方从哲再次上疏说：“臣已询问医官，得知圣体膳食减少。兼有痰喘，恳请圣上一意调养，不要过分劳累。服药尤需慎重。以往有人说治病衣服要有效为上策，以不服药保养为中策。一旦清心寡欲，则元气自固。若用药不当，其害将不可言。”方从哲一再奏请“清心寡欲”，一方面是希望皇上保养身体；另一方面也是为依阿自守，保持禄位。
皇上大病，大内是暗流涌动，宫外却是物议沸腾、斗争激化。
同属于东林党骨干的兵科给事中杨涟和御史左光斗来到了吏部找吏部尚书周嘉谟商讨宫里的情况。周嘉谟今年已经是七十四岁的老人了，一把胡子梳理的整整齐齐的，人也还算是精神抖擞。杨涟性子急，先开的口：
“周大人，禁内有奸邪作祟。圣上元配皇后郭氏之父博平候郭维城前几天入宫面见圣上，他得知了一些大内的情况，出宫以后来到朝中诉苦。他说郑太妃和西李互相紧密勾结，包藏祸心，要挟封后，并企图用女色害死皇上啊！而且郑太妃还住在乾清宫。乾清宫是天子住所，太妃住在乾清宫成何体统！”
“杨大洪，那你说该怎么办？”周嘉谟反问道。
“我们要先驱逐郑太妃，让郑太妃去慈宁宫，不要再待在乾清宫里。还要彻底断了她当皇太后的念想。”杨涟回答。
“可是如何驱逐郑太妃呢？”左光斗插话问道。
“这样吧，我们一起去找郑贵妃的侄子郑养性谈谈，郑养性为人贪便宜而又愚懦。我们只要向他许以富贵，他是不会冒险加害皇上的。郑太妃没有外戚撑腰，她也没有胆子再染指皇太后的位子。”周嘉谟回答道。
“好，我们去找郑养性吧。然后我再起草一份弹劾崔文升庸医害人的奏疏。”其后周嘉谟去找了郑养性，以谋害皇帝的罪名要挟他。郑养性果然被吓住了，乖乖的去找他的姑姑郑太妃。郑太妃无奈之下只好放弃皇太后的位子，从乾清宫搬到慈宁宫去。
郑太妃搬走，朱常洛这才正式地搬进乾清宫养病。
杨涟接连上了弹劾崔文升的奏折，他说：
“贼臣崔文升不懂医术，不应当让皇上的贵重之体充当试验品；如果他懂得医术，那么按着医术的通常道理，火气有余者，采用泻药，火气不足者，采用补药。皇上在哀悼先帝之余，日理万机，循医理医治应该清心滋补，而崔文升反而用杀伐之剂。然而外界流言不断，说陛下起居没有节制，嫔妃以美色侍奉陛下，这些流言一定是崔文升用来掩盖滥用药剂的奸计，希图掩饰外界的指摘。像崔文升这样的人，既加重了陛下的病情，又损害了陛下的声望，崔文升之肉，吃了也不解恨。臣闻崔文升在郑贵妃宫中掌管医药多年，未曾发生过误用药的事情；陛下任用他掌管医药，却如此颠倒，如果他是有意错用药剂，那么把他多位粉末也不足抵罪，倘若是无意之中用错药，岂能容许他一错再错！陛下为什么把这样的贼臣安置在自己的肘腋之下呢！”
卧病在榻上的皇帝看完了杨涟的奏疏，一言不发。刘一燝等几位大臣担心杨涟会因为这封奏疏收到面斥，甚至受到廷杖。大家都去请求方从哲设法解救杨涟，方从哲还是认为最好杨涟主动上疏谢罪，也许还能有救。
但是杨涟却不想谢罪，他说：“顶多不过一死，我并不怕。我自觉无罪，谢什么罪呢。”
八月二十三日，皇帝召英国公张维贤、大学士方从哲、刘一燝、韩爌、吏部尚书周嘉谟、户部尚书李汝华、礼部尚书孙如游、刑部尚书黄克缵、左都御史张问达、给事中范济世，杨涟、御史顾慥等到乾清宫的东暖阁说话。以杨涟的职位而言，离得被召入见还差得很远，大家都有些担心杨涟会被斥责。但是杨涟依旧坦然入见。
朱常洛亲自到东暖阁召见群臣，早早侍立在身旁的是皇长子朱由校。朱由校心里早就明白，今天召见如此多的朝廷重臣，是颇有一些临终托孤的意味。等到群臣都来了以后，皇帝开始讲话：
“今天，侍立在我身边的是皇太子朱由校，虽然还没有办典礼，但他毫无疑问是我的皇太子，是我大明的国本，诸位爱卿以后可要多多照顾他啊。”皇帝说话的时候，声音非常虚弱，手扶几案，眼睛却始终盯着杨涟。
“陛下，皇太子天资英伟，这是我大明的福气啊。”方从哲吹捧道。皇帝很高兴，方从哲也对自己的机敏暗暗高兴。
“朕在东宫感寒症，调理未愈。值先皇大丧，典礼繁多，悲伤劳累。朕不进药已两旬余，诸位爱卿勿听小臣言。”所谓“小臣言”，是指外面流传的皇帝病起于女宠。
朱常洛越讲声音越虚弱，他怕大臣听不清楚。让朱由校重复一边他的话，朱由校一五一十地重复了一遍。朱由校明白了朱常洛的用意，父皇是想让他牢牢记住他的话来保护他的名誉。
皇帝都自称自己是万民拥戴的“圣人”、“天子”，如果说是被人用药害死，那就是死于非命，这是他们最忌讳的。皇帝说这番话是很费心机的，用意就在于此。他明明一直召医官看病服药，现在却当着各位大臣的面，硬说他已二十多天没有吃药，目的就是为了证明：第一，他的病由来已久，非为药物所误，与医官无关；第二，他的病源也不是多欲导致的。