第二道圣旨，朱慈烺任命吏部尚书钱谦益为新一任首辅。
第三道自然就是推行军制革新的圣旨，朱慈烺让李岩牵头，刘宗周和钱谦益从旁辅助，共同推行革新。
朱慈烺这几道圣旨都是有自己的考虑的，军制革新最重要的便是兵部，想要推行，就必须要兵部全力配合，而李岩是最合适的人选。
至于升任钱谦益为首辅，那是因为朱慈烺考虑到‘平衡’，满朝文武，有一半的人反对军制革新，若是这些人真个团结在一起，也是一股不容忽视的力量，会给革新带来很大的阻力，钱谦益就是分化他们的一颗老鼠屎，因为钱谦益是随同马士英和黄道周一起反对革新的三位阁老之一，但立场并不是那么坚定，如今马士英告老，反对革新的一方就只剩下钱谦益和黄道周，而因为钱谦益成为了首辅，自然不可能由黄道周领头，以钱谦益不坚定的立场，以及有些拖拉的行事方式，黄道周必然孤掌难鸣，难以成事。
果然，因为钱谦益不坚定的立场，革新虽然遇到一些阻力但还是能有条不絮的进行。
开弓没有回头箭，一旦革新进行到一定程度，黄道周等人就算在反对，也没有用了，还会为了稳定局面，不得不无奈配合。
历朝历代，任何一次改革都必然会造成一定的混乱，朱慈烺这次的军制革新也不例外。
卫所制度最主要的便是‘军屯’，军户有自己的土地，但这些土地全部都是属于朝廷所有的，卫所一旦取消，军户便不在是军户，理论上自然不能在耕种朝廷的土地，如此倒是引发了一些混乱，不过随后朱慈烺下旨将以前军户的土地全部无偿分配给军户，立刻便将混乱压制下去。
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另外的混乱则是来自于军户当中那些有军职的百户，旗总之类的人们，这部分人非常庞大，大明军队并没每个百总手下都有百人，甚至许多百总手下只有十几人，有些旗总更是光杆一个，但不妨碍他们有军职在身，而朱慈烺的常备军和守备军一旦确立，不可能安置得下这么多原先卫所里面百总旗总之类的基层将官，这些人的去留立刻就成了问题，若是安排得不妥当，造成的混乱同样不好平息。
朱慈烺与李岩等人商议过后，决定以多发田产和补偿一些银两为利，安抚这些人，如此一来，虽然还有人不服，不过到底已经是极少数，翻不起任何大浪。
当解决了这些事情后，朱慈烺好不容易在上次抚恤一事中抄家抄到的近两百万两银子又全部用做一空了，国库再次空得能够饿死老鼠，好在军制革新终于得以顺利推行下去。
一个月后，以十二个常备军和十八个守备军为大明主要的军事力量正式确立。将领职称以应龙军为参照，依次设立军长，参将，千总，百总，旗总，什长等基本领导职务。
十八个守备军自然是以分散守备地方为主，军长几乎没有任命，而十二个常备军当中，六个应龙军，第一军被派往徐州防备清军，第二军被派往湖北武昌随时策应四川的秦良玉和河南的红娘子，另外四个应龙军和六个还以冷兵器为主要配置的普通明军则全部聚集在南京城周围随时待命。
经过这次革新，大明军队调度的灵活性大增。同时，为了提高普通明军的战斗力，朱慈烺下旨抽调不少应龙军前往教授应龙军的基础训练方法，最后更是让那些被调过去的应龙军士兵直接留在了原地成立执法队，专门执行军法，至此，大明所有大军都全部被朱慈烺牢牢掌控住，令行禁止。
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