从性格来看，即便当年王猛追随桓温南下，但二人也未必能取得多大成就，桓温终究过于纠结。
抛开身上贴的标签，苻坚是个名符其实的好人，而桓温也不算坏，但问题就在于此，既好得不彻底，又坏得不彻底，且时常在好坏之间摇摆，难以定性，所以终究成不了慕容恪那样的举世良臣，也当不上石勒一类的傲世枭雄。
然而他做的努力却并不比慕容恪少，也不比石勒逊色到哪里去，只是性格决定命运，使他难有大的突破。
简文帝司马昱登极之后，曾几次三番邀请桓温入朝辅政，出任丞相，但桓温担心被别人说是包藏祸心，于是为了顾全可怜的名声，执意拒绝任命，坚持驻扎在基地姑孰。
当然桓温的威望并不会因此打折扣，掌管举国军权，又有累年的战功，东晋的文武官员无人能挑战其权威，甚至他的智囊郗超也因为有这样的后台，而成了百官追捧的对象。
时任高级咨询官的谢安就曾力邀首都东区卫戍司令官王坦之，一起前往拜访郗超，但因为求见的人太多，等到天色很晚了，仍然轮不到接见。王坦之本就不想做这种没有节操的事，于是非常生气，打算拔腿就走，谢安为了避免自己见郗超，过于尴尬，赶忙拦住王坦之，说道：“你就不能为了保命再多忍一忍！”
他二人是儿女亲家，谢安的女儿嫁给了王坦之的儿子王国宝，起初结姻当然因为对方的家世背景，但经此之后，王坦之对谢安越发瞧不起，二人也渐行渐远。
虽不想落人口实，但桓温倒也不是一点努力也不做，为防止司马奕卷土重来，于371年底再度出击，贬他为海西县公。
司马奕被吓怕了，唯恐大难临头，一味饮酒，沉湎酒色，生下儿子也不敢养育，即行掐死，世人都对他十分怜悯，桓温得知后也十分动容，不再赶尽杀绝。
372年6月，被贬的司马奕一度还成了反对派打出的旗号，逃亡的庾氏家族庾希及弟弟庾邈，联合青州督导官武沈的儿子武遵，集结武装部队深夜攻入京口，庾希对大家宣称，接到司马奕密令，要诛杀桓温。
镇守京口的晋陵郡长、大忠臣卞壸的儿子卞眈翻墙逃走，投奔曲阿，然后征集附近各县武装部队二千人攻击庾希，庾希战败紧闭京口城门自守。
这种小打小闹并不稀奇，桓温只派武海郡长周少孙前往讨伐，没几天就攻陷京口，并生擒庾希和庾邈，以及他们的党羽，全部诛杀。
经过接连不断的变故，司马昱身心俱疲，紧急召见桓温来京，商讨身后之事。
但接连收到四道诏书，桓温却仍旧不肯动身，天真地想以退为进，坐等司马昱临终禅位给自己，那样也不失忠良之名，省得有人说三道四。
然而建康城中可不只有司马昱，王谢家族就一直在旁垂涎权柄，他们固然不会夺取皇位，但东晋的权臣实际上向来都比皇帝更有力量。
7月28日，司马昱自觉大限已到，却仍不见桓温来朝，只得写下遗诏说：“最高指挥官桓温可依照姬旦当摄政王的前例，处理公务，孩子能辅佐就辅佐，不能辅佐，就取而代之。”
王坦之手拿诏书进宫，并在司马昱面前撕毁，司马昱有气无力地问：“天下是意料之外得到的东西，你何必不满意？”
司马昱是王坦之的堂妹夫，王坦之因此才敢这么肆无忌惮，当面反驳说：“天下是宣帝元帝的天下，陛下怎么可以专断独行。”
司马昱歉然说道：“那依你看，应该怎么办？”
王坦之于是当场把遗诏改写成：“家国大事完全秉承最高指挥官的意思行事，依照诸葛亮和王导的先例。”