于巡抚是过去朝廷临时选派的官员，以至于一些比较 重城也都派出了巡抚的官职，由于重新划分了身份，这些人的去留就成了问题，跟内阁紧急磋商了一下，年纪大的超过六十五岁朝廷硬性规定不再担任任何职务，病重不能处理分内的事务的，勒令其退休，朱影龙第一次将“退休”这个名词搬出了历史舞台，朝廷每年都给予发放退休金，虽然这一项开支下来增加了国库的负担，但他的好处就是明显的调动了官员积极性，从原来的一次性的告老银子变成了年年都给，岂不是让这些官员老了以后离开官场后生活有依靠吗，特别是清廉的官员，虽然这些官员在大明的官场是凤毛麟角，但这项政策确实解决了他的后顾之忧，除了在心里面大呼皇上圣明之外，就是为朝廷踏踏实实的工作 了。
这样一来，去掉官场之中一些老迈昏聩的官员，使得官员年轻化、朝气化更加富有活力和创新力，还有新科的进士，除了几个比较适合做学问的，朱影龙打算经过一些如何为地方父母官的培训之后全部外放，这些培训涉及很广，配合朝廷这第一部一系列新政策的实施，他们需要在京太学中度过他们一生都难忘的三个月，给他们授课的不仅有六部尚书还有许多专业的人才，虽然这些人饱读诗书，但就如何做好官还是比较陌生的，经过短暂的学习之后，了解各人所长之后，吏部就会委派他们与之相应的官职，朱影龙更是不断的在朝会上强调，要才德兼备最 好。在适当的情况下，可以放宽德地标准，毕竟这个世界上才德兼备的人实在是太少了。在这以后，太学逐渐成为国家培训官员的机构。
随着刘鸿训带着和约顺利返京，朱影龙当众褒奖了一干官员，并且趁这个时机，下诏设立理藩院，负责国家在外交以及属国上的事宜，通商、纠纷谈判都将由理藩院来完成，以刘鸿训为尚书。刘宗周为侍郎，跟谁刘宗周出使蒙古和参加谈判的一些官员全部划归到理藩院，同时为了增进双方的互信，朱影龙特旨理藩院着手准备向各藩属国派出常驻公使，建立公使馆，享有一些特权，不属于藩属国的暂且不考虑，这也是一个不能急办的事情，否则便让个藩属国以为大明这个天朝上国意图干涉他们的内政，由于这个是双方面的。所以相信问题不大，但需要一定地时间。
做什么事情都需要钱，在市舶提举司的基础上设海关司，负责通海贸易。由于海上海盗猖獗，还有要收复江南半壁江山都需要一支精锐的水师，所以朱影龙在财政吃紧的情况下不得不下诏组建一支水师，正式为大明帝国海军。并且在山东蓬莱、青岛两地修建大型船坞和造船厂，以荷兰人的战船模型打造军舰以及各种民用海上运输船只。
一去永无音讯的湖广总督王在晋终于有了消息，他居然是从广西、广州辗转到达福建。然后在叶向高的帮助下。乘坐郑芝龙为朝廷在福建购买的粮食的海船上到达天津。马不停蹄的返京复命。
王在晋回京后，朱影龙在养心殿召见了他。一去大半年，不管这王在晋在云南取得地成果如何，就是凭他对朝廷的这份忠心，走的时候，他还特地为这位被后世史学家批评不懂军事，瞎指挥的辽东经略兵部尚书饯行，那个时候他额头上很几乎看不到太深地皱纹，头发也只是稍许白了双鬓，而现在他看到的是一个满脸皱纹，被晒的黝黑小老头，寿的眼窝都塌下去了，几乎都不敢认了，脱去官帽，一头花白地头发印入朱影龙的眼帘，还好的是，人倒是精神了许多，双目炯炯有神，他不禁鼻子一酸，有些感动，道：“王爱卿，是朕让你受苦了！”
“谢皇上眷顾，老臣职责所在，理应如此。”王在晋俯首应声道。
“来人，那两把椅子来，朕要与王爱卿面对面地坐着谈！”朱影龙朝殿外喝道。
“不，不，皇上，这使不得，使不得呀！”王在晋慌忙跪下道。
“老爱卿不必如此，快平身，朕可是等着你这一路地故事呢，你地奏折朕看了，就是不够仔细，朕想听你仔仔细细的将这一路地经过与朕说一说。”朱影龙忙弯腰下去将人扶了起来道。