洪武门上的清军使用的是红夷炮。本来满清猜忌绿营，下令从绿营手中收缴火炮，但是时间仓促南京又是重地，所以火炮留下了十二门，没有全部运走。但是火药全部上缴了，供给给达素。玛尔塞、噶褚哈和喀喀木三个满将死皮赖脸地管达素要炮弹和火药，达素和鳌拜穿一条裤子，玛尔塞更是鳌拜死党，看在玛尔塞的面子上，达素给了三百发炮弹和五十斛火药。正是这五十斛火药让南京城内的火炮打响了。没想到，一炮下来，打碎了一门铜制臼炮，还打死了三名珍贵的炮手。这让李存真极为恼怒，饶是如此他仍然控制住自己的情绪，继续指挥作战。
当下，李军的铜制臼炮开火了，将洪武门上的清军炸上了天。洪武门内是小瓮城，即便攻克了，也还有最内侧宫城的城墙拦阻，所以攻克洪武门也没有太大意义。
李存真下令士兵放弃进攻洪武门改为进攻内城东侧的朝阳门。朝阳门距离南京的宫城只有一里地多一点，是最为接近宫城的内城城门。
李存真命令一下，四百多铁甲军扔掉手中的长矛换上云南式斩马刀，在武达摩的率领下，一股脑冲上了朝阳门。由于是从城内进攻，不需要搭云梯攻城，只要走楼梯就好，所以四百铁甲军没有费什么力气就攻上了城墙。
朝阳门上尚有四五百清军，李茂之下令南洋火枪兵开火，四百清军挨了火铳齐射，转瞬之间死的死伤的伤。武达摩率军再一进攻，清军无心恋战，纷纷丢下武器逃窜。
李军轻取东侧城墙，李存真命人在朝阳门上架起火炮，轰击满城。李军炮兵炮术娴熟。一时之间，各色火炮齐鸣，满城城墙上的清兵被一扫而空。臼炮再一打开花弹，满城内多处民居被毁，燃起大火。不多时，城墙便塌了一个大窟窿。
“妈的，谁来着，好像是李茂之，跟我说清军是火炮部队，最喜欢用火炮攻城我还不信。真是没想到用火炮轰击城墙竟然这么爽！”常琨在李存真身边叨咕道。
李存真说道：“当年尚可喜和耿仲明攻打广州，使用了七十多门火炮。你以为满清真的是野人吗？他们一向是拖着火炮到处溜达。遇到坚城便用火炮攻击，遇到野战便以骑射和勇武对敌，否则怎么能十分天下有其九？在这个时候，满清的武器确实没有荷兰人、英国人先进，但是那说的是火枪，若是论大炮，满清并不弱。”
常琨问：“咱们的南洋火枪好像比清军的火炮打得远，咱们有膛线，打得又准，能压制火炮不？”
李存真说道：“如果是野战兴许可以，但是咱们没和火炮交过手也说不好。现在我们虽然火枪的数量够了，可是毕竟只有一千熟练的南洋火枪手，其他人都是新兵，咱们的火枪最难的技术动作就是暴力捶打弹丸，使弹丸变形契合膛线。手重了容易炸膛，手轻了就变成滑膛枪了。你问我南洋火枪能不能压制火炮，我也不太清楚，理论上可以，但是实际上到底能不能行恐怕还得试试才能知道。至于攻城，膛线火枪根本就不可能压制火炮。”
“我们以后要攻打的城池太多了，看来还是得发展火炮才行。”
李存真听了点了点头。
“要是不用暴力捶打弹丸，弹丸自己变形契合膛线那该多好。当年我练捶打弹丸，练了半年啊！”常琨沮丧地说道。
两个人正说着，武达摩率领军队朝着满城城墙的缺口处冲了过去……
也就是在满城起火的时候，满清梅勒额真玛尔塞、噶褚哈扔下了喀喀木和郎廷佐，自己率兵逃命，他们的兵丁在南京宫城北面城墙放下绳索，滑出城墙，向北逃窜。当南京内城城墙被炸塌的那一刻开始玛尔塞和噶褚哈就打算逃跑了。但是一直犹豫不决，而且也没有好的机会。当李存真在朝阳门架起大炮的时候，郎廷佐和喀喀木都傻了眼，一众满兵全都躲进了民居。郎廷佐组织人在洪武门内抵抗，喀喀木则领着一干兵丁龟缩在宫城西南角躲避炮火。
形势太过混乱，玛尔塞和噶褚哈率领满洲兵丁驻扎在满城北侧，此时得了空档，趁着黄昏视线不清，两个人率领军队逃了出来，可不巧正好碰上关盛年率领的骑兵。玛尔塞和噶褚哈知道不敌，除了被大刀剁了的，其余人隐藏在民房之中。入夜，玛尔塞和噶褚哈商量，一个去国子监放火，一个率军突围。
太阳刚刚落山西面的国子监便起火了，关盛年便急着去灭火，玛尔塞和噶褚哈趁机率军向东面的富贵山逃去，打算从太平门窜出。关盛年察觉有清兵逃窜，于是率军攻击，玛尔塞和噶褚哈的满兵都是精锐，此时正是生死存亡之时，拼命反击。竟然击败了关盛年的前军，关盛年大怒，亲自提刀上阵。大刀上下挥舞，一连砍翻了二十多人，满兵惊惧，不敢接战，纷纷逃走。