朱棣表面相信朱允炆死了，这是因为只有朱允死了，他才可以合法的登上皇位，但并不意味着他相信朱允炆己死，他暗地里投入巨大的人力物力，就是为了追杀建文帝。
朱棣继承了老爹的多疑性格，对于人们传说的朱允炆出逃十分上心，害怕这个侄子将来积蓄力量又翻了自己的天或是自己子孙的天下，于是从他上位后就开始派人寻找朱允炆下落，而关于朱允炆的下落，有这样两个说法，一是在皇宫的大火中丧生，那场大火就是他自己点的。
当年朱棣到达南京金川门，当他进入皇宫中时，这里已经是一片火海，建文帝也消失在此，甚至连他手中的玉玺也不见踪影，在正史中，建文帝就是葬身火海，而在朱棣上位后按照皇帝的待遇将自己这个侄子厚葬。
在朱棣与朝鲜王国的文书中，朱棣说自己侄子是在奸臣的威逼下放火自杀的，但是在皇宫大火熄灭后，这里只有马皇后和朱文奎二人的尸体，再没有找到第三个皇家人员，当年朱棣为了让天下的人相信自己侄子已经死了，曾亲自写过一篇祭文，但是将他埋在了哪，大概只有朱棣知道了。
这个墓只是一个衣冠冢，朱棣心中是清楚地，所以他没有公布地点，在他登基后不止一次派人前往各地区探查，不管有打着官方旗号的，就像是郑和，也有很多他私下派出去的民间搜查队，甚至每个锦衣卫所都有寻找的责任在身上，他甚至还下令整合天下的寺院和道观，为的就是了解每一个他认为可能是朱允炆的人，光是宗教人口整合就花了他20年时间。
据传他任命了胡瀅去寻找建文帝，胡濙为建文二年进士，授兵科给事中。永乐元年迁户科都给事中。建文帝生死不明，一说削发为僧外逃，朱棣派遣胡濙四处访查建文帝的下落，以行医名义进行私访，永乐十四年乃还。
永乐十六年六月，成祖又遣礼部左侍郎胡濙巡江浙，临行前，皇帝告诉他：“人言东宫多失德”，胡濙暗中调查结果认为并无此事，“以皇太子诚敬晓谨七事密奏之，自是上疑始释”。
永乐二十一年，胡濙似乎已知道建文帝的下落，史载：“帝已就寝，闻濙至，急起召入。濙悉以所闻对，漏下四鼓乃出。先濙未至，传言建文帝蹈海去，帝分遣内臣郑和数辈浮海下西洋，至是疑始释”
从正史上来说，朱棣应该是知道了朱允炆下落，此时他己坐稳皇位，朱允炆又不具威胁，所以命人监视居住，毕竟是皇室一脉，所以饶其一命。
但从皇室秘档来说，建文帝下落另有说法，米柱身为东厂、锦衣卫提督，有权限调阅和知道许多事情，所以对于这秘闻也听到一些风声。
现在据他推测，这骆思恭居然是皇室指定的监视人员，难怪他们骆家三代，可以担任指挥使一职，掌锦衣卫五十年，原来人家是高级看护人呢？
米柱觉得这帮人另有所图，捧高级看护人是假，分他的权是真，掌管东厂和锦衣卫，米柱的势力扩张得极快，其它的人忌惮不己，这事不能再拖了。
米柱离开军机处，立即去找魏忠贤，说起了此事，魏忠贤完全当米柱是心腹，自己人，他为之大怒，喝道：“无耻！把手伸到内廷来了！”
王体乾也有一种领地受到侵犯的感觉，他不悦道：“这只怕是军机处缓和与内阁关系的手段。”
有机构就有权斗，军机处的出现，等于把内阁的军事大权分走，这是真正的大头，权力的核心，内阁不着急，不眼红才怪。
但军机处有内廷、兵部、户部的支持，强力部门都在一块儿了，他们不走内阁的路子，加上皇帝陛下也喜欢呆在军机处，确是让内阁十分尴尬，所以他么给了军机处几位大佬非常大的压力，有鉴于此，孙承宗抛出这位子讨好内阁，也不道什么稀奇事。
一个东厂己是厉害，东厂加锦衣卫，这太令人恐惧了，不应该出现这等权臣。
朝廷运营下去的基本是平衡，然后皇帝居中调度。
魏忠贤道：“王公！这是咱们内廷的事，轮不到内阁的人插手，锦衣卫不听话，咱们的声音传不出宫墙之外。”
米柱道：“就是这个理。”