405年10月11日，21岁的慕容超继任皇帝，改年号为太上，尊段皇后为皇太后，任命北地王慕容钟为全国各军区总司令长官，主管朝廷机要，慕容法为征南大将军、徐、兖、扬、南兖四州军区司令长官，加授慕容镇开府仪同三司，擢升政府最高行政长官封孚为全国武装部队总司令，鞠仲为最高监察长，封嵩为政府左副行政长官。
南燕由此开启了全新篇章。
慕容超即位之后，把过去的亲信公孙五楼当成心腹，慕容德留下的重要官员北地王慕容钟、段宏等人，担心受到排挤，主动请求离开朝廷，到外地任职，慕容超于是任命慕容钟为青州州长，段宏为徐州督导官，另任命公孙五楼为武卫将军，兼骑兵指挥官，并参与朝廷决策。
从此之后，慕容超性情大变，一改先前的温润模样，猜忌暴虐一天比一天严重，大权交给宠信的奸佞小人掌握，他自己则沉迷在打猎游乐的安逸生活之中。
老臣封孚本着一腔报国的热忱直言劝谏：“我听说不应该把亲信放逐到外地，不应该把旅客接待到内室，慕容钟是皇族重臣，国家的倚靠，段宏在外戚中颇负盛名，人民对他也十分尊重，都应该协助文武百官，辅佐陛下，不应该到远方镇守，如今慕容钟在外，公孙五楼在内，我深感不安。”
慕容超丝毫不加理会，仍旧我行我素，极尽亡国之君的气派，而且没有半分自知之明，居然厚颜无耻地在金殿上问群臣：“我可以与前世哪位君王相比？”
封孚当场脱口而出：“夏桀商纣。”
慕容超大怒若狂，但因为封孚的声望隆重，一时不敢杀他，不过封孚本已上了年纪，加上对朝政失去信心，没多久便在家中去世。
在他病重期间，朝中已发生了惊天剧变。
公孙五楼为了独揽大权，竭力排除异己，向慕容超诬告北地王、青州督导官慕容钟大逆不道，请求将其处死。
而在此之前，慕容德去世时，兖州督导官慕容法因为军务在身，没办法到京师奔丧，慕容超特地派人带着诏书前往指责。
于是慕容法、慕容钟和段宏等人，全都阴谋起兵叛变。
慕容超得到消息，立刻下诏征召慕容钟，慕容钟唯恐被害，声称有病不能行动，慕容超便用车裂酷刑杀了广固城中慕容钟的同党、高级咨询官慕容统，以及政府左副行政长官封嵩，封嵩的兄弟封融趁乱逃向北魏，终于保得一命。
杀掉叛变份子的同党，自然不能完全泄愤，慕容超接着派慕容镇攻击青州，慕容昱攻击徐州，政府右副行政长官、济阳王慕容凝，联合韩范，攻击兖州。
一场大乱就此展开。
406年10月，慕容昱终于攻陷莒城，徐州督导官段宏逃往北魏，在魏燕边境滞留的封融则率领民间势力袭击石塞城，斩了南燕镇西大将军余郁。
此时国内人心惶惶，济阳王慕容凝本就对慕容超没什么好感，准备诛杀韩范，回军袭击广固，不料韩范提前得到消息，集中兵力反击慕容凝，慕容凝被迫投奔梁父，韩范乘胜进击，合并了慕容凝的残余部众，很快攻克城池，慕容凝向后秦逃去。
慕容法很快也败下阵来，逃往北魏。慕容镇攻克青州后，青州督导官慕容钟屠灭了慕容镇留在青州的妻子儿女，然后挖掘地道逃出，与高都公慕容始，一起投奔后秦。