的确，如上所述，在土司统治区内，广大农民对土官土司的人身依附关系极为强烈，广大土民被牢牢束缚在土地上，不能随便迁居流动，土司甚至可以随便杀害农民，土民在土司的野蛮统治下，没有人身自由。
所以，农民反抗斗争不断发生。
明代土司制度下广西各族人民的反抗斗争，就是各族人民同封建朝廷和地方土司之间的矛盾日益尖锐化的必然产物。
其中规模较大、影响较深的农民起义，有大藤峡起义、府江起义、古田起义、八寨起义等。
我们现在从广西土司制度的渊源与发展来看，“明代是广西土官制度的鼎盛时期，也是广西土官制度衰落的起点”。
明朝统一全国后，随着社会的发展，土司制度所固有的各种弊端日渐暴露出来。
土司官族内部和土司与土司之间，常因争夺袭位或土地而产生矛盾与斗争。
同时，由于土司制度具有浓厚的封建割据性，土司政权与中央政权之间也极易产生矛盾和冲突。
于是，封建统治者为了进一步巩固和加强封建中央集权统治，在对各种现实条件进行分析和对自身各种权益作了考量之后，决定对长期存在的壮族土司制度进行变革和实施改流。
“改土归流”因而也成为明代广西壮族土司制度的一项重要内容，所以不止是清朝，早在明朝就已经在推广这一制度了。
不过这却并没有那么容易，其中的争议相当之大，例如首先就是关于设土与设流的争议。
因为改土归流触及上至明朝廷各个阶级、阶层或集团的利益，下至壮族土司及壮族民众的利益，特别是涉及多民族国家的边防问题。
因此，在改土归流问题上，朝廷内外、朝野上下存在着思想认识上的不统一和认同上的较大差异。
于是，各方或主张设土，或主张设流，或主张流土兼治，意见纷呈，异议迭现，在改流进程中出现了思想交锋。
持“设土论”者，大多遵循传统的“以夷制夷”思想，鉴于壮族土司在稳固边疆防卫与维持地方社会秩序中具有一定作用，因而力主保留壮族土司的世袭统治地位。
他们当中以王守仁、林富、揭稽、姚镆等为代表，其中尤以王守仁的议论最具代表性。
嘉靖六年(1527)，任两广总督兼巡抚之职的王守仁，亲赴广西镇压思恩、田州苗民起义和黔江流域的大藤峡瑶民起义，平复地方，“以图久安”。
他从壮族土司防边作用的角度出发，以为“必须仍存土官”，反对思恩、田州等土属地方改流。
“夫流官设而夷民服，何苦而不设流官乎，夫惟流官一设而夷民因以骚乱，仁人君子亦安忍宁使斯民之骚乱，而必于流官之设者。土官去而夷民服，何苦而必土官乎，夫惟土官一去而夷民因以背叛，仁人君子亦安忍宁使斯民之背叛，而必于土官之去者。”
在这一思想的指导下，王守仁权衡利弊，认为非用土官不可，但亦应以流官知府加以控制。
持“设流论”者，多从“夷夏之防”、“以夏变夷”的观点出发，主张设置流官对壮族土司区进行直接统治。
他们以姜绾、萧东潭、苏濬、徐霞客等为代表。
据史书记载，弘治中，庆远知府姜绾，“总督刘大夏奇其材，荐为右江兵备副使。
思恩知府岑濬逐田州知府岑猛，绾献策总督潘蕃，蕃令与都指挥金堂合诸路兵大破贼，思恩平，绾条二府形势，请改设流官比中土，廷议从之”。
明代著名地理学家徐霞客也明显倾向于“设流论”，力主对闹事作乱的土司予以严惩，设立郡制，改土归流。
针对当时田州与归顺争夺镇安嗣位、归顺借交趾莫夷之兵出战的情况，他指出:“纠夷有辟，土司世绝，皆有当宪。
今龙英、镇安正当乘此机会，如昔时太平立郡故事，疆理其地。”
除上述情况外，时朝廷内外、朝野上下亦有部分官员鉴于广西民族地区的实际情况，游移于“设土”与“设流”之间，主张或土或流，当因地制宜。
针对这些争论，明朝廷有针对性的做出了回应，在一些矛盾较为突出的壮族土司统治区实施改土归流政策。
“明朝统治者既要考虑处理民族关系、实现‘以夷治夷’、‘以夷攻夷’的需要，又不能过多地放弃流官统治下地主阶级既得的政治、经济利益，于是采取了折衷办法:第一，大土司尽量少设，小土司可以多设;第二，不论设置大土司还是小土司，都要采取适当的措施，以防坐大。”
不过明代广西的改土归流并非一帆风顺，更非一蹴而就，而是经历了一个曲折而漫长、尖锐而复杂的斗争过程。
据统计，整个明代在今广西地区实行改土归流共16处。
但是在这期间出现了较大的反复性，不少原已改由流官治理的州县又重新恢复壮族土司的世袭统治，个别土州、县在土、流之间反复更替。
譬如，忻城县，元以土官莫保为八仙屯千户，洪武初设流官知县，弘治九年(1496年)复为土县。
南丹土州设置不久，土知州莫金因“以叛诛”，洪武二十八年(1395年)“废州置卫”，后因其地多瘴，“既而蛮民作乱，复置土官知州，以金子莫禄为之”。
上林长官司，成化年间改流后，弘治年间又复土，“正、嘉、隆、万间，朝贡犹时至”。