同样有黑暗时期
然而好景不长，随着孔学的传播，不同声音也越来越响亮。
一种声音来自天主教本身。允许中国教徒尊孔祭祖的政策在耶稣会中本有争议，到达中国传教较晚的圣方济各会出于争夺在华传教主导权的目的，不断在教廷和整个欧洲挑起对孔学的争论，目的是把孔学打成异端。其代表人物利安当（黎玉范）于1643年向教廷提出17项指责，将孔学贬为异端，尊孔称为偶像崇拜，要求教廷下令禁绝，他甚至喊出“我们到这儿（中国）是要传播福音，不是来做孔子门徒”的口号，使争论白热化。在这些声音的挑唆和压力下，教廷几经反复，终于在1704年11月20日，由教皇克勉十一世发出禁约，把孔学称为异端邪说，严禁中国教徒尊孔祭祖，并对违反禁约纵容此行为的传教士作出开革出教的威胁。此举非但激怒康熙，导致天主教在中国的被禁，也同样成为宗教势力围剿欧洲孔学的冲锋号。
在这种压力下，许多保守派人士开始以“亵du上帝”的名目反击儒学宣传。安松在《环球旅行记》中就侮蔑“中国人都是贼”，1700年意大利人费内隆《死者的对话》更杜撰了苏格拉底对孔子的痛斥；1723年，普鲁士国王腓特烈•；威廉一世以“反对圣经”的口实，勒令正在其境内巡回演讲的沃尔夫48小时内离境，否则绞死，一时间反孔声浪甚嚣尘上。
然而当时启蒙思想深入人心，来自教廷的指责反倒激发了各界对孔学的更大兴趣，沃尔夫在遭打压后非但未销声匿迹反倒名利双收，就是明证。
另一种声音则来自对孔学的理性思辨。法国大哲学家孟德斯鸠一方面称赞儒学重视道德、重视农业、崇尚礼教，一方面指出，其片面忠君思想将导致君主专权，并剥夺“人民的荣誉感”；对近代科学持怀疑态度的卢梭则认为，孔学使中国经济文化发达，而这种发达恰成为“道德败坏的温床”。和教廷出于宗教偏见的攻击不同，这些声音是理性思考的产物，虽然这种思考并非建立在对孔学的深入了解上，但这种思潮的出现，体现了欧洲人开始从盲从中清醒，开始重新架构属于自己的思想体系。
大革命、思想解放和工业革命，使得欧洲的政治、经济、文化突飞猛进，原先对中国的羡慕和景仰，也渐渐被轻蔑所代替，孔学也在这样的背景下在西方逐渐式微。
18世纪后期，德国哲学家赫尔德公开站出来反对“中国癖”，认为中国社会尚处于“幼儿期”，根本不值得学习；黑格尔更从孔学（其实是宋明理学）“灭人欲”看到了中国文化和社会对个性的忽视和摧残，并指责这种摧残将造成“中国人极大的不道德和习惯说谎”，甚至把中国文化贬低为世界文化中的最低级文化；英国经济学家亚当.斯密更在《国富论》中将孔学的农本主义思想作为反面典型剖析批判，以推销他的重商主义理论。这些学者影响力大，知名度高，他们几乎一边倒地对孔学“一棍子打死”，使孔学一度在西方陷入黑暗期。
到了西方列强相继入侵中国的时代，满清的腐朽、中**队的脆弱让孔学的形象更加黯淡，于是出现了马克斯.韦伯为代表的、更彻头彻尾全面否定孔学、乃至整个中国文化的西方思潮。
如凤凰般重生
随着历史的向前推进，西方工业化、殖民主义和功利主义主导下的社会，负面因素逐渐抬头，人们对道德、思想的反思重趋活跃，寂寞已久的孔夫子又渐渐得到西方人士的重视和肯定。
最早积极引进孔学的法国，法兰西学院一直未放松对孔夫子及孔学思想的研究，孔学研究群众基础和社会土壤最好，复苏也最快，“己所不欲，无施于人”、“子不语力乱怪神”等格言在民间广泛流传，甚至“子曰”也成了挂在知识分子嘴边的口头禅；在英国，传教士理雅各曾长期在中国传教，并和太平天国领袖洪仁玕交往密切，回国后倾数十年功力，完成了四书五经及《老子》《庄子》的翻译工作，并因此成了牛津大学第一任汉语教授。他的翻译体例严谨，是19世纪英语世界最杰出的汉学成果之一，直到今日仍然没有过时。在他之后，英国汉学家翟理斯、翟林奈父子除继续翻译儒家经典外，还发表了一系列研究成果，如《儒家及其竞争者》。荷兰物理学家玻尔也对孔学和中国文化兴趣浓厚，尤其对周易兴味盎然，据他称，周易的哲学思想对他的科学研究起到极大启发作用，当战后荷兰王室授予他爵位时，他便将周易上的太极图作为自己正式徽章的主题。
早期美国人对孔学并不重视，但战后却达到较高水准，克里尔（顾立雅）的《孔子与中国之道》反思了孔学在欧洲大起大落背后的原因，认为“孔子有真理”，但孔学、儒学、理学有很多流派，不能混为一谈，并说“孔子若在世，是不会接受宋明理学的”，使西方孔子研究达到一个新阶段；哲学家芬格莱特则写了《孔子.即凡而圣》，着重研究孔子的人文思想。南乐山则提出了孔学与现代化相适应的问题，主张儒家必须表现出与现代科学的亲和性，才可能使儒家在科学先进发达的西方找到立足之地。
随着工业社会向讯息社会转化的“第三次浪潮”在西方的兴起，信仰危机、道德危机，迫使西方人把更多目光投向东方，投向孔学。属于传统东方文化圈、深受儒家文化影响的亚洲“四小龙”的崛起，更让他们对孔夫子产生浓厚兴趣。许多欧美媒体开始讨论用儒家学说部分修正和改造现有社会模式的可行性，并认为一旦成功，将对社会产生巨大的效应；更多人士开始谈论儒学和现代化的关系，并尝试将儒学精髓融入行政学、管理学、企业经营学等现代学科和社会、经济实践中。
如果说当初，曾在很大程度上钳制中国人思想、压抑中国社会发展的儒学，却极大促进了西欧的思想解放，是出于对孔夫子的不了解甚至误解，那么今天欧美对孔子、孔学的兴趣，则更多建立在理性和深入研究的基础上。在全球化的今天，孔子是中国的，也是世界的。