心耿耿的妖龙黑霸王，及时将九千岁救走。从此，这位一代枭雄，就在蜀中的某处天坑深谷之中，隐居了整整十七年。
年前，杨昭和梵清惠因为神州龙脉一事而被困地底深处，为寻出路到处乱闯，竟然走到了那座天坑深谷之中，与九千岁相遇。机缘巧合，各自得传乾阳、坤月二功心法。九千岁更强逼杨昭拜自己做义父，将妖盟盟主之位传了给他。其实当今世上，哪里还有什么妖盟？所以这个盟主大位，不过只是说着好听而已。
杨昭原本以为，自己这一生也不会再和九千岁有什么关系了。但没想到，袁天罡以六鼎徼天**求问天机，得到的答案却是阴阳合、神皇、骊合共六个字。由此可以推敲得知，要解决天妖之劫，关键就在于天神兵神皇，以及〖无字真经〗的阴阳合一之上。为此，这位玄术奇才找来梵清惠，请她再度前往蜀中天坑深谷，向九千岁求取神皇。但梵清惠去到天坑之后，却现九千岁已经功行圆满而虹化飞升。生前吸收的炎帝阳火神力凝结成为一颗内丹，镶嵌于神皇碎片之上。有朝一日神皇如果能得再生，这颗内丹，便将能够挥出不下于天晶绿珠的神奇功效。
此时此刻，亲眼看见折断为二的神皇，杨昭禁不住又想起了当初那一段和梵清惠在黑暗地底相依为命，挣扎求生的日子。自然而然地抬起头来，向梵清惠看去。或许是心有灵犀的缘故吧，恰好梵清惠也是抬头向小王爷看来。四目相对，两人同是展颜轻笑，柔情蜜意泛起心头，不胜旖旎温馨。