制改革也非同小可，虽然他的复杂性远不如政治，但 是非常广的，军队是国家的柱石，没有军队，就没有安全，安全都没 了，就只能任人宰割，亡国也只是时间早晚的事情。
所以军制改革一定要计划周详，而且更加要严格保密，不能对外泄露半点风声，只能在几个能绝对贴心的臣子之间秘密商议，一切都在秘密中进行。
首先第一步，削弱军中勋贵权戚裙带关系的势力，军队之中最容易形成派系，只不过比较散乱，而且明朝又是文官统帅武将，甚至宦官掌军队实权，加上军备废弛，装备羸弱，又没有像徐达、常遇春以及蓝玉这样的开国大将，故而明朝的军队是从强到弱再到极其弱的，不然袁崇焕坐拥二十几万大军对只有数万人马的皇太极也只能采取坚守的策略，还有军队里面的蛀虫，吃空饷，倒卖甲库等等，还有士兵常年不在军 营，也不操练，跑出去给人看家护院的也有，上街叫卖做生意，耍把式屡见不鲜，故而军制改革首先的是裁冗留精，清除害群之马。
于是朱影龙命军机阁发下“全国武备整顿整傷”的诏令，命令全国凡属军官、士兵身份的在诏令到达之后三天之内必须归所在营地，逾期不回营者，是官的剥夺一切职务和爵位，并且示情节不等，处以一定的刑法，士兵者逾期不归者一律仗择三十，直接变为平民，自谋出处。
这一道“武备整顿整傷”诏令一下，军中顿时哗然，再傻的人都看出，皇帝已经转移了目标。准备拿军队开刀了，由于先前朱影龙已经不断的强化军政分开的基本国策，故而杨鹤、周廷儒等人就是有心插手军队上的事情，也没有一个适当的理由，因为他们都是文官，如果他们贸然插手军队地事情，不就等于告诉皇帝，告诉世人他们想做权臣吗？
自朱影龙上台以来，首先是在建立军机阁的基础上，组建的实现了军政分开。军队已经相对的成为一个独立的系统，而文官先天性的与武将不合，在那些高傲的文人眼里，武将不过是些粗鄙武夫，会舞刀弄枪罢了，哪有至圣先师的“以德服人”来的浩然正气，而有明的皇帝都认为武将桀骜不顺，故而任用一些忠君爱国地文人来统帅军队对他们的地位来说是最安全的，而朱影龙通过自己的努力，一是争取。而是通过裙带关系，掌控了全国起码七层的武装力量，完成了这些力量的掌控，才是朱影龙敢下这一道“武备整顿整傷”诏令最基本的原因。
还有借这道“武备整顿整傷”的诏令将军队中一些害群之马清除出军队。重新整顿编制军队，编订新的花名册，并且恢复营操。
诏令一出，很多武将、武官都不以为然。抱着侥幸的心理地有，有靠山在朝的心理也有，结果抱着这些心理的无条件的被清理出军队。取而代之地是长期被他们压制。立功被这些人代受的低一级武官纷纷上 台。军队的第一轮清洗就这样开始了，影响波及武官达数百人。因为清洗进行的相当温和，只是将这些人清除出军队，有罪地才被收押，有胆量孤注一掷的人再第一时间就被控制住了，这其中暗影和鹰卫的功劳不可小觑。
第一轮清洗是泥沙俱下，也不排除一些郁郁不得志，对朝廷已经麻木不信任地低级武官就这样被埋没下去了，伴随着“武备整顿整傷”地诏令，朱影龙再下一道旨意，下令从全中挑选出五百底层军官进入通州军校，同时通州军校地扩建以及第一批从