刘牢之的加入，让孙恩饱受打击，刚开始攻克会稽等八个郡时，得意地对部属说：“天下再没有大事了，我们很快就能穿上朝廷的官服，前往建康！”部属们都异常兴奋，纷纷附和，变着花样奉承孙恩。
但当刘牢之的军队抵达钱塘江北岸，孙恩大为惊恐，勉强告诉部属：“我们保住钱塘江以南的地区，至少还可以当越王勾践。”部属们内心慌乱，只得默默点头称是。
399年12月26日，北府军浩浩荡荡地渡过钱塘江，孙恩自知大势已去，强打精神对部属说：“我不认为逃跑有什么可羞耻的。”部属们心说我去你大爷的吧，老子早知道你这么没用，何必抛妻弃子赶来投奔，现在想想真是愚蠢之极！
孙恩本是白手起家，倒也不觉有什么可惜，率领男女二十多万人，迅速向东撤退，沿途把很多金银财宝和美女抛弃到路边，以此制造路障，阻挡政府军的攻势。
士兵们果然禁不住美色和钱财的诱惑，纷纷展开疯狂的抢夺，孙恩借此机会，得以从容不迫地重回海岛。
孙恩到底是研究人性的，这种事做起来真的是游刃有余。
政府军经过孙恩这一闹，全都动了歪心思，赶跑了变民集团，自己变得比他们更加凶残可怕，打砸抢奸，遍地可见，良家百姓无不大感失望，这些人日夜盼望官军前来解救，结果刚出虎口又入狼穴，侥幸存活下来的百姓纷纷向四方逃奔，郡县之内一片荒凉，几乎看不到人烟，直到一个多月后，才有人试探着返回。
虽然过程异常悲惨，但孙恩之乱的第一回合总算告一段落。
司马元显深知孙恩用不了多久定会卷土重来，于是任命徐州督导官谢琰为会稽郡长，兼扬州五郡军区司令长官，率徐州州政府的官员，沿东海驻防戒备。
当时司马元显主管朝廷机要，人们称司马道子家是东府，司马元显家是西府，东府门前冷落清静，连地上啄食的麻雀都不受惊扰，可是西府门前却车马成群，拥挤不堪。
司马元显挨过了孙恩之乱后，更加得意忘形，下令朝中三公部长级以下的所有官员见了他都要叩头参拜，以示尊敬，而且不顾国库空虚的惨状，拼命贪赃枉法，家中财富远远超过朝廷，极尽奢侈腐败。
国内人心思变，朝中寡廉鲜耻，无疑让掌握兵权的地方官员发觉某种机会的到来，纷纷蠢蠢欲动起来。
荆州督导官殷仲堪对江州督导官桓玄的跋扈野心，深感忧虑，终于决定打破三角稳定关系，与雍州督导官杨佺期结成姻亲，约定互相救援，共抗桓玄。
桓玄警觉到自己的危险，于是上书朝廷，要求扩大自己的军区范围，以增强自身实力，并拉拢党羽。
司马元显有意从中挑拨离间，制造上游地方官员之间的内乱，以解除对建康的威胁，于是加授桓玄荆州四郡军区司令长官，又任命桓玄的哥哥桓伟代替杨佺期的哥哥杨广，出任南蛮保安司令官一职。
杨广极不情愿地把此事报告给弟弟，杨佺期顿时愤恨不已，准备动用武力拒绝桓伟赴任，殷仲堪却担心落人口实，坚决劝阻了军事行动，为了表示弥补，派杨广担任宜都建平二郡的郡长。
殷仲堪的性格固然保守，桓玄却是雷厉风行的人物，不等殷杨二人发难，率先出动军队攻克了江夏郡，并俘获了郡长、杨佺期的堂弟杨孜敬。
杨佺期终于忍无可忍，动员军队建立大本营，声称援救洛阳，实际打算与殷仲堪联合攻击桓玄。