刘义隆在建康刚一站稳脚跟，就开始着手“肃反”。首先，刘义隆手下亲信王昙首的哥哥王弘是四辅臣一党的，有这层关系，王弘乐得当“无间道”。然后，王弘又策反了檀道济。刘义隆对王弘和檀道济讲，“你们并不是政变最初策划者，最后也是被他们裹挟政变，只要忠心为我做事，皇家一定不与你们为难。”事到如今，檀道济知道跟着皇帝还是比较有前途，于是直接反水，“四人帮”直接变成“三人帮”。
有了檀道济为首的扬州军区的支持，刘义隆放开了手脚。公元426年元宵节刚过，刘义隆首先在首都拘捕徐羡之和傅亮，这两个老哥没有兵权，到此时就是人家案板上的肉，结果徐羡之上吊自杀，傅亮被捕后斩首。“三人帮”的亲戚和死党不是被杀就是被流放。然后，刘义隆让檀道济率领中央军剿灭荆州的谢晦，务必斩草除根。
谢晦得知京城发生巨变，连忙和将领们商议对策。幕僚何承天说，“皇帝倾全国之力攻打荆州，又站在讨逆的道德制高点上，我们势难与之抗衡。上策是将军直接投奔北魏帝国；下策是派亲信将领进驻我国和北魏的边境重镇义阳（河南省信阳市），将军率兵和政府军交战，胜则罢了，如果失败，就借道义阳投降北魏。”
谢晦沉思良久，并未采纳何承天的建议，说道，“荆州自古就是军事重镇，兵精粮足，还是和他们一决雌雄，实在不行，再跑不晚。”
其实站在谢晦的立场，直接投降北魏，有汉族夷狄之分，实在心有不甘。就像现在哪个军区司令要投降日本人，那还不被吐沫淹死。如果采纳下策，这样的军事调动一是分散兵力，二是造成军心不稳，还没打就注定输了，与其这样，还不如不打。谢晦当时应该还不知道檀道济已经投降刘义隆，所以他可能估计自己可以战胜政府军，力挽狂澜。于是就出现开篇一幕。
可惜谢晦棋差一招，当他得知檀道济带领政府军兵临城下时，大事已经去矣。一场大战，谢晦兵败身亡，亲信将领都被送上断头台。刘义隆的“肃反”运动胜利结束。
肃反之后，刘义隆一心扑在内政治理上，他继承老爸刘裕时代的“土断”政策，打击世家大族，发展农业，与民休息；刘义隆还多次亲临华林园亲自主持司法诉讼，以及反贪反腐，来保证行政措施顺利实施。就在刘义隆上台数年间，刘宋帝国国力大增，史称“元嘉之治”。
可惜这一切都来的稍晚了些，当刘义隆修好内政，国力大增之时，国际形势却不断恶化。拓跋焘已经带领北魏帝国基本统一了北方，形成对刘宋帝国的巨大威胁。时不我待，是时候撕毁“魏宋互不侵犯条约”的时候了，南北方的再一次对决不可避免。
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