以前，很多读书人不敢投效秦川，因为以前秦川是反贼，他们怕朝廷收复静乐岚县之后，对他们秋后算账。
自从朱由检亲自拿掉秦川逆贼的罪名，并任他为游击将军之后，静乐、岚县及附近州县的许多落魄士子、穷酸书生便纷纷来投。
秦川参照朝廷的六部六房制度，建立了自己的内政体系，成立吏政司、户政司、科教司、工业司、军务司、刑律司，并增加了财政司，专门管钱粮赋税。
吏政司管官员的任免考核，由秦川的老丈人文成任司长，文成虽然是新来的，但早已名声在外，家里又有个当大官的老爹，相比于王继宗，更能镇得住那些落魄士子和穷酸书生。
明廷的户部管土地、户籍和钱粮赋税等账务财政，秦川把钱粮赋税分出去给财政司，保留其他职能，并增加水利灌溉和畜牧业的相关职能，由王继宗任司长。
科教司属于文化部门，除了在各个县城和村镇建立学堂之外，还成立了几个科研部门，秦川把那些专于奇淫技巧的，钻研天文地理的，专于奇淫技巧的人，统统放进我，还有各样各业比较专精的人也在那兼职搞科研，带着一群学会搞物理化学机械医疗等等，由喜好丹青水墨和吟诗作对的宋知庭任司长。
工业司负责枪炮火药、矿业、水泥、烧砖等一应苦力活，由名望最高的陈詹任司长，李学境和严三七任副司长。
军务司统管军队大事，自然由秦川兼任司长。
刑律司管刑罚治安，由一个叫牛三春的九箕山老匪任司长，这家伙腿瘸了，上不了战场，为人较善恶分明，做事有原则讲道理，秦川便让他管刑法。
财政司管财政大权，钱粮、赋税、饷银等所有开销，自然由秦川自己兼任司长，日后打算交给老婆来管。
这七个部门以下，还有各种分管相应事务的部门，静乐城和岚城县衙仍保留原有的部门和相应官吏，这些人仍然属于朝廷命官，吃朝廷的粮饷，听秦川的话，按照秦川麾下七个部门的政令来施政，简单讲就是地方机构。
各个村寨和乡镇设村长或镇长，还设一名书记官和财政官，负责文书和财物工作，这三名村官下面还有各个里长，以明朝的里甲制度为基础，由一名里长和十名甲首维持村寨的治安，每年轮换一批。
之前负责维护个村寨治安的关帝军，则逐渐退出各个村寨。
包括罗大牛、李顶梁、刘有柱、罗八、老黄等人，也逐渐退出民政管理，实行军政分离，军队只负责打仗，民政交给王继宗和文成等人去管。
以前人少的时候，秦川走的时候大锅饭路线，他手底下的人吃喝拉撒全由公中支付，像王继宗一个月五两月钱，一日三餐由公中包了。
但地盘扩大，且手底下人数众多之后这种法子就行不通了。
因此，秦川重新制定了一套薪酬体系，考虑到如今粮食的价格已经高达二两银子一石，他不可能把工钱提高到粮食价格的标准，于是便采用工钱加粮食补贴的方式，并建立明确俸禄的等级体系。
比如王继宗等几名司长的俸禄高达六两，每个月补贴两石粮食，而户政司一名普通的主事，则只有二两俸禄，粮食补贴一石，基层的小吏更是只有一两俸禄和八斗粮食补贴。
明朝一个未入流的小吏，月俸禄就有三石粮食，相比之下秦川制定的俸禄并不高。
但他麾下一名小吏每个月一两银子能买五斗粮，加补贴也有一石三斗左右，能养活一家五口，对于很多落魄士子来说，已不算低了。