而在此时传来消息，在自己大举西征的同时，张献忠则率部沿着岷江南下，想亲征大败刚刚占据嘉定府的明朝总兵杨展部，然后与征东将军张可旺、大将张化龙、冯尚礼大败依托云贵地区控制长江南岸的王应熊、樊一蘅等部。
没想到还没有到达彭山岷江段被杨展伏击，一把火烧去，看到火光四起，那些新归附的四川兵最先先乱，叫喊的，哭泣的，四处逃逸的无处不是。
在最紧急的时候，为了迎战明军，张献忠更令人将装满银锭的栗树扔入河中，但即便这样，还是不能制止军中出现慌乱，张献忠率领十余万残兵败将逃回成都城中。
而此时杨昭大败张定国部的消息再次传开，正在川南与明军作战的流寇征东将军张可旺、大将张化龙、冯尚礼更是大惊失色，如今杨展率部占领嘉定府，现在唯有通过简州、龙泉驿逃回成都，当即也不待张献忠号令，率部由内江、资县、简州向成都撤退。
而听到张可旺向简州撤退的消息，众人议论纷纷，樊明善就建议杨昭率部攻打简州，截断张可旺所部归路。
杨昭指着地图道：“各位兄弟，百足之虫死而不僵，在这两个月流寇虽然迭遭败绩，但根本还在。
再说了张可旺、张化龙、冯双礼所部更是流寇主力，实力更在张定国之上。
我军虽然大败张定国部，但张可旺、张定国两人合兵一处，非我军所能力敌的。”
而在此时，遂宁的殷承柞派人送来消息，在杨昭攻打遂宁的同时，驻守郏县的张文秀率领2万大军逼向蓬溪县城，卫指挥佥事蒋世铉率领游击将军王畅、千总姚思孝虽然依靠木刺阵挡住张文秀，但敌众我寡，情势十分危急。
在保宁府方向，张能奇沿着嘉陵江南下，前锋直抵保宁府的南部县城，千总李崇彦率部奋起反抗，但敌强我弱，经过三天厮杀，李崇彦与赵得胜汇合，现在退往仪陇县城。
看到这里，杨昭留下杨成率部分守乐至县、安岳县之后，率领主力在六月上旬退回遂宁城。
考虑到张文秀正在攻打蓬溪县城，回到遂宁后当天杨昭令在遂宁休整近半个月的各部兵分两路迎击张文秀。
以王树极营、王天部为西路，沿着涪江而上攻打射洪县城。
而杨昭亲率护卫营、骑兵营、刘惟明营渡过涪江，经过2天急行军赶到蓬溪县城下面，与蓬溪守军里应外合，大败正在攻打蓬溪城的张文秀，迫使其向射洪方向逃走。
张文秀一路北逃，到达射洪县城的时候发现忠勇军已经占领射洪县城，张文秀率部向潼川治所?县逃去。
在消除张文秀在潼川州北面的威胁后，杨昭一面下令进行扩军，一面组织川北忠勇军反击驻防阆中的张能奇。
考虑到流寇人多势众，再加上目前各部普遍装备虎蹲炮以及刚刚试制成功的佛朗机炮，杨昭决定对各部重新进行整编。
每个大队（过去叫局）人数仍然是117人，只不过增加了火器配比，一般都配备1~2个火器小队，配备5辆三轮车，以增加部队的机动性，其中3辆作战使用，2辆供后勤小队使用。在作战时3辆三轮车托运锅碗瓢盆帐篷等随军物品，2辆三轮车可以托运400多斤粮食，以作为2日作战之用。
每个步兵司人数由过去的440人增加到480人，主要改变在混编大队，混编大队包括1个斥候小队，2个虎蹲炮小队，1个辎重中队。
1个步兵司装备了40辆三轮车，装备了6门虎蹲炮（戚继光部每个司为5门）。
辎重中队有15辆三轮车，可以托运3000斤粮食，供部队近4天之用。
每个步兵部包含2个步兵司，1个指挥部（22人），1个骑兵中队，1个护卫中队共计1020人。
每个营设立一个营部，营部工作人员包括参将（或游击）1名，镇抚1名，参谋长1名（正五品），参谋6个（2个从九品，2个从8品，2个正九品），4个传令兵，4个旗语手，10个训练官，8个伙夫，共计35人。
每营达到2部4司规模后，再组建一个特混司，特混司包括1个骑兵大队，2个护卫大队，1个辎重大队，1个佛朗机中队（3门佛朗机，暂时缺）人数约为480人。
护卫营则包括2个步兵部，1个骑兵部，1个佛朗机大队（10门），人数接近3000人马。
1~10营（过去的2部5司）外加营部35人，每营接近2600人
11~15部则由过去2个司扩编为3司兵马外加营部35人，人数约莫1500人。