后妃
孝端文皇后，博尔济吉特·哲哲（所有博尔济吉特氏都是蒙古科尔沁部人）。正宫皇后。生三女，下嫁额哲、奇塔特、巴雅思祜朗。
孝庄文皇后，博尔济吉特·布木布泰。永福宫庄妃。生一子，顺治帝。三女，三女分别下嫁弼尔塔哈尔、色布腾、铿吉尔格。
敏惠恭和元妃，博尔济吉特·哈日珠拉。关睢宫宸妃。生一子，二岁而殇。
懿靖大贵妃，博尔济吉特·娜木钟。麟趾宫贵妃。生一子，博穆博果尔。一女，下嫁噶尔玛索诺木。
康惠淑妃，博尔济吉特·巴特玛璪。衍庆宫淑妃。改嫁给皇太极
元妃（1593―1612），钮祜禄氏。弘毅公额亦都的女儿，皇太极元配夫人，首任大福晋。生一子，洛博会，幼殇。明万历四十年卒，年二十。
继妃，乌拉纳喇氏。生二子，豪格、洛格。一女，下嫁旺第。
侧妃，叶赫那拉氏。生一子，硕塞。
侧妃，扎鲁特博尔济吉特氏，戴青贝勒女。生两女，一女固伦公主下嫁誇扎，一女下嫁哈尚。天聪九年十月初七日，扎鲁特博尔济吉特氏被皇太极给了叶赫部的南褚[10]。
庶妃，纳喇氏。生一子，高塞。二女，下嫁辉塞、拉哈。
庶妃，奇垒氏。察哈尔部人。生一女，第十四女建宁公主，下嫁吴应熊。
庶妃，颜扎氏。生一子，叶布舒。
庶妃，伊尔根觉罗氏。生一子，常舒。
庶妃，生一子，韬塞。
庶妃，生一女，下嫁班第。
折叠子女
皇太极生有11子14女。
子
豪格，长子，肃武亲王。
洛格，次子，活至十一岁死亡。
洛博会，三子，活至七岁死亡。
叶布舒，四子，辅国公。
硕塞，五子，承泽裕亲王。
高塞，六子，镇国悫厚公。
常舒，七子，辅国公品级。
八子，早殇。（1637年8月27日—1638年3月13日），崇德二年七月初八日生，生母为敏惠恭和元妃博尔济吉特氏（蒙古族人）。崇德三年正月廿八日殇，年二岁，未封，未命名。他们母子最受清太宗皇太极宠爱。
福临，九子，清世祖，顺治帝。
韬塞，十子，辅国公。
博穆博果尔，十一子，襄昭亲王。
女
长女：敖汉固伦公主，母继妃乌喇那拉氏，嫁蒙古敖汉部郡王班第。
次女：固伦温庄长公主，名马喀塔，母孝端文皇后，先嫁蒙古察哈尔部林丹汗之子额哲，再嫁额哲弟阿布奈。