朱慈烺将聚贤楼招募的士人经过筛选移到翰林院，充当内阁顾问；将皇明军校迁到了南京，仍隶属军机部。
都察院左都御史由李邦华担任，主管官员的法纪监督，配合吏部的京察和考成法，其他所有职能全部收回。
南京守备和镇守太监一职没有变动，继续由魏国公和韩赞周担任，由于南京兵部变成了军机部，他们二人早已被架空了，除了能指挥得动南京京营这万把人，江南各地的驻军已跟他们没关系了。
朱慈烺任命邱致中为凤阳镇守太监，镇守太监所有权利全部收回，只负责掌管江北的军工厂和铁厂。
因史可法岳父去世，回家守制，漕运总督一职由抚宁侯朱国弼接任，朱慈烺暂时没有动他，任命朱大典为南直隶巡抚，顺道监督漕运。
原来的军屯部由赵景麟主管，负责操练各地屯田兵，军屯部的人不能入军机部，这是朱慈烺定下的规矩，避免练兵权和调兵权重合。
后勤部由太监卢九德主管，卢九德作为勇卫营的老人，多次随军作战，又深知兵法韬略，掌管后勤问题不大。
所有涉及到军队的部门，没有一个文官担任一把手，全由武将掌管，朱慈烺也不打算将来在军机部安插文人，准备来个文武分治。
对外作战，皇帝和内阁决定打不打，指定了作战任务后，至于怎么打，是军机部一众将军和参谋需要商量的事，文臣不得干预。
以文治国，以武安邦，术业有专攻，文武两班只需对皇帝负责即可，避免重蹈戚继光的悲剧，一代名将被文官的党争拖下水。
朱慈烺宁愿在自己百年后，大明的武将集团坐大，走对外扩张道路，也不愿文官一味的守成，不思进取。
当然了，这些都是后话，他一天没死，下面的人就翻不了什么大浪，未来大明具体如何平衡文武还需要时间来验证，慢慢的改进。
最后，朱慈烺对军队进行再次扩编，目前南直隶和湖广两省共有屯田兵近二十万，这些屯田兵从两三年前就分田操练，如今已经有了规模，火器配备率达到五成。
朱慈烺经过深思熟虑后，将十万天武军和二十万屯田兵划分为七大军，分别为天武军、龙武军、神武军、靖武军、定武军、安武军、天雄军。
天武军：朱慈烺的嫡系部队，都是身经百战的精锐，装备着最精良的武器，如今是大明乃至整个东亚最为精锐的部队，没有之一，由孙应元统领，驻守南直隶。
龙武军：完全由骑兵组成的机动力量，右天武军三万骑兵独立成军，与八旗军多次血战，用鲜血向所有人证明他们的强悍，由曹变蛟统领。
神武军：由天武军重炮旅独立成军，是大明顶尖科技的结晶，拥有红夷大炮上千门，国之重器。
靖武军：人马五万，由黄得功在湖广操练的人马组成，调驻浙江，镇压反抗新政的地主、士绅。
定武军：人马五万，由周遇吉统帅，接黄得功的班，驻守湖广。
安武军：人马五万，由杨御蕃统帅的两万安武军扩编，调驻江西。
天雄军：人马五万，由卢象升的天雄军余部扩编，现任统帅卢象坤，调驻两广。
七大军在募兵、操练、军令等方面，皆按照天武军的军制模式进行整编。
十月中旬，七大军完成整编，朱慈烺正式向江南各省下达政令：废除人头税，废除官员、地主免税的特权，全面清查各省隐田，实行摊丁入亩、官绅一体纳粮新政。
人头税也叫丁银，就是一家有多少人就收多少税，而不是看你家中有多少地才收多少税，这样导致了少地、无地、无收入的百姓困苦不堪，士绅地主们却很滋润。
摊丁入亩把丁税平均摊入田赋中，征收统一的地丁银，不再以人为对象征收丁税，地方各省州县，查清各处地亩多少，按亩均摊税赋。
摊丁入亩之前必须要废除官员和地主免税的特权，否则还是无法从大户那收上来银子。
同时朱慈烺放松对户籍的控制，农民和手工业者从而可以自由迁徙，出卖劳动力；
说白了，朱慈烺就是抢了雍正的生意，这些政策虽然不是最好的，也有不少弊端，但用在此时却是最恰当不过的，历史也证明了这一点。
政令下达后，朱慈烺严令各部人马，只要有公然抗拒新政，反对摊丁入亩的，一律杀杀杀！杀完了再抄家！