蒙古军进入中原之初，实行残酷的屠杀政策。对于凭城抵抗者，城破之日，除工匠外，不问男女老幼，贫富顺逆，一律屠杀。被掳掠者或投降者，则被大批迁往漠北，存活者十无二三。遭蒙古军蹂躏后，中原人口锐减。至窝阔台统治时期，蒙古对中原两次括户，总计不过100多万户，屠杀的血腥与酷烈，可见一斑。这种惨状，直到忽必烈经略中原之后，才有所改善。
灭宋战争结束之后，元朝的蒙古统治者根据不同的民族和被征服的先后，把全国各族人民分为蒙古、色目、汉人、南人四等，在权利和义务方面，差别对待。这一制度在忽必烈后期即已形成。
第一等蒙古人是元朝的“国姓”，蒙古统治者称之为“自家骨肉”。第二等为色目人。据大德八年的规定，除汉儿、高丽、蛮子外，俱系色目人。第三等为汉人，又称汉儿、乞塔、札忽歹，包括淮河以北原金朝境内的汉族、契丹、女真等族，以及较早为蒙古征服的云南、四川人，高丽人也属这一等。第四等为南人，又称蛮子、囊加歹、新附人，指最后为元朝征服的原南宋境内的各族，包括江浙一带的汉人。
元朝的法律条文体现了民族压迫的特征。至元九年，蒙古统治者就颁布了“禁止汉人聚众与蒙古人斗殴”的禁令。后又规定，“诸蒙古人与汉人争，殴汉人，汉人勿还报，许诉于有司”。“如有违犯之人，严行断罪”。汉人因此有被处死者。法律又规定蒙古人扎死汉人，只需打57下，征烧埋银，但是“汉儿人殴死蒙古人”，则要处死，并“断付正犯人家产，余人并征烧埋银”。在司法上蒙古人亦享有优待。“蒙古人居官犯法，论罪既定，必择蒙古官断之，行杖亦如之。诸四怯薜及诸王、驸马、蒙古、色目之人，犯奸盗、诈伪，从大宗正府治之”。
在政治上，元朝的蒙古统治者对汉人、南人实行多方面限制。即便是对作为他们统治各族人民有力支柱的汉族地主阶级，也是处处防范，只给予极为有限的参政机会。一般而言，元朝中央和地方官，“其长则蒙古人为之，而汉人、南人贰焉”。中央中书省、枢密院、御史台的重要正官，非蒙古人不授。汉人任丞相者，终元之世只有世祖时的史天泽和顺帝时的贺惟一。各廉访司使，也必用蒙古人，只有在蒙古人出缺时，才能用色目世臣、色目人，其次才是汉人。
地方的路、府、州、县都设由蒙古人、色目人垄断的达鲁花赤一职掌握实际权力。只有南方边远艰苦地区的达鲁花赤，在蒙古人不愿意出任的情况下，方让汉人充当。
元朝前期废罢科举42年，皇庆二年复科举后，至元末仅举行过9科。即使是这样的一条无足轻重的仕途，也体现了种种的民族间的不平等。在考试科目方面，蒙古、色目人只需考2场，汉人、南人则需考3场。蒙古、色目人若愿试汉人、南人科目，中选者加一等注授。发榜方面，蒙古与色目人、汉人与南人各为一榜。汉人、南人的人口远远超过蒙古人和色目人的总和，但4种人的录取名额却完全一样。所以，汉族儒士在元代政治上的出路很窄。所谓“胸中经国皆远谋，献纳何由达明主？”，是绝大多数汉族儒士抱有的遗憾。
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另外，再谈谈蒙古对高丽、日本和安南的征伐
蒙古对高丽的征伐是其攻取辽东的进一步延伸。1218年，高丽军联合蒙军攻灭契丹反蒙贵族的势力后，两国订立兄弟之盟，高丽王王嗷答应每年向蒙古纳贡。后来蒙古诛求无厌，高丽不堪，1225年杀蒙古索贡使者于途中。1231年，窝阔台遣兵问罪高丽，高丽王请和。次年，蒙古军再次入侵高丽，责其迁都海岛、不纳户籍等归降不诚五罪。高丽杀蒙古统军将领撒礼塔，迫使蒙古军撤走。