王含父子死后，王敦的其他同党也迎来了清算的时刻。
钱凤虽顶着智囊的光环，然而在穷途末路上也终究无计可施，只得被迫接受砍头的命运，沈充则更为凄惨，在逃亡途中遇到了从前的旧部吴儒，好像抓住救命稻草一样大为欢喜，结果竟被吴儒诱骗到土墙的夹缝中残忍杀死，本无希望自然不会失望，但沈充刚从地狱爬到天堂，然后瞬间掉回地狱，个中感觉怕只有当事人才能体会了。
筹划多年的王敦惨淡收场，着实悲哀。
但是司马绍却绝不会因此对他心存怜悯，在得知王敦死讯的第一时间就派出精兵前往武昌把王敦的尸体拉出来进行好一番虐待，最后砍下头颅和沈充等人的头一起挂在朱雀桥上。
司马睿几乎是被王敦气死的，司马绍完全有理由痛恨杀父仇人，且以他的权力和运气，竟也真的出了口恶气，但毕竟此举的情节太过恶劣，有损皇家形象，在郗鉴等人的劝说下终于把作乱分子统一安葬。
当然这么大的事可不是轻易就烟消云散的，后续的处理也非常繁琐，包括封赏和惩戒都是一个浩大的工程，司马绍因此耗费了不少心血，既要保持皇帝和臣子之前的距离适当，又要在文臣武将各势力之间寻一条制衡之道，他可真是比他父亲要忙碌得多了。
司马睿基本上坐享其成，放任左膀右臂王敦王导兄弟二人为他开疆拓土，虽然最终被两只手打到吐血，但除了后期想在夹缝中钻出来之外，终究没费过什么脑子。
相比之下，司马绍从上任以来就煞费苦心，无时无刻不在想摆脱王敦的束缚，各方工作几乎都做到了极致，经历了好大一番努力，终于如愿以偿地把老爹遗留下来的烂摊子料理干净了。
父子俩都算得上是业内名家，司马睿是开国皇帝，司马绍则在一定意义上完成了力挽狂澜神绩。
但是他们似乎都过得不怎么幸福，司马睿倒还好，至少有前半生的安逸，尤其是儿子，少年好学青年称帝，一生劳碌，建立宏伟大业之后却并没有得到命运的温柔以待，反而突遭横祸，不然的话也许东晋王朝还可以多繁荣一些时日。
当真是红颜薄命天妒英才，这中间的道理也许是聪明人用脑过度，以致身体其他地方难以兼顾，因此容易招祸。另一方面，当一个人把终日念念不忘的事情完成了，神经会骤然松弛下来，就像过山车，若是振荡幅度过大，总是会产生不小的祸患。司马绍在平定了王敦之乱后，身体状况就越来越差，偏偏他又是那种大大咧咧的人，不拘小节也从不在乎养生保健，往往带病主持政务，不辞辛苦，加上医疗条件受限，终于在325年闰8月25日与世长辞，年仅27岁。
就在324到325这一年的时间，司马绍的政绩还是颇具亮点的，他有条不紊地把王敦之乱的善后工作做得十分到位，并把北方士族与南方士族之间的矛盾加以弱化，减小了暴发冲突的机率，还进行了几项重要的任命。
324年10月，宰相王导被加授太保，西阳王司马羕加封全国武装部队总司令，应詹担任江州督导官，刘遐调任徐州督导官、并接替王邃镇守淮阴，苏峻调任历阳郡长，庾亮加封护军将军，温峤加封前将军。这几人对于稳定朝局起到了至关重要的作用，尤其是王导的存在让朝廷内外都看到了忠贞的意义，成了许多名门望族学习的榜样。当然苏峻虽然后来起兵谋反，但那是许多客观因素导致的，并不能认为此次认命的失误，苏峻的功劳得以封赏倒也实至名归。
到了次年，司马绍又追赠死于王敦之手的许多大臣一些安慰性的官号，不至于令他们的亲朋好友们寒心，付出总有回报，即便他们身死，国家仍会铭刻于心。