刚解决了财政上一些问题，接着东北军进关。直鲁联军与国民军在天津大沽口发生激战。首都警卫总司令鹿钟麟不得不去大沽口指挥作战，各帝国主义借口保侨，又提交八国最后通牒，使执政府无法应付。贾德耀既是国务总理，就必须在段氏意图下处理、调解这些事务。最后调解不成，激起全国人民的反对。北京市学生及群众游行示威，要求拒绝八国通牒，停止内战，召开会议，解决争端。执政府门前发生枪击学生的惨案。贾德耀为此事己和全体阁员提出总辞职。段先生不准，还要他处理善后事宜。他曾和阁员们商议奔走，多方设法防止事态恶化，未能收效、深感痛心。对发生“三·一八”惨案，贾亦负有一定责任。
国务总理
1924年11月，段祺瑞复出任中华民国“临时执政”，并特任吴光新为陆军总长。贾德耀因与吴同乡又是日本士官学校同期同学，故吴推荐贾任陆军次长，并兼任执政府卫队司令。同年11月贾德耀升任陆军总长兼训练总监。
1926年2月，各方纷纷向政府索饷、索薪，各机关官吏、公务员及国立学校教职员工1000多人包围国务院，索要欠薪。总理许世英穷于应付，遂于2月15日提出辞职后出走天津。段祺瑞决定在此期间由陆军总长贾德耀暂行兼代国务总理。之后，许世英四次请段氏准免其本兼各职。
这种情况下，段执政府遂召见国民军首脑鹿钟麟、刘骥，面告说“国务总理职已决定贾德耀署理，望其劝驾”。鹿、刘往见贾德耀，贾表示“允任贺得霖为财政总长后，本人可视事”。于是，段祺瑞召见贾德耀磋商组阁事宜，贾乘机请免其代国务总理和陆军总长职。1926年3月4日北京临时政府改组，段祺瑞免去许世英的国务总理一职，特任贾德耀为国务总理，是为北洋政府第39任国务总理。
引咎辞职
1926年，举世震惊的“三·一八“惨案发生后，作为国务总理的贾德耀在各方谴责下难辞其咎，遂于同年3月20日决议全体内阁辞职，段祺瑞不允。同年4月17日，再呈段辞去总理职务。此时吴佩孚密令手下监视段祺瑞，段氏政权处于四面楚歌境地。4月20日，段决定下野离京，临行前下令免去贾德耀本兼各职。这样贾德耀前后代理与正式总理任期从1926年2月15日至4月20日共64天，后人称“贾德耀内阁为皖系殉葬的内阁”。
不做汉奸
1935年冀察政委会成立，贾德耀被国民政府为任为该委员会委员兼外交委员会主任。这时殷汝耕己在冀东成立傀儡“冀东自治政府”。贾德耀认为这是在华北土地上的一块毒瘤，想通过外交途径与日方交涉取消。理由是既然冀察政委会成立，就不应再有其他政权。经与日方多次交涉，据理力争。终以环境复杂险恶，日军经常制造事端而难于有成。为此，贾德耀曾彻夜不眠，导致心脏病发作、迄未正式就职，后由魏忠翰先生继任。
“七·七”卢沟桥战争爆发，至月底，二十九军撤离平津，派张自忠将军暂时留守，办理善后。一天张将军匆匆到贾德耀家对贾德耀说“局面己无法维持，要早作打算，我将潜离北平”等语。贾德耀随即称病住进德国医院。日伪维持会成立，平津交通渐渐恢复。贾德耀化妆成老农民逃避来津，租赁住进英租界姓毛的房子。一天，日本军部派人来提出要租用贾德耀北京的房屋，并游说贾德耀参加伪组织，房子、生活费用均可解决。贾德耀闻此说“不要欺人太甚，你们以为这房子是我唯一的产业，以此威胁利诱，我就会屈服。'饿死事小，失节事大'，那是绝对不行的。”气愤之下，心脏病复发，终日不离针药。北京住房被日军强占改做军医院宿舍。
1939年天津大水灾，生活困窘，贾德耀又疾病缠身。只好作为重病人，混过日军检查岗哨，先乘小火轮到大沽口，再换轮船到上海，暂时借住在薛笃弼家中。在上海经治疗有所好转，本想通过堂姐丈何柱国军长接应，转赴抗战内地，终因国难家愁，心情忧郁，以致病情转剧，在1940年逝世于上海法租界，终年60岁。当时重庆国民党政府曾在报上公布唁电，声称“在华北沦陷时，拒从敌伪，保持民族气节，殊堪嘉奖，生平事迹宣付国史馆”等语。