凉州的混战在决出胜负之前，东晋的乱局已渐渐拉开了序幕。
殷仲堪虽没得到亲信同僚属的支持，但有王恭的鼎力相助，还是着打定主意和桓玄领兵东下。
397年4月7日，王恭上疏列举了王国宝的罪状，奏章呈上之时，军队也已行动起来。
东晋政府左副行政长官王珣，在司马昌明暴毙之后，眼见司马道子和王国宝肆意乱政，渐渐无心政事，变得沉默寡语，王恭兵变的奏章送到中央后，京师内外，戒严备战，司马道子问王珣说：“两个军区叛变，你知不知道？”
王珣只觉莫名其妙，反问道：“朝廷政治上的得失，我从来没有参与意见，他们反叛，我怎么会知道？”
司马道子顿时尴尬不已，一起跟来的王国宝忙问应对之策，王珣分析说：“王殷二人与你并没有深仇大恨，不过只想争一点权夺一点利罢了。”
王国宝愣了半晌，突然问：“莫非要把我当曹爽？”
王珣沉着脸回说：“这叫什么话！你怎么会有曹爽那么重的罪，王恭又岂能和宣帝相比！”
王国宝自觉失言，但心里又着实慌乱得厉害，回去之后，立即派数百人的军队驻防在竹里，时刻监视着城外的动向。
当天晚上，南京城突降暴雨，驻防在竹里的数百人纷纷四散逃走，局面十分混乱，王绪趁机建议王国宝假传司马道子的命令，征召王珣以及护军将军车胤，然后全都诛杀，以断绝人民对他们的盼望，再要挟皇上和宰相，动员全国的军队讨伐王恭和殷仲堪。
王国宝也意识到司马道子可能不会因为保自己，而与王殷对抗，如果不采取这种极端手段，小命休矣。
可是当王珣和车胤奉召而来时，王国宝却又不敢动手了，慌乱之中反而向二人请教对策，没什么奢望，只求活命而已。
但二人都对王国宝没什么好感，王珣默不作声，车胤更是极尽火上浇油的本事，一本正经地说：“以前桓温包围寿阳，很久很久才把它攻克，而今朝廷发兵攻击京口，王恭一定登城坚守，如果京口还没有攻破，而殷仲堪的军队从上游乘虚而下，你用什么阻拦？”
王国宝果然更加紧张了，精神恍惚，身心疲惫，一夜无眠，次日一大早就上疏辞了所有官职，前往宫门听候处分，希望以此化解灾难。
可是奏章呈递后，他却又后悔了，宣称皇上已下诏恢复自己的官职，准备拼拼运气。
司马道子一向胆小怕事，虽占据宰相和亲王的高位，但由内而外都透露着一股小家子气，对于眼前这种棘手的情形是没有半点主意的，只知不断妥协，以维持表面的稳定，为了避免殷王大军逼近京城，把一切责任全推到王国宝身上，派骠骑将军府高军事参议官、谯王司马尚之逮捕了王国宝，移交司法部审判。
审判只是形式，王国宝已到了非死不可的地步，他若不死，司马道子自觉永不安宁。
4月17日，司马道子以安帝的名义下诏让王国宝自杀，另把王绪绑到闹市斩首，然后派人去见王恭，对自己的过失表达歉意，并希望及早让军队复员，恢复和平。
王国宝的两个哥哥，高级咨询官王恺和骠骑将军府军政官王愉，事后都请求辞职，司马道子认为王恺与王愉不是王国宝同一个母亲所生，而感情又素不和睦，都不再追究。