义和拳活动主要集中在中国华北的山东和河北，正是教案频繁的地区。由于帝国主义政治、经济压迫和西方传教士的文化侵略、情报刺探、对中国人民文化歧视以及当时中国守旧势力利用致使民众与教会间矛盾日益激化，义和团四处烧教会、杀教士;抵制所有外国事物和之前失败的“洋务运动“。在义和团的积极排外下，外国人被称为“大毛子“，一律杀无赦。中国人如信奉天主教、基督教，通被称为“二毛子“;其他通洋学、懂洋语、以至用洋货者，被称“三毛子“以至“十毛子“等，。时人记载:“若纸烟，若小眼镜，甚至洋伞、洋袜，用者辄置极刑。曾有学生六人仓皇避乱，因身边随带铅笔一支，洋纸一张，途遇团匪搜出，乱刀并下，皆死非命。罗稷臣星使之弟熙禄，自河南赴津，有洋书两箱，不忍割爱，途次被匪系于树下，过者辄斫，匪刀极钝，宛转不死，仰天大号，顾以为乐;一仆自言相从多年，主人并非二毛，亦为所杀，独一马夫幸免。其痛恨洋物如此。“甚至有“一家有一枚火柴，而八口同戮者“。
1897年，山东冠县梨园屯村民与教堂因历史上的土地纠纷引起冲突。威县梅花拳师赵三多应村民阎书勤等的邀请，前往援助。后赵三多将梅花拳改名为义和拳。1898年6月，山东巡抚张汝梅上奏朝廷，认为义和拳本属乡团，建议“改拳勇为民团“。并明确说义和拳就是“义和团“，在清朝官员中首次提出了“义和团“的概念。同年10月赵三多等人在冠县蒋家庄(今属河北省威县)竖起“扶清灭洋“的旗帜“起义“，遭清军镇压而失败。次年(1899年)，山东平原县知县蒋楷镇压义和团，当地义和拳首领李长水请求荏平、高唐等地的义和拳首领朱红灯支援，朱红灯在杠子李庄整齐队伍正式竖起了“天下义和拳兴清灭洋“旗帜。10月11日，蒋楷率领勇役数十人前来镇压，被义和拳打败。这次事件后来被称为“平原起义“。后来清廷加派袁世敦等人前来镇压，在森罗殿战斗中击败义和拳。其后清军游击马金叙活捉义和拳首领朱红灯、心诚和尚等人。当时的山东巡抚是毓贤，他仇视外国侵略者，对民众反洋教斗争比较同情。他罢免了蒋楷、袁世敦等，对义和拳采取剿抚兼施，以抚为主的措施，有说法指出正是毓贤改拳为团，还向朝廷上奏将民教矛盾的责任归结于教会一方。其态度遭到外国敌视，在列强交涉下毓贤被革去职务。但毓贤对义和拳也进行了镇压，在其离职前下令将朱红灯、心诚和尚、于清水等义和团首领杀害。1899年12月，袁世凯代替毓贤署理山东巡抚。
1899年，袁世凯在济南就任山东巡抚后，对义和团始终持敌对态度，在其任山东巡抚后严格限制义和团的活动，并从1900年6月开始镇压复起的义和团。在山东遭遇不利情况后，义和团开始向直隶等地转移。清政府严禁义和团，先后派出多批军队参与镇压。1900年5月12日，涞水县高洛村发生教案，练军分统杨福同前往弹压。5月22日，数千义和团在石亭设伏击毙杨福同，被称为“涞水大捷“。这次戕官事件使清廷大为震惊。随后的1900年5月27日，直隶中部芦保铁路沿线约3万义和团占据了涿州城，知州龚荫培无计可施，便绝食坐以待毙，这是义和团占据和控制的第一个州城。在此之后，清政府又派出聂士成等参与镇压，与义和团多次交战。但此时直隶地区的义和团运动已呈现出“诛不胜诛“的局面。
1899年冬，山东肥城发生英国圣公会传教士卜克斯被杀案件，在西方各国连续抗议后，毓贤被清廷免职。新任巡抚袁世凯带领北洋新军在山东大力镇压义和团。毓贤离职后到北京觐见慈禧太后，向她提出招安义和团;之后获得调任山西巡抚(他在后来的任期内先后亲自下令诱杀、捕杀了超过150名传教士和他们的家眷，参见中华书局1983年版《中国近代史》)。戊戌政变后完全控制朝廷的慈禧，对西方反对她废黜光绪感到十分不满。
1900年1月，慈禧不顾西方外交人员的抗议，发布维护义和团的诏令。直隶总督裕禄于是由本来剿灭义和团，转变成扶助义和团。除了向团民发放饷银外，裕禄还邀请义和团的首领大师兄到天津开坛聚众。于是山东的拳民涌入直隶。由天津至涿州、保定都有拳民起坛请神、烧教堂、杀洋人、杀清军、并到处毁坏铁路及电线杆等洋物。涿州知府更被三万名拳民占据。慈禧派军机大臣协办大学士刚毅和顺天府尹赵舒翘到涿州调查。结果刚毅回京后，向慈禧报告“拳民忠贞，神术可用“。朝中庄亲王载勋、端郡王载漪、辅国公载澜亦主抚义和团，向洋人开战。
1900年5月28日，英国全权公使窦纳乐(Claude Maxwell MacDonald 有感使馆区有危险，要求泊在大沽附近的17艘外国战船增援。337名外国水手及陆战队员在1900年5月31日登岸，乘火车于当晚抵京，防卫使馆区另外89名德国及奥国陆战队员在1900年6月3日抵京。
1900年6月9日，慈禧调董福祥的武卫后军进城，驻扎在天坛和先农坛附近。董军中不少士兵参加了义和团。