经历了九尾之乱，木叶元气大伤，最终还是三代目火影出来重新主持大局，打断了不少人的火影梦。比如根部的志村团藏，还有宇智波家族的那些长老们，一个两个的固执的要命不说，拖后腿倒是很有一套。
三代目联合转寝小春与水户门炎两个火影顾问，把在九尾之乱中毫无建树的根部打压了回去，收回了团藏手中大部分的权力。
志村团藏偷鸡不成蚀把米，为三代目重新上台做了嫁衣不说，还成了立威的典范。通过团藏之手打压了宇智波在内的豪门大族，对宇智波形成了监控，又稳定了木叶的形势，重建了木叶。到最后终于把他踢开，达到了平衡的目的。
因此三代目火影与志村团藏两人的关系降到了冰点，确切的说是团藏容不下三代目猿飞日斩。在三代目前往京都的大名府就任火影的路上，派遣了大量的根部忍者进行刺杀，因为旗木卡卡西的原因，最终失败。
到最后这件事情闹得沸沸扬扬，众说纷纭，好在真像并没有曝光。志村团藏不得不向三代目火影妥协，三代目顾及旧情，以及顾问团的和稀泥，事情就此揭过，再也没有人能对三代目重新掌权提出质疑。
而宇智波家族因为各种流言的问题，默默的在宇智波自治区内舔伤口，警备部巡逻都低调了不少。哪怕是在这样子的档口，宇智波高层依然闹出了不小的笑话，使得宇智波在木叶的地位十分的尴尬。
最终被三代目火影安排前往火之国与雷之国边境线与云忍对持，同行的还有包括日向家族在内的众多家族忍者，边境线上的暗部终于可以撤回木叶。其中顾问团起到的作用非常大，木叶高层联合打压之下，各大豪门忍族根本不是对手。
最主要的想法是消耗宇智波的实力，又解决了边境线问题，又能让三代目进一步掌控木叶，相当划算。只是他们千算万算，就是没有算到，宇智波是战斗的宇智波，在战斗中成长是宇智波的特长。尤其是写轮眼，在战场上受到莫名的刺激，最容易开眼。
宇智波未来的最新任务就是前往战场前线与云忍对持，以防被云忍突破边境线冲入火之国腹地。这个任务也没错，可是主动权都在对方手上，木叶一方只能被动防守，一点自主权都没有，被高层控制的死死的。