同治三年六月，清军攻陷太平天国首都天京。
同治四年四月，科尔沁亲王僧格林沁为捻军所杀。
同治六年十二月，东捻军被平定。
同治七年七月，西捻军主力被平定。
同治九年七月，两江总督马新贻被刺杀。
同治十一年九月，册立皇后阿鲁特氏（孝哲毅皇后）。
同治十二年正月，亲政，同年陕甘回乱及云南回乱大致平定。
同治十三年十二月，同治帝崩，享年十九岁。
死因之争
咸丰十一年十月初九在太和殿举行了载淳的登极大典，改号为同治，实际上是慈禧一人总揽大权，开始了她长达四十八年之久的统治。载淳于十一年九月十四日十七岁时举行了大婚典礼。两宫皇太后于第二年正月廿六日正式卷帘归政了，但慈禧极不放心，还常常插手干预，使年轻自负的载淳皇帝不甘忍受，不到两年就死了。对于同治帝的死，尽管清代宫廷史料，特别是档案内均有较明确的记载，但由于上述的种种原因，在一些私人著述和笔记中，还是提出了各种不同的说法，并加了一些演义性的描绘，有的说他死于天花，有的说他死于梅毒，也有的说他死于疥疮，众说纷纭，莫衷一是。据《桃花圣解庵日记》同治十三年甲戌十二月五日记载：……嘻戏游宴，耽溺男宠，日就裸瘠，旋患痈，项腹各一，皆浓溃，日未昏，殆不知人。同治帝《国史旧闻》）濮兰德、巴克斯著《慈德外记》载：“私家著述，皆谓太后纵帝游荡，及至得疾，又不慎重爱护，以至深沈不起，……盖帝常履饮于外，至翌晨召见军机时犹未归也，或醉中言语失次，杂以南城猥贱之事，……一八七三年（即同治十二年）外间皆窃窃私议恐帝寿之不久。至次年十二月，帝得痘症，不能临朝，两宫皇太后代执国政，月底帝遂降谕日：‘朕于本月有天花之喜，……’”。《四朝佚闻》中载：“穆宗之崩，传者不一，或云天花，或云内毒，而医药不能尽合……”这些著述除了记载同治皇帝的病情死因之外，还特意说明了同治皇帝南郊微服履行之事，并且把这件事与同治皇帝母子矛盾及病和死联系在一起。说明由于西太后专权，同治忧郁不快之情，但是，在慈禧监视之下，仅有几个太监夜间常出没于宫禁森严的大内，至整夜不归，竟达次晨来不及召见军机大臣或醉语胡言的程度似难出现。
其实。同治皇帝的病情和死因，可以从清代皇帝“脉案档簿”中看得一清二楚，《万岁爷进药底簿》中详细记录了自同治十三年十月三十日未刻载淳得病至同年十二月初五日酉刻死去前后三十六天的脉案、病情和用药情况，它完全证明了载淳最后死于天花。
这是详实可靠的。1979年中国第一历史档案馆、中医研究院和北京医院的有关专家教授，对同治皇帝的病情发展及用药情况进行了专门的研讨，大家的结论仍认为同治皇帝死于天花是无疑的。
穆宗陵墓
惠陵是清穆宗爱新觉罗·载淳（同治帝）的陵寝，位于景陵东南三公里处的双山峪，载淳在位十三年（1862-1874年），生前一直未建陵寝。死后，于光绪元年（1875年）二月，清廷选择双山峪为万年吉地，二月二十三日确定陵名为惠陵。自光绪元年八月初三日动工，至光绪四年九月竣工，（1875-1878年）历时三年零一个月，共耗银两。承修大臣醇亲王奕、左都御史魁龄、户部侍郎荣禄、署理工部侍郎翁同和等。
惠陵建筑规制依照定陵，除未建圣德神功碑亭和二柱门外，又裁了石像生和接主神道的神路。建筑布局从南往北依次为：五孔拱桥一座、平桥两座、石望柱两根、牌楼门一座、东西下马牌各一座、神道碑亭一座、神厨库一座、井亭一座、三孔拱桥三路、平桥两座、东西朝房各一座、东西值班房各一座、隆恩门一座、东西燎炉各一座、东西配殿各一座、隆恩殿一座、琉璃花门三座、台石五供一座、方城、明楼、宝城、宝顶各一座，宝顶下为地宫。陵寝外围环以砂山。除东西值班房为布瓦盖顶外，其他建筑屋顶均覆以黄琉璃瓦。
该陵虽是清晚期营建的皇帝陵，但所用木料均为楠梃木，木质坚硬，俗有“铜梁铁柱”之称，因而大木构架至今保存完好。
家庭成员
父母
父亲：爱新觉罗·奕詝（咸丰帝）
嫡母：孝贞显皇后（慈安皇太后）
生母：孝钦显皇后（慈禧皇太后）
后妃
皇后（1人）
孝哲毅皇后阿鲁特氏，蒙古正蓝旗，修撰、翰林院侍讲、封三等承恩公、累官户部尚书崇绮之女，副都统、前任大学士、军机大臣赛尚阿之孙女，郑亲王端华之外孙女。
咸丰三年甲寅七月初一（1854年7月25日）生。九月十四（10月15日）子时迎娶，年18岁，比载淳大两岁。同治七年二月初三（1872年3月11日）册立为皇后。同治十四年（1874年）十二月，德宗即位，奉两宫皇太后命，封为嘉顺皇后。
同治帝崩，后对自己前程感到绝望“以寡嫂居中宫不成体统”，又对慈禧专横、阴毒、暴虐充满怨恨，收到其父无字书信后吞金屑求死，抢救暂缓，又绝食。光绪元年乙亥二月二十（1875年3月27日）寅刻薨，仅22岁，时距穆宗崩才七十余日，五月上谥曰孝哲嘉顺淑慎贤明宪天彰圣毅皇后。九月，暂安梓宫于隆福寺。五年三月二十六（1879年4月17日），合葬惠陵，升祔太庙。光绪二十八年（1902年）十月，宣统帝入嗣穆宗，于宣统二年（1909年）四月加上尊谥恭端二字。
皇贵妃（4人）
淑慎皇贵妃，富察氏，穆宗立皇后，同日封慧妃。进皇贵妃。德宗即位，以两太后命，封为敦宜皇贵妃。进敦宜荣庆皇贵妃。光绪三十年，薨。谥曰淑慎皇贵妃。
庄和皇贵妃，阿鲁特氏，大学士赛尚阿女，孝哲毅皇后姑也。事穆宗，为珣嫔，进珣妃。光绪间，进珣贵妃。宣统皇帝尊为皇考珣皇贵妃。孝定景皇后崩未逾月，妃薨。谥曰庄和皇贵妃。
敬懿皇贵妃，赫舍里氏，事穆宗，自瑜嫔进瑜妃。光绪间，进瑜贵妃。宣统间，进尊封敬懿皇贵妃。
荣惠皇贵妃，西林觉罗氏，事穆宗，自瑨贵人进瑨嫔。光绪间，进瑨妃。宣统间，进尊封荣惠皇贵妃和荣惠皇太妃。
无子女