398年8月，杨佺期与桓玄率领舰队突然在湓口出现，江州督导官王愉没有防备，仓惶逃往临川，被桓玄的特遣部队擒获。
大祸已经开始，司马道子让世子司马元显为剿匪司令官，然后派首都卫戍司令官王珣、右将军谢琰，联合率军讨伐王恭，谯王司马尚之则率军讨伐庾楷。
9月10日，司马尚之在牛渚大破豫州督导官庾楷，庾楷单人匹马投奔桓玄，司马道子于是任命司马尚之为豫州督导官，其弟司马恢之为骠骑将军府军政官、兼首都建康市长，司马允之为吴国郡长、司马休之为襄城郡长，每个人都手握强大武装部队，为司马道子声援。
几天后，桓玄在白石大破朝廷军队，与杨佺期挺进到横江，司马尚之撤退，司马恢之所属水师全军覆没，形势至为紧急，司马道子把大本营设在中央政府办事处，派司马元显驻防石头、王珣防御北郊、谢琰守卫宣阳门，严阵以待。
但两大军区的军队长驱直入，这些人显然是抵挡不住的，不出意外的话，当年的苏峻之乱将要重演了。
然而意外还是发生了。
王恭自从诛杀了王国宝，自认为威力无边，从不把别人看在眼里，就算最得力的左右手、军政官刘牢之，也只是把他当作普通部属，并没有特别优待，而刘牢之能力突出，战功卓著，对此深感羞辱。
司马元显得到这个情报，立刻派庐江郡长高素，秘密游说刘牢之，唆使他背叛王恭，承诺事成之后，把王恭的官位转授于他。
高素带上司马道子的亲笔书信，详细分析了祸福利害，刘牢之确实心动了，与儿子刘敬宣商议说：“王恭从前蒙受先帝的大恩，而今又是皇上的舅舅，不思拥戴皇家，反而几次出兵，攻击京都，我不能想象他的野心到底有多大，一旦战胜，他难道还肯屈居人臣吗？我打算接受朝廷的指示，讨伐叛逆，你觉得如何？”
刘敬宣说：“朝廷虽然称不上英明神武，却也并没有太恶劣的暴行，王恭仗恃手中的军队，欺负皇家，父亲跟他在感情上既不是骨肉，道义上也不是君臣，虽然在一起共事了一段时间，情意却并不能相投，今天讨伐他，于公于私并不失据，父亲何需多虑？”
刘牢之终于下定决心。
但在刘牢之出手之前，王恭的军事参议官何澹之却意外探听到了他们父子的阴谋，第一时间报告给王恭，请求王恭将刘牢之废黜。
因为何澹之与刘牢之平时就不怎么和睦，王恭却不相信何澹之的报告，甚至还设下筵席，邀请刘牢之共餐，并在大庭广众之下，戏剧性地与刘牢之义结金兰，尊称刘牢之为大哥，还把所有的精锐部队全都配属给刘牢之，让他担任前锋司令。
刘牢之对于王恭，好比杨佺期对于殷仲堪，同是互相依赖的关系，王恭并没什么军事才能，全都仰仗刘牢之的部署，可对这一亲信又不能真正亲之信之，因此招来祸患，此时受到何澹之的点拨，反而开了窍。
然而毕竟晚了一步，开弓没有回头箭，刘牢之虽觉遗憾，却已无法再事奉王恭，领军到竹里后，立即倒戈，向朝廷投降，并派刘敬宣和女婿高雅之率军折返京口，袭击王恭的大本营。
王恭正在城外炫耀他的兵力，刘敬宣派出骑兵，展开大举突袭，王恭大军瞬间溃散，王恭本要返回城中，高雅之已抢先入城，并紧闭城门，王恭只得单人匹马投奔曲阿。
一路上，王恭恨得浑身发颤，怎么也想不到刘牢之居然敢做出这种事，而因为平时从没有练习过骑马，经过长途奔跑，大腿都磨破了，更是愤恨不已。