变法开始后，清政府中的守旧派不能容忍变法运动的开展。有人上书慈禧太后，要求杀了康有为、梁启超;奕劻、李莲英跪请太后“垂帘听政“;御史杨崇伊多次到天津与荣禄密谋;甚至宫廷内外传言将废除光绪，另立皇帝。
光绪皇帝1898年7月30日，光绪帝颁密诏给杨锐，嘱维新派妥筹良策，推进变法。密诏中说:“朕位且不能保，何况其它?“光绪帝意识到将有变故，自己处在危险地位，流露出焦急心情，要维新派筹商对策。
1898年9月1日，礼部主事王照疏请光绪帝游历日本等国，以考察各国情况。怀塔布、许应骙不肯代送。王照弹劾他并到堂亲递，怀塔布不得已允许其代奏。许应骙则上奏弹劾王照“咆哮署堂，借端挟制。“
1898年9月4日，光绪下令将怀塔布、许应骙、堃岫、徐会沣、溥颋、曾广汉等阻碍变法的礼部六堂官革职。王照赏给三品顶戴，以四品京堂候补，用昭激励。怀塔布老婆与慈禧太后有亲戚关系，遂向太后哭诉。
1898年9月5日，光绪召见谭嗣同，并命谭与刘光第、杨锐、林旭以四品卿衔在军机章京上行走。
1898年9月11日，光绪帝召直隶按察使袁世凯来京陛见。湖南举人曾廉上书请杀康有为。
1898年9月13日，光绪帝拟开懋勤殿，设顾问官，慈禧太后不允。光绪帝手谕杨锐以变法之难，命康有为等详细筹议。
1898年9月14日，直隶按察使袁世凯抵北京。前日本首相伊藤博文经天津抵京。
1898年9月16日，光绪帝在颐和园召见统率新建陆军的直隶按察使袁世凯，面谈后升任他为侍郎候补。另一方面，直隶总督荣禄以英俄开战，催袁急回天津。毕永年与谭嗣同议软禁太后事。
1898年9月17日，光绪帝再召见袁世凯，命与直隶总督荣禄各办各事。光绪帝命康有为即离京赴上海督办官报局，传通过杨锐带给康有为密诏。
袁世凯1898年9月18日，御史杨崇伊上书慈禧，称大同学会蛊惑士心，紊乱朝政，引用东人，深恐贻祸宗社，吁恳皇太后即日训政以遏乱萌。据袁世凯的日记，之后谭嗣同于9月18日去法华寺夜访袁世凯，透露慈禧联同荣禄，要废除光绪;并说皇上希望袁世凯可以起兵勤王，诛杀荣禄及包围慈禧住的颐和园。两日后(9月20日)，袁世凯回到天津，次日晚袁世凯听到杨崇伊从北京带来的政变消息，以为密谋已经泄露，为避免自己被牵扯上叛逆罪，将谭嗣同的计划向荣禄报告。也有一种说法是，袁世凯离京前密告给军机大臣礼亲王世铎。
1898年9月19日，傍晚慈禧突然离开颐和园，返回大内。光绪帝自是日起迁居瀛台。康有为访英国传教士李提摩太，请英国公使相助，不成;又访伊藤博文，请游说慈禧太后。当晚黄绍箕劝康有为迅速离京。深夜，梁启超、康广仁等恳求康尽快出走。慈禧回宫。
1898年9月20日，凌晨康有为携仆人李唐离京。光绪皇帝第三次召见袁世凯，之后袁回天津。光绪皇帝接见日本前首相伊藤博文，亲密交谈。慈禧太后垂帘旁听，极为不满，当天深夜又接到荣禄密报，说光绪帝欲软禁太后。康有为离开北京。
戊戌政变
戊戌变法-清朝时期的一次政治改革1898年9月21日，凌晨，慈禧太后突然从颐和园赶回紫禁城，直入光绪皇帝寝宫，将光绪皇帝囚禁于中南海瀛台;然后发布训政诏书，再次临朝“训政“，“戊戌变法“失败。戊戌政变后，慈禧太后下令捕杀在逃的康有为、梁启超;逮捕谭嗣同、杨深秀、林旭、杨锐、刘光第、康广仁、徐致靖、张荫桓等人。
1898年9月24日，刚毅奉太后谕令开始搜捕四军机章京等变法份子。杨锐、林旭当日被捕。刘光第投案自首。杨深秀因诘问慈禧太后为何罢黜光绪帝，在闻喜会馆住处被捕。
1898年9月25日，谭嗣同在浏阳会馆被捕。
1898年9月28日，在北京菜市口将谭嗣同、杨锐、刘光第、林旭、杨深秀、康广仁六人杀害;徐致靖处以永远监禁;张荫桓被遣戍新疆。所有新政措施，除7月开办的京师大学堂(今北京大学)外，全部都被废止。
变法内容
文教改革
举办京师大学堂所有书院、祠庙、义学、社学一律改为兼习中西学的学堂;各省会设高等学堂，郡城设中等学堂，州县设小学鼓励私人开办学堂设立翻译、医学、农务、商学、路、矿、茶务、蚕桑速成学堂;派皇族宗室出国游历，挑选学生到日本游学废八股、乡会试及生童岁、科考试，改考历史、政治、时务及四书五经，以及定期举行经济特科设译书局颁发著书及发明给奖章程，保荐格致人才。主要措施为:废八股，兴西学;创办京师大学堂;设译书局，派留学生;奖励科学著作和发明。
经济改革
康有为强调中国必须以工商立国，才能富国养民;另因为官办企业多弊病，故也着重鼓励民办企业、设铁路矿务总局、农工商总局，并在各省设分局、广泛开设农会，刊印农报，购买农具，订立奖励学艺、农业程序，编译外国农学书籍，采用中西各法切实开垦、颁发制器及振兴工艺给奖章程、在各地设立工厂、在各省设商务局、商会，保护商务，推广口岸商埠、开放八旗经商的禁令，名其学习士农工商自谋生计、倡办实业，促进生产、鼓励私人开办工矿企业。
军事改革
改用西洋军事训练;遣散老弱残兵，削减军饷须支，实行团练，裁减绿营，举办民兵;颁发兴造枪炮特赏章程;筹设武备大学堂;武科停试弓箭骑剑，改试枪炮。
社会改革
将城乡许多祠堂、庙宇改为学堂，破除迷信。
政治改革
光绪(一)开放言路。光绪皇帝下诏，允许报纸“指陈利弊“，“中外时事，均许据实昌言，不必意存忌讳“。又下诏，凡院、部司员欲条陈意见，可以上书，通过本衙门的“堂官“(首长)代传。普通百姓可以到都察院呈递;
(二)精减机构。撤销詹事府(主管皇后、太子家事)、通政司(主管内外章奏)等六个衙门，各省也要做相应精减;
(三)任用新人。维新派杨锐、刘光第、谭嗣同都被光绪任命为“军机衙门章京上行走“(秘书)，参与新政。
(四)仿效康熙、乾隆时的旧制，在紫禁城内开“懋勤殿“，使之实际上成为皇帝与维新派讨论制度改革的机构(未能实行)。
康有为还有好些未发表的新政，如尊孔圣为国教、立教部及教会、以孔子纪年、制订宪法、开国会、君民合治、满汉平等、皇帝亲自统帅陆海军、改年号为维新、断发易服及迁都上海等。根据康有为表示，自君民合治以下的新政都得到了光绪的同意。
失败原因
根本原因
戊戌变法失败的根本原因是:资产阶级维新派力量过于弱小，即资产阶级的软弱性;慈禧所代表的顽固派掌握实权，实力强大。
直接原因
慈禧太后其一，守旧派势力强大，当时国家的最高领导权不在光绪皇帝手中，而为以西太后为首的王公、大臣所掌握。维新派只有少数几个人，没有实权。西太后最初曾指示“今宜专讲西学“，但是，当她感到变法触及到她自己的权力和清廷王公贵族的利益时，就动手遏制、镇压。
其二，维新派缺乏正确的理论指导。康有为的《新学伪经考》指责西汉的古文经书全系刘歆伪造，《孔子改制考》将孔子打扮为“改制立法“的祖师爷。两书都没有充分的、有说服力的证据，不用说守旧派反对，当时的一些开明人士也不赞成。此外，维新派某些激进的宣传也增加了社会阻力。
其三，维新派缺乏坚强的组织领导，脱离广大人民群众，只寄希望于没有实权的皇帝和极少数的官僚，甚至对帝国主义抱有不切实际的幻想。
其四，维新派及光绪皇帝在实施变法上的某些冒进措施。变法一开始，光绪皇帝就因不满自己的老师、军机重臣翁同龢的持重、顶撞，将其开缺回籍。大量裁减冗官，仅京师一地，涉及闲散衙门十多处，失去职务者近万人，但是又没有安排出路。因王照上书被阻而一下子罢免六个部长级大员，也操之过急，并且失之过重。
其五，变法手段单一:采取单纯的自上而下的“和平““合法“方式。