腓力三世是在在腓力二世去世的第二年，也就是1599年4月18日，时年二十岁的腓力国王与奥地利的公主玛格丽特举行了盛大的婚礼。
尽管这门婚姻是具有政治性的，但是夫妻感情是非常的好，始终是情感深厚的。玛格丽特是奥地利大公查理二世的女儿，也是神圣罗马皇帝费迪南一世的孙女。此外，玛格丽特的母亲是巴伐利亚的公主玛丽·安娜。玛格丽特出生在这样一个虔诚的天主教家庭，对于宗教是非常认真的。因为玛格丽特出身皇室，她对于政治还是非常感兴趣的，结婚以后，她还协助丈夫处理内外事务。
在当时的马德里宫廷中，神圣罗马皇帝马克西米连二世的寡妻，皇后玛丽娅和她的女儿玛格丽特生活在那里，构成一个较小的圈子，她们与王后玛格丽特的关系和睦。这三个女人对国王腓力三世有着较大的影响力。
在十年前的1611年10月3日，玛格丽特生下王子阿方索以后，就去世了，时年二十六岁。但是腓力对玛格丽特一直怀有深厚的感情，再也没有结婚过。
腓力和玛格丽特共有八个孩子，但是只有三个活到了成年，他们的一个儿子腓力，后来成为了下一任的国王，是为腓力四世。
腓力三世继位以后，对于腓力二世和前任国王的一些制度，总是觉得有些不太符合现实的需要。本来在很早以前，西班牙国王就建立了很多委员会，有地方的，还有特别区域的，主要是协助王室处理各类事务。在腓力二世的时候，国王倾向于任命一些大贵族担任重要的职务，据说这是根据传统的制度。但是，随着时间的推移，这一传统不变的制度发生了潜在的变化。
到了腓力三世以后，他越来越愿意提拔一些中小贵族来担任重要的职务。腓力三世这一重要的改革，源于他15岁以后参与政府的直接经历和亲身实践。这一重大的变化与腓力三世所处的时代不无关系，人文主义思想强有力的影响了当时的政府管理制度，这一点在意大利尤其是显而易见的。
还有一点也是不容忽视的，他与勒马公爵的观点是一致的，那就是现行的制度有不少是不符合实际的，不需要把王国的大贵族都包括进去。何况这些大贵族，早就不是以前的时代可以比的。
在西班牙中世纪的时候，大贵族还成为国王有力的依靠，无论是选择继承人，参与战争，以及王室内争，都少不了这些人的参与和支持，如有名的卡斯特罗家族。随着文艺复兴和宗教改革的兴起，大贵族逐渐被新的贵族阶层所取代，不过这个过程是比较缓慢的。
但是，对于腓力三世来说，勒马公爵的地位和权势也是非同一般的。这位贵族表面上被称呼为公爵，实际上与国王的地位相当，这也是腓力三世所允许的。所有起草的诏书，在递交给腓力三世之前，都要经过勒马公爵来检查和审核。甚至于，腓力三世还下令，所有的委员会的成员，不管级别如何，都要服从勒马公爵的指示。
国王让勒马公爵主持各类政治事务，使得很多人不满和充满着怀疑，越来越不受人欢迎。不过在王后玛格丽特的计策下，勒马公爵最终被迫离开政府。
腓力三出于政治上的原因，驱逐莫里斯科人，这些民族原来是在再征服时期，被迫改教的，***的后代。莫里斯科人在西班牙已经生活了好几个世纪，但还是保持着比较独特的民族和宗教文化，并没有完全融入到西班牙国家中，这就是腓力三世制定策略的一个原因。后来这些民族绝大部分，转移到突尼斯和摩洛哥国家中。
在腓力三世统治时期，瘟疫横行，农业歉收，一直是很严重的问题，因此当时的西班牙经济形势不是很稳定。尽管，腓力三世继承了一个庞大的帝国，但是债务不少，很多是腓力二世时期累计下来的。
重要的省份，如卡斯蒂利亚负担了大部分的财务。为了解决国内经济问题，腓力三世和他的顾问想到了很多办法，如铸造新币，结果反而引起经济混乱。在当时的西班牙，地方议会和政府，很多时候是不奉行国王的诏书命令，王室的权力和效力很难达到地方，比起法国王室，的确相差很多。
现在这国王以坑爹的方式死去，举国震动，加上“奸臣”勒马、乌塞达候爵父子彻底失势，正是争守他们留下来的权力空白大好时机，这会儿那里有人关心远东的事？
腓力四世是顺利当上了国王，因为乌塞达候爵全军覆灭，他也有足够的政治红利分给其它支持者。
腓力四世出生于巴里亚多利德，是腓力三世的长子。他同时是南尼德兰的领主，并兼任葡萄牙国王，他在任期间，西班牙虽然仍领有广大国土，但已经继续走向衰落。
三十二年前无敌舰队败给了英国，从此海上霸权一去不复返，再加上从他祖父逝世时帝国的国库就已经非常贫困。
无敌舰队被英国海军全歼。这场战争导致西班牙元气大伤，无力再干涉尼德兰革命。
西班牙无敌舰队覆灭，尼德兰独立的绝佳外部契机，十二年前，西班牙国王同尼德兰联省共和国达成了停战协定，承认了尼德兰联省共和国的独立，西班牙等于失去了荷兰。
现在又是三十年战争的关键时刻，这场由神圣罗马帝国的内战演变而成的全欧参与的一次大规模国际战争，是欧洲各国争夺利益、树立霸权的矛盾以及宗教纠纷激化的产物，作为哈布斯堡皇室一员，西班于也积极的整军备战，皇室尽一份力，打压那些挑战哈布斯堡神圣罗马帝国权威的国家们。