八旗扩充
连年的战争，使这支战斗力极强的八旗子弟获得垫葛拜了不少利益。他们在统一女真各部落，以及同明朝统治者争夺天下的战争中，获得了上百万人口、牲畜、甲仗、兵器，以及大量的金银财宝。努尔哈赤当时仿照明朝的官职，对作战有功之臣分别授与不同的官衔，统兵辖民，并根据贡献的大小，赐与大量的人畜财帛，供慨协讲其享用。不少官将还领受敕书，子孙后代永远袭职。这样，就使满洲的八旗子弟在进关之前即已形成了一个贵族阶层，享受着特殊待遇。
八旗蒙古
努尔哈赤、皇太极势力增大后，把征服的蒙古族人也编入旗内，统归八旗管辖，被称为八旗蒙古。后金天命九年(公元1624年)，努尔哈赤把征服的蒙古族人编成五个“牛录“，隶属于八旗满洲。
八旗组织中蒙古旗与汉军旗的建立比满洲旗稍晚。
清皇太极天聪三年(1629年)，已有蒙古二旗的记载，称为左右二营。
清皇太极天聪八年(1634年)，改称左翼兵和右翼兵。
清皇太极天聪九年(1635年)，后金在征服察哈尔蒙古后，对众多的蒙古壮丁进行了一次大规模的编审，正式编组为若干蒙古牛录分属八旗。至此，八旗蒙古出现了。
八旗汉军
努尔哈赤进入辽沈地区，大量汉人被掠为奴，编入八旗满洲之内，成为家内奴或拖克索(农庄)内从事生产的奴仆。同时，为扩大兵源，从为奴的汉人中抽出一些壮丁(规定每20人抽一人当兵)，其所需马匹器械由20名汉人共同出钱购买。其壮丁享叠姜狼家为汉军户，对汉军户有优厚待遇，比如，可以全家迁入努尔哈赤所在的城中居住，以示信任。
皇太极即汗位后，改变努尔哈赤对汉人的政策，不再把被征服地区的汉人编入满洲八旗人家为奴，编庄别居，减少了满汉之间的民族矛盾。对这些汉人，由投降过来的原明朝官员或后金提拔的汉人官员来管理。
清皇太极天聪五年(1631年)，创建时汉军单独编为一旗(一说天聪七年)。
清皇太极崇德二年(1637年)分汉军为二旗，旗色玄青，四年分二旗官兵漏组为四旗。
清皇太极崇德七年(1642年)，把汉军扩为八旗。至此，八旗汉军正式出现，成为清朝三军之一。所使用的旗帜和满洲、蒙古相一致，即正黄、镶黄，正白、镶白，正红、镶红，正蓝、镶蓝。至此，满洲、蒙古、汉军各为八旗的制度臻于完善。
八旗改色
清天命十一年(1626年)，努尔哈赤死后，皇太极继承汗位之后，为名正言顺及巩固权力，将多铎、阿济格二人统领的正黄、镶黄二旗改色为正白旗与镶白旗，而将自己亲领的原正白旗改色为正黄旗，又夺取杜度的原镶白旗主之位，交由长子豪格担任，改色为镶黄旗。皇太极首先在每旗仍设管理旗务大臣一名，也即固山额真，职责是“总理一切事务“。分散了主旗贝勒的权力，降低了他们的自主性。
清皇太极天聪四年(1630年)，阿敏获罪，被罢官幽禁后，由他弟弟济尔哈朗为镶蓝旗旗主。
清皇太极天聪六年(1632年)，皇太极取消了四大贝勒并坐的仪式，改为由皇太极一人“南面独坐“，提高了皇太极的地位。
清皇太极天聪九年(1635年)，正蓝旗主莽古尔泰意图谋反事败遭诛，该旗由皇太极所得，皇太极将其与自己亲领的正黄旗混编重组，成为新的正黄旗和镶黄旗，并从中分出8个牛录给予豪格统领的原镶黄旗，又再次将其改色为正蓝旗。
清顺治五年(1648年)，豪格因1643年的继位之争被摄政王多尔衮陷害下狱暴亡，正蓝旗又为多尔衮所得，多尔衮将其与自己统领的正白旗混编重组，成为新的正白旗和镶白旗，将胞弟多铎统领的原镶白旗改色为正蓝旗。此后八旗旗色再未变化。
上下之分
八旗本无高低之分。