明朝随郑和下“西洋“的巩珍，圆国刚'写了《西洋番国志》一书，曾介绍他在印尼见闻:爪哇国的“杜板、番名赌班(tuban，在爪哇东部，华侨称为厨闽)。簇约千余家，中国广东及漳州人多逃居于此……杜板向东行半日许至新村，番名革儿者(geresikgrisse，在爪哇东部，华侨称为锦石)。簇原为枯滩，因中国人逃来，遂名新村……约千余家……。新村向南行日许到苏鲁马益港口，水淡沙浅，大舡难进，乘舡行二十余里到苏鲁马益……华侨称为泅水，有村主，管番入千余家，亦有中国人。“他到巨港时，也发现“国多广。东、福建漳、泉人。“同郑和、巩珍等一齐下“西洋“的费信在《星槎胜览》中，也记载许多华侨在马来亚、马六甲的情况:“满刺加国……男女椎髻、身肤黑漆、问有白者、唐人种也。“《闽都记))记载明朝时福州华侨在马六甲的情况:“明永乐时，福州商人……住麻喇国多年，聚番好生子“。《明史》上有关福建冉国外去的i己载也很多，如“吕宋(属菲律宾)居南海巾，去漳州甚近……先是，闽人以其地近且饶富，商贩者至数万人，往往久居不返，'至长子孙。“。婆罗，又名文莱……郑和使婆罗，有闽人从之，因留腾其地。“可见在明代，华侨在印尼、星马和菲律宾一带已形成村庄聚居，繁衍生息。“永乐在南洋设立旧港宣慰司、
正统九年(1444年)王骥上奏:“近边牟利之徒，私载军器诸物，潜入木邦、缅甸、车里、八百诸处，结交土官热，以易有无。至有教之治兵器、近女色、留家不归者。漏我边情，莫此为甚。以故边患数生，致数年干戈不息，军民困弊。“因边境贸易而生的制造武器之物以及制造武器技术的贩卖进一步加剧了隐患。这种结果最终导致了明朝中南半岛的土地三宣六慰全被缅甸宣慰司所吞，“云南自此虚耗矣“。万历年间，云南巡抚陈用宾下令“汉夷互市，则关外有市场，防弁及巡司主之。其犯铜铁输出之禁者，必诛无赦。“三宣六慰各土司多蓄有汉人为幕僚，以应付朝廷之计，其中不乏像岳风这样的“叛国“之徒。据《明史》载，风父祖江西抚州人，商于陇川，因投宣抚多士宁为记室，得多士宁信任，后鸠杀士宁，夺印投缅，受缅伪命。另有广西人陈安者，初为郡吏，亡命入缅，应履信任之，署为丞相，教以侵掠疆土之计。这类人未见姓名者尚多，大都留居缅境不返。
嘉靖二十七年(1584年)朱纨派卢镗攻破双屿港，许栋逃去，其部众被杀很多，有些人则逃到了其他海岛。后来，王直成了东南海上最大的海商头目。嘉靖三十五年(1556年)三月，王直派徐海“拥众十余万寇松江、嘉兴诸郡这是武装海商集团对明王朝海禁政策的公然反抗。明王朝不惜血本，从全国抽调兵力进行镇压，终于将这些海商集团镇压了下去。在这个过程中，有大批的沿海人民因私自出海不敢回乡，或因被明军击溃而流寓到南洋诸岛。另一方面，自正德以后，西方殖民者陆续来到南洋一带和中国沿海。葡萄牙人最先来到东方。西方殖民者迫切希望得到中国丝绸、瓷器等物品，这吸引着越来越多的海商冒险私出。其中有些人长期不归，成为华侨。同时，殖民者为了经营夺取的殖民地，需要大量熟练的劳动力，便在中国沿海掠卖人口。明中期以后，沿海群众不断有人无缘无故地失踪，就是因为殖民者“拐掠城市之男妇人口“的结果。这与西方殖民者在非洲掠卖动力，便在中国沿海掠卖人口。明中期以后，沿海群众不断有人无缘无故地失踪，就是因为殖民者“拐掠城市之男妇人口“的结果。这与西方殖民者在非洲掠卖黑奴具有同样的性质，只是规模较。因此，在这期间流寓南洋一带的华侨迅速增加。例如在淳泥华人多流寓其地。嘉靖末，闽、粤海寇遗孽逋逃至此，
据何乔远《名山藏》云:“南海人梁道明者，弃乡里往居之。闽、广民从商者以千数，推道明为酋长，施进卿副之……广东人陈祖义者，故有罪，亡人某国，久之，亦有众“4。梁道明为海商，往南洋经商，“以千数“的从商者尊他为首领;海盗陈祖义，跟随他的人不少，因而“亦有众“，也是流寓华饶头领。
“国人多是广东、漳、泉州人逃居簇，人甚富饶，地土甚肥。……昔洪武年间，广东人陈祖义等，全家逃于此处，充为头目，甚是豪模，凡有经过客人船艘辄便劫夺财物。“
粤洋东莞海盗何亚八、郑宗兴伙同徽州商人王直、徐惟学及叶宗满等兴贩津泥。继后，闽、粤海盗多“逋逃“爪哇、旧港、{孛泥(大泥)、阁婆、交眦、占城、逞罗、柬埔寨和菲律宾等国家和地区，其中流寓津泥者人数最为众多。
《明史·外国传·渤泥篇》云:“渤泥后名大泥，华人多流寓其地。嘉靖末，闽、粤海寇遗孽逋逃至此(即指林道乾等)，积二千余人。“
《东西洋考》云:““吉兰丹，即渤泥之马头也，风俗同滓泥。嘉靖末，海寇余众，遁归于此，生聚至二千余人2。
所谓“嘉靖末，闽、粤海寇遗孽“系指广东海盗张琏与林道乾的部众(多为闽、粤人)。嘉靖末年，张琏海滨起义失败，航海遁走南洋旧港。据《明史·三佛齐传》云:张琏作乱，官军已报克获。万历五年，商人诣旧港者，见琏列肆为蕃舶长，漳、泉人多附之，犹中国市舶官云。
“嘉靖末，广东大盗张琏作乱，官军已极克复。万历五年商人诣旧港(今印尼巨港)者，见琏列肆为蕃舶长，漳、泉人多附之。
嘉靖四十五年(公元1566年)，林道乾率领船队到台湾北港，为俞大猷官兵追剿，即率船队扬帆往南洋，航行途中抵达大昆仑岛。这个海岛属康道耳群岛，是中国与南洋往来必经之地，但处于危险海域，航海者“上怕七洲，下怕昆仑“的警语五。据史书记载，林道乾当年航海到达昆仑岛时，曾经打算以它作为“海外扶余“。此事，清人郁永河在《海上纪略》中有详细记叙:
林道乾，明季海寇，哨聚在郑芝龙、刘香老前。图据闽、粤不遂，又遍历琉球、吕宋、暹罗、东京、交f9-诸国，无隙可乘。因过大昆仑，见其风景特异，欲留居之。其山最高且广，四面平壤沃土，五谷俱备，不种自生，中国草木无不有，百卉烂烂，四时皆春，但若空山无人。道乾率舟登山结茅，自谓海外扶余，足以据土立国。奈龙出无时，风雨倏至，屋宇人民多为摄去;海舟又倾荡不可泊，意其下必蛟龙窟宅，不可居，始弃去...…台湾有老人，经随道乾至大昆仑者，尚得详言之。
这则史料是跟随林道乾至大昆仑的老人提供的，所之事当确实可靠。海盗视海岛为家，林道乾欲在大昆仑“据土立国“，是自然而然之举，由于春常遭飓风袭击，造成人、船损失，故弃岛而去。此位老人所讲林道乾上大昆仑山的故事，引起郑成功的重视与兴趣，因而萌生“有卜居大昆仑之志“。他“咨访水程、风景甚悉。会病亡，不果邪1。
万历元年(公元1573年)初，林道乾率众航海到柬埔寨。他到达柬埔寨时喜逢同乡杨四，两人即结“刎颈交“。杨四时随父到柬埔寨，父身故，当地一长老收养为子，长立为把水使。林道乾在杨四的帮助下晋谒寨主，受礼遇，命属把水使翁十、苏老和林十六等所部。过后，林道乾在柬埔寨人民及杨四等饶协助与掩护下，挫败了明王朝官兵与安南国都统莫茂洽的搜捕行动。在暹罗，林道乾颇受礼待，国王与之“歃血为盟誓“，不准“汉使“入境追捕。
林凤[19岁参加海上绿林泰老翁队伍，后继其业，以澎湖为基地，开拓海上贸易，最盛时辖舰300余艘，人员4万以上。隆庆元年(1567年)率部攻占惠来县的神泉港。万历元年(1573年)屯南澳岛的钱澳，十二月进攻澄海，大败官兵。二年二月攻打潮州、惠来，四月攻入清澜(今海南省文昌县)，六月在广东兵败，退至福建沿海，十月遭福建总兵胡守仁官军袭击，转移到魍洪(台湾)的鸡笼(基隆)驻扎。十一月先后进攻潮阳踏头埠(今汕头市的达濠区)、饶平县柘林、惠来县靖海、陆丰县碣石等广东沿海港埠。明朝被迫集中水陆主力围剿林凤。林凤以南澳岛为根据地，相持不下，后曾修书议和求抚，广东总兵殷正茂不予接纳。为避官兵进剿，林凤率战舰62艘，5500余人，扬帆向吕宋进发。当月二十九日抵达马尼拉湾的马里斯。首次进攻马尼拉获胜，击毙西班牙驻菲律宾总指挥戈尹特(maytlngoiti)。后在邦阿西楠省(panggsinan，)的林加延湾(lingayeng.)建立都城，自称国王，与当地居民关系融洽。三年三月，西班牙派兵进攻林凤，明朝政府乘机联合围攻。林凤苦战4个月，因粮械不继，于八月四日，一夜之间，率40余艘战舰巧妙突围，直抵台湾，后返潮州，出没于柘林、靖海和碣石之间，船舰又增至150余艘，势力复振。后林凤离开潮州，不知所终。
简单来，嘉靖大倭寇曾严重威胁到明朝经济核心区江南苏、松一带的安全，“影响十分恶劣“，所以明廷相当重视此事，十几年来一直坚持出兵，终于将其扑灭。之所以破坏力巨大，又因为此时的倭寇能够同时掌握处于症日两国的资源，包括中国成员熟悉沿海水文地理、部分中国居民的支持、日本大名的默许、五岛列岛作为巢穴、日本武士作为精英战力等等。至明中叶“雨啸风嗥，几无宁岁“，有江寇、虔寇、广寇、漳寇、海寇、峒寇、畲寇、盐寇，此起彼伏。《筹海图编》在“叙寇源“部分，即追踪倭寇来源时:“今之海寇，动辄数万，皆托言倭奴，而其实出于日本者不下数千，其余皆中国之赤之无赖，孑人而附之耳。大略福建漳郡居其大半，而宁绍往往亦有之，夫岂尽倭也。“史籍《嘉靖东南平倭通录》载:“盖江南海警，倭居十三，而中国叛逆居十七也。“又如《吾学编》载:“大抵贼中皆华人，倭奴其十之一二。“
参与剿倭的将领王忬，也向皇帝报告:据他调查，“倭寇“头领约有百余人，其职雄狡着名“者，都是本国之人，如“徽州王五峰(王直)、徐碧溪、徐明山，宁波毛海峰、徐元亮，漳州沈南山、李华山，泉州洪朝坚“等。2另一剿倭名将胡宗宪，根据实际调查，编写了一本《筹海图编》，其中列出十四股势力最大的“倭寇“，其头目同样全部是中国人。3也就是，在所谓的“倭寇“内部，中国人不但在人数上占了绝对优势，也同时牢牢把握着领导权。
事实上，“倭寇“这种称呼，在嘉靖年间已经产生了不的争议。身处抗倭第一线的基层将领万表，就对从地方到中央都在“混言倭寇“的做法非常不满，万表:海贼大头目王直、徐碧溪的亲属子侄，都住在杭州等地，逍遥法外;王直等贼寇四处荼毒生灵，地方官却每每上报是“倭寇“进犯，真是自欺欺人。4浙江慈溪知县薛应旗也:称呼海贼为“倭寇“，是中了海贼之计。海贼中虽有倭人，但“主谋响导“者仍是“中国之贼“，这些人假冒倭寇，藏匿身份，是为了保护自己的亲戚族人不受牵连。5万表感慨:杭州的店家，明知对方是海贼，仍然“任其堆货，且为打点护送“地方百姓，对待贼寇，也“或送鲜货，或馈酒米，或献子女，络绎不绝“时人记载，漳州一带的假“倭寇“回乡，“皆云做客回，邻居皆来相贺“。6南京刑部尚书王世贞的法最夸张:“自节帅而有司，一身之外皆寇也“--除了督抚将帅，所有人都是贼寇。
明朝官员多把放开海禁作为解决倭寇的问题的办法，这当然有一定道理，却不能倭寇本身就是为了谋求开放海禁;实际上厉行海禁的朱纨在1549年被免职后，就没人在总体上厉行过海禁;且1550年明廷就应浙江巡按董咸之请放松了海禁。抗倭期间明军表现出的狼狈，明他们本不可能实行真正的严禁。即是1567年隆庆开海后，也禁止华人直接出海去日本。在开海后，倭寇并没有马上消失，在广东等地零星活动，但势头越来越弱。当时南海海盗头目曾一本也和倭寇有合作，但并不紧密。中国海域上的海盗，此后多转以台湾、南洋等地为巢穴。且由于日本的丰臣、德川政权相继控制了九州，也严禁当地武士出海为寇。故倭寇此后就基本消失了。
倭寇现象当然和海禁有关，但与其是不开禁导致倭寇，倒不如是在长期的明禁实松的贸易政策下，明朝政府既不愿意也无能力，去规范海上秩序，形成了沿海豪族、商人和日本武士相互勾结成海商集团，而不同集团为了垄断利益又发展武装、互相火并的局面。这些人既然已经拥有了武力，而明朝海防又脆弱不堪，那么劫掠沿海地区就是顺手而为的事情了。把倭寇和海禁进行单线的联系，是一种近乎真的历史解释。到底，没有巩固的海防作为前提，无论开禁还是严禁，都不可能是有效的治倭政策。先剿倭寇，再开海禁，虽然很难是明廷有完善计划的行动，但不失为稳健的策略。
假倭寇南上坑害中国沿海，南下掠夺商船据岛为国王，这种短期内看似威风但长期看却损害了华人利益。沿海海盗对母国沿海农民内卷化的内斗导致海外华人被伤害时没有母国支持。看似在当地被殖民者许予高官后禄到最后变成了高级韭菜害华族损失惨重。西方殖民主义者在南洋群岛奴役当地土着居民的同时，也迫害华侨。《明史》载明万历三十一年(公元1603年)西班牙殖民者在菲律宾大肆屠杀华侨，先后死者二万五千人。“《泉州府志》对此惨案也有记载:“(万历)三十一年……是年泉商贩吕宋者数万人，尽为所杀。“