在这之后，为了攻打据守台湾的郑经，清廷福建总督姚启圣命福建各县备造鸟船。根据陈良弼的记载，这种鸟船与下海的商船类似，载员共三百人，这一点跟海盗刘香的大鸟船一样。除此之外，船上还设有“双战棚”、“两重炮位”，且“器其重大”装备十分精良。
康熙二十二年，也就是公元1682年，六月二十日，清廷派使臣汪楫率使团出使琉球，这次出使，清廷并没有像往常一样制造新的封舟，为了节省费用，转而从当时的水师战船中挑选，而这些战船正是姚启圣准备用来攻台的鸟船。汪楫在其《使琉球杂录》中详细记载了被挑选出来的鸟船：“船长十五丈有奇，阔二丈六尺，桅高十余丈，头桅踰其半……战台各翼以扶欄列炮十二。”
康熙二十三年，施琅率舰队分兵三路向澎湖本岛发起总攻。施琅以五十六艘大型的鸟船为主力，百余艘中型船只为策应，八十艘船只为后援，从正面直接进攻正在澎湖驻防的郑军舰队。双方的激战一直从早晨持续至下午，清军获得大胜。凭借五十六艘大鸟船，清军一举焚烧、击沉郑军鸟船、炮船、赶缯船、洋船等共一百五十九只，俘获鸟船二只，赶缯船八只，双篷艍二十五只。
澎湖海战过后，郑氏的舰队大部分被清军歼灭，其水师已经无法再与清廷抗衡，郑克塽被迫投降清廷。至此，明郑覆灭，依附郑家的明朝宗室们全部自杀成仁。
正所谓“飞鸟尽，良弓藏；狡兔死，走狗烹。”威胁即不存在，这些所费不赀的大型鸟船对清廷来说，也就没有存在的必要了。不久后，施琅便将此式战船全部拆改，自此之后鸟船便从清军水师的序列中消失无踪。因此当鸦片战争爆发时，清廷水师面对着西方殖民者的坚船利炮只能望洋兴叹了……
不过，这些都发生在原本的时空里。李存真既然已经占据了南京，自然就成为了金厦郑氏父子的天然屏障。满清肯定首先打击李存真，夺回南京，然后才能够对明郑动手。因此，澎湖之战怕是没有什么机会发生了。
李存真笑着说道：“皮埃尔先生果然了不起，只是凭借观察就能看出鸟船的缺陷来。既然这样，那要怎么样才能在海战当中获胜呢？”
皮埃尔说道：“在海战中怎么获胜那就要看将军们打算怎么指挥了。这就要看海战的具体战法了，船只的建造必须依据战法而来，当然，反过来说……也成立。
不过依我所见延平郡王的冲撞战术并不优异，大熕船和大战舰虽然是横翻欧式战舰，但是却是艏楼置炮，如此徒有虚名，外强中干，不堪大用。那种战术只是在对面火炮和自己相当的情况下使用或许管用，若是在外海，战船腾挪的空间足够的情况下是不可能获得胜利的。”
“还请皮埃尔大师教我！”李存真谦虚地说道。
“不敢，不敢。我知道你们汉人谦虚，我也不是什么大师，我自然也得和你一样谦虚。”皮埃尔说出这样的话来，大家都是忍不住一阵大笑。
“其实就是共同探讨一下，相互学习！”皮埃尔说道，“依我之见，巨舰巨炮，火力集中，才是制胜的关键！”
这一点正说到了李存真的心里。在他看来“铁甲巨舰，大舰巨炮”这在第一次世界大战结束前都不过时，二战时候则要依靠航母了。天上飞着飞机那就不一样了，战争立体化了。在没有飞机的情况之下，平面战争，火炮的打击力是十分关键的。
皮埃尔说道：“既然国公爷这么有兴趣，那就先让我来说一说我的看法，我认为战斗应该采取‘舰艇直线序列，火力集中方法’。”
接下来，皮埃尔便谈了自己的看法。他石头子在地上摆出来，一点一点讲给李存真和在场的众人听。李存真越听越是高兴，忽然感到这个法国人隐隐是自己在十七世纪的海战知己。
但是，李存真联想到自己是从后世来的，见识超过皮埃尔。而皮埃尔是通过自己的学习和努力得出的看法，便可想到，皮埃尔在对舰船和海战战法的智慧上是超过自己的。