张亮基在刚任云贵总督初期，面对云南的糜烂局势束手无策。頂點說，..
1861年底，马如龙联合昆阳杨振鹏和新兴田庆余部回民军，再次向昆明进发开始对省城的第三衣围攻。
186年（同治元年）初，云南府所属各州县大都被回民军占据，昆明成为一座孤城。当时坐镇昆明的云南巡抚徐之铭迫于形势，不得不改变一意主剿的态度，一面准备向回民军发动军事进攻，一面派署提督林自清和署澂江知府岑毓英到回民军中“议和”，用高官厚禄引诱他们投降。
张亮基刚一上任便遇到这样的麻烦，岁面临的形势着实不容乐观，
所幸他身边的总督卫队五千将士，都是由乡勇队帮忙训练战力强悍，不然只怕他连云贵的地面都不敢轻易踏足，这地方实在太过凶险。
而且刚开始吴可新任两广总督，也需要理顺两广事务才好腾出手来帮助盟友，刚开始那段时间只能独立奋战几乎没有外援。
此时回军将领马如龙认为机会难得，立即拜倒在云南巡抚给出的高官厚禄面前，声言“世受皇恩”，“志在报效，历年汉回仇杀，不得已铤而走险，非敢叛逆，今愿率众投诚”。
186年月经过一番羞羞答答的讨价还价，回军大将马如龙马德新杨振鹏等人正式向云南清军投诚。为了表示对朝廷的“忠顺”，马如龙等亲自到各地降，胁迫各地将士解散或撤退，各路回军占据的昆明四周的昆阳新兴晋宁呈贡嵩明罗次易门富民等城拱手献给清军。
他们的输诚行径受到了新任云贵总督张亮基的赏识，在张亮基以及云南巡抚的操作上奏下，朝廷很大方的授予投诚回军大将马如龙“署理总兵”的官职，授予投诚回军将领马德新以“二品伯克”之衔。
张亮基倒也是好运气，刚一上任云贵总督对任事务两眼一摸嘿之迹，便遇到如此好事自然不会轻易错过。
他在中原地区任职期间，吴可的乡勇队和左宗棠的楚军跟随左右，无论是河南还是淮北之地论凶险都要比战乱四起的云贵厉害得多，不管是河南的数十万捻匪还是临近的太平天国老巢，稍一不慎便有杀身之祸临头。
任职中原期间他虽然没有亲自指挥过战斗，都由手下两员大将吴可以及左宗棠帮忙解决，但手下总督卫队将士也都是见过雪经历过事儿的狠角，可能指挥大规模作战不成但是战场厮杀却是半分不秫。
经历过那么多风风雨雨，对于如此剿匪平叛有自己的一套准则，初上任时还没来得及开展工作，治下叛乱情况便有所好转，这对于张亮基来是件好事。
而回军大将马如龙马德新等降清后，大理杜文秀继续坚持反清斗争，滇西回军武装则成为云贵总督以及云南巡抚等的心腹之患。
回军大将马如龙马德新等人在云南督抚大臣的授意下，接二连三地对杜文秀进行诱降活动。186年夏马如龙写信给杜文秀，并派杨振鹏前往大理，一面以高官厚禄诱劝杜文秀投降，一面以军事进攻相威胁。
马如龙在6月日（五月初六日）的信中声称：“如以和为非，则卧榻之侧，岂容他人鼾睡，官处必发兵西向。此时两迤（指滇东滇南）既和，迤西（即滇西）孤立。前省［军］西发，每为东南所扰，故尔无功返。……刻下省垣无南顾之忧，官兵得专西伐之力，则迤西虽有数城之众，恐难敌全省之师。尔时欲迤南赴援，弟等已授职官，宜报朝廷，必无赴救之理。”
可大理杜文秀早已对朝廷失望彻底，哪会轻易听信马如龙的劝告？
他接信后既不为马如龙所述高官厚禄所动，也不理睬马如龙等的恐吓。在给杨振鹏的回信中他一针见血地指出，官府的所谓和议，“不过因江南未靖，西洋复来，各省纷争，天下鼎沸，暂为缓此急彼。俟彼处稍定，必将举全师以压我境。迨至彼时，［我兵已散，我将各离，始知朝廷包藏祸心，则谋不及施，勇不及逞，嗷嗷待毙，悔之晚矣！”
6月下旬，杨振鹏到达大理，杜文秀仍严词拒绝，“坚执不从”。186年夏，马如龙又派他的亲信马负图到大理劝降，杜文秀斩钉截铁地回答：“马云峰（马如龙号云峰）做马云峰的官，我杜文秀造我杜文秀之反。想我杜文秀归顺，除非黄河水清。不然万万不能。”
1864年，马德新亲自出马，前往大理游。杜文秀仍然拒绝讲和，他“看不起那些身为回军大将，倒反去接受清廷手下的一官职”。铿锵有力的拒绝降，表明了他与清廷势不两立的决心。