为了确保‘衣冠南渡’计划的成功，萧明乾将联合护卫军海军的大部分战舰都给派了出去。这些战舰，被临时分成了三个部分。
第一部分共计七十艘战舰，由赵永岩率领，全程保护运送移民的船只的安全。在这两个月的里，他们被命令在任何情况之下，都不能离开他们所护航的运输船只十里以上，他们的任务只有一个，不惜一切代价保证运输船只的安全。
第二部分共计一百艘，由童子豪率领，石元为副。负责寻找时机，歼灭西班牙舰队主力。萧明乾自知对海战并没有天赋，而且这些年来，他也没有在第一线率领过海军作战，所以他将作战的主动权，完全交给了童子豪和石元，给他们的任务只有一个，在确保损失不大的情况之下，消灭西班牙舰队的主力。并且在此基础之上彻底封锁马尼拉。
第三部分共计五十艘，由金路率领。负责担任警戒任务，阻挡有可能出战的孙新舰队，和并不是非常令人放心的荷兰舰队。
不过，在‘衣冠南渡’计划刚刚开始的时候，除了第二部分正在南洋给予西班牙人持续的压力以外，第一部分和第二部分，正同时担任首批运输船队的护航任务。毕竟万事开头难，一旦第一批成功了，那么后续的就好办多了。
一千二百艘大小船只，再加上一百二十艘海军战舰，这个规模是这个时代所从未见到过的庞大船队。从早上七点开始，一直到两点左右，所有的人员物质才装船完毕。在萧明乾一声令下，整个船队浩浩荡荡的开出了台中港，向南驶向茫茫大洋。
“督军大人，这‘衣冠南渡’已经开始了，是不是该确定吕宋的主要官员的人选了。”目送这个庞大船队慢慢离开，平复了激动的心情的陈元贇提醒萧明乾道。
其实在一开始，陈元贇就跟萧明乾提过这个问题，但是当时萧明乾并没有做出决定，因为在萧明乾看来，在战争阶段，吕宋这样新占之地，最好是实行军政权利较为集中总督制，赋予派出去的官员一定的军政专断之权。
但是萧明乾刚一提出这个想法，便遭到了唐洪生，陈元贇等人强烈反对。虽然他们也只要台湾的武力一直保持强盛，那么外派的官员就不可能对台湾产生威胁。但是事情一旦开了头，那么后续想要改变就会产生太多的问题，到时候台湾所要面对的不仅仅是一两个总督的撤留问题，而是这个所形成的利益团体的问题。
所以，几乎所有的台湾军政府官员都对萧明乾的提议投了反对票。最后，萧明乾想了想，也的确是这样。或许到时候，那些总督同意被撤除，他们的手下也不希望这样的事情发生，所以到现在萧明乾都没有真正的决定该安排吕宋的行政和军事体制。
“哎难呐南洋毕竟不是台湾，如果不给当地官员一定的专断权，他们在面对当地土著和西洋势力的时候，不可避免的会出现缚手缚脚的情况，弄不好，会吃大亏的。”萧明乾说出了心中的担忧。