唤妈祖粮军逃劫
明朝至顺元年，朝廷的漕运粮船，又发生了一件妈祖护航脱险的故事。那年春天，漕运官船满载粮食，放洋出海。刚出海时，一路自是春光荡漾，水碧天晴，顺风扬帆。粮官凭栏酣酒，何等畅快!可天气说变就变，突然阴风怒号，浊浪排空，刚才春风得意，今却生死未卜，战栗哀号，叫天不应，叫地不灵。全体官兵，唯有狂呼“妈祖救我!“其声震天!哀求之际，忽然祥云瑞霭，只见空中朱衣拥盖，灯光熠熠，继而风平浪息，漕船复趋妥稳，众官兵无不朝天而谢!奏闻朝廷，皇帝下旨，赐额“灵慈“。
化螺女阻登鳌山
郑和第七次下西洋是在宣德六年至九年(1430-1433年)。郑和出发之前，先修刘家港之天妃宫，刻石立碑，行前按官例在妈祖庙中祭祀，祈求妈祖庇佑出使平安，顺达顺归。祭祀之后，即行启程，太监杨洪同行。船只三十，涉阿丹、暹罗、爪哇、满剌加、苏门答腊、木骨都束、东卜剌哇及竹步八国。船行多日，一路平安。一天，突见大洋之中，有一大山横亘于前。众人见有一岛，自是雀跃，以为可以登岛一游，以解多日颠簸之劳。正欲登岛之际，见有女子提筐采螺，众迫视之。杨洪恐众人放肆，大声喝止。忽然女子不见，大屿已没，方知前所欲登之屿，乃巨鳌浮现，欲诱众人上钩。其女子乃天妃现身，救此数十人之生命也。
烧三恶庙廊神火
宋理宗开庆元年(1259年)，海贼陈长五兄弟三人，为恶多端，杀人放火、奸淫掳掠于兴化、泉州及漳州三郡，官兵无可奈何，百姓苦不堪言。八月，贼众三舟在湄洲岛登陆入庙，祈祷于妈祖神前而不应，因怒而解衣裸体，卧于庙前栏下。妈祖放神火烧之，三贼惧惊，退遁舟中。第二天早晨，三只贼船全部出港。忽而天日晦暝，风雨骤至，雷声大作，诲浪滔天。等到雨歇天晴，海贼三舟已被吹至沙滩之上，搁浅不动。宪使王镕会兵击之，追至福清，悉数捕获。郡守徐公上疏妈祖神助之功勋，并奏请朝廷，皇上封诰“灵惠显济嘉应善庆妃“!
护允迪高丽通使
宋宣和癸卯年(1123年)，给事中路允迪出使高丽。船队入渤海湾时，突然大风骤起，舟若秋叶，八船覆七。路允迪匍匐船上，求神救庇，忽见一女神现于桅顶，急叩头求庇。只见女神玉手一挥，即时风平浪静。路允迪涕泪交加，千叩万谢!唯余一船，顺达高丽，完成使命!路允迪归来时，问为何神?莆田籍保义郎李振及福建水手告知是妈祖，并诉说妈祖无数显灵之事。路允迪说:“世间只有生我者恩大无极，我等漂泊大海，身濒于死，虽父母爱之至情，也莫能助，而神姑却能救之，此实再生之赐也。“路允迪归程又得妈祖一路保佑，立即奏明皇上，皇帝即下诏赐“顺济庙“匾额，立庙祀于江口。
护使航朝廷祭祀
清康熙五十八年(1719年)，朝廷册封琉球国，派出使者海宝和徐葆光等人，出使琉球。他们依例于行前到天后宫祈祷，以保航程平安，然后启程。一路上，清朝使者船队，不断得到妈祖神示，避过风险，顺利到达琉球国，册封琉球国王。完成使命之后，在回程途中，遇到风险，又得妈祖救护，转危为安。使者回朝复命，如实奏报妈祖护佑之功，朝廷下令举行春秋祭祀大典!
改王府天后赐泉
施琅收复台湾后，驻军于明代宁靖王朱术桂官邸，邸中仅井一口只供百人饮用，施琅再祷于神，泉水立即极汪，足资万人饮用。施琅表奏康熙，将官邸改为妈祖庙，并由“天妃“晋封为“天后“。康熙准奏，封“护国庇民妙灵昭应仁慈天后“，赠《辉煌海滋》匾，立“平台纪功碑“。庙中刻有石狮、八骏马，龙墙虎壁，庙宇具王式格构，名“台南大天后宫“，并派礼部尚书到庙祭祀。又康熙六十年，台匪作乱，提督兰于六月会师于七昆身，时值炎热酷暑，万军苦渴，因祷于神，适时潮退，军士在海边沙滩上扒开尺许，即有淡水可餐。咸滩出清泉，堪为奇迹，乃神女显灵。